Categoría: PubMed

Qué límites y filtros podemos aplicar en búsquedas de información en cuidados

Para acotar el resultado de búsqueda, las bases de datos nos proporcionan diferentes recursos de filtrado con límites. Con ellos podemos excluir idiomas que no entendemos, buscar artículos que han sido publicados en cierto periodo de tiempo, recuperar artículos referentes a una población específica o buscar sólo determinados tipos de estudio o grupos de edad. Podemos limitar nuestro resultado a artículos publicados en revistas de enfermería seleccionado «Nursing Journals» dentro de la categoría de límite «Journal Categories» o directamente añadiendo a nuestra estrategia de búsqueda jsubsetn[text] (p. ej.: “Diabetes AND jsubsetn[text]”).

También disponemos de los filtros metodológicos o filtros de búsqueda («hedges«) de los que ya hablé extensamente en una entrada anterior (https://bibliogetafe.com/2013/08/22/que-son-los-filtros-de-busqueda/). Son estrategias de búsquedas desarrolladas y validadas para utilizar en bases de datos electrónicas que nos ayudan a perfeccionar la estrategia de búsqueda para recuperar estudios científicamente sólidos y clínicamente relevantes, por ejemplo, estudios diseñados para responder preguntas relacionadas con la efectividad de una terapia o la precisión de una prueba de diagnóstica. Estas estrategias prediseñadas se han de combinar con el término/s o descriptor/es de lo que deseamos buscar permitiéndonos una recuperación de la información con un alto grado de exactitud. En la página del Centre for Reviews and Dissemination (The InterTASC Information Specialists’ Sub-Group Search Filter Resource) podemos encontrar una recopilación de diferentes filtros para diversas bases de datos y plataformas (1). El desarrollo de filtros de búsqueda para la profesión de enfermería es limitado y se ha centrado en aspectos específicos del cuidado de enfermería (2-4).

Por último, recordar que en PubMed podemos guardar nuestros filtros creando y personalizando una cuenta MyNCBI tal como contamos en una anterior entrada de BiblioGETAFE (https://bibliogetafe.com/2013/11/26/como-crearnos-una-cuenta-personal-en-pubmed-myncbi/).

Bibliografía:

  1. ISSG Search Filter Resource [Internet]. Glanville J, Lefebvre C, Wright K, editors.  York (UK):  The InterTASC Information Specialists’ Sub-Group; 2008 [actualizado 26 Febrero 2018; consultado el 8 mayo 2018].  Disponible en: https://sites.google.com/a/york.ac.uk/issg-search-filters-resource/home
  2. Berg A, Fleischer S, Behrens J. Development of two search strategies for literature in MEDLINE-PubMed: nursing diagnoses in the context of evidence-based nursing. Int J Nurs Terminol Classif. 2005 Apr;16(2):26–32.
  3. Lavin MA, Krieger MM, Meyer GA, Spasser MA, Cvitan T, Reese CG, Carlson JH, Perry AG, McNary P. Development and evaluation of evidence-based nursing (EBN) filters and related databases. J Med Lib Assoc. 2005 Jan;93(1):104–15.
  4. Simon M, Hausner E, Klaus SF, Dunton NE. Identifying nurse staffing research in MEDLINE: development and testing of empirically derived search strategies with the PubMed interface. BMC Med Res Methodol. 2010 Aug 23;10:76.

Herramientas para las búsquedas en revisiones sistemáticas: Conversores de estrategias de búsqueda

Cuando hacemos una búsqueda exhaustiva y sistemática de bibliográfica para un documento de síntesis de evidencia como una revisión sistemática, necesitamos buscar en más de una base de datos. En estos casos las estrategias de búsqueda son complejas e implican texto libre, términos de vocabulario controlado, comodines o sintaxis de adyacencia, por lo que la conversión no es un proceso sencillo. Además, las diferentes interfaces y motores de búsqueda tienen diferentes funciones disponibles e interpretan la lógica del usuario de formas distintas. Por ejemplo, la interfaz de PubMed hace la búsqueda ampliada o «explode» de los encabezados de materias MeSH de manera automática mientras que la interfaz de Ovid no lo hace. También los tesauros de encabezamientos de materias son distintos o incluso inexistentes como en la WOS (Más información aquí).

Por ello son útiles las herramientas que nos ayuda a «traducir» nuestra estrategia a diferentes bases de datos. Si bien no son perfectas, nos ayudan en un primer paso con la sintaxis de búsqueda. Entre los que utilizo destaco los dos siguientes:

MEDLINE Transpose
Este proyecto es una colaboración entre el College of Physicians and Surgeons of British Columbia (CPSBC)y la Collaboration for Leadership in Applied Health Research and Care South West Peninsula (PenCLAHRC).

Ha sido desarrollado para mitigar un problema de convertir la sintaxis de búsqueda entre las interfaces de PubMed y Ovid/MEDLINE.  Más información aquí.

Polyglot Search

En esta escribimos nuestra estrategia de búsqueda compleja en formato PubMed u Ovid MEDLINE y Polyglot Search intenta traducirla a cualquiera de los formatos admitidos del motor de búsqueda: EMBASE, WOS, CINAHL, SCOPUS, Cochrane,…
Systematic Review Accelerator.jpgEste módulo es parte del paquete de herramientas del Asistente de Revisión Sistemática gratuito del Bond University Centre for Research in Evidence-Based Practice. Polyglot Search Syntax Translator forma parte del Systematic Review Accelerator. Más información aquí.

¿Y tú, conoces algún conversor más?

MEDLINE/Ovid incorpora un nuevo campo de búsqueda (fx) a la búsqueda en texto libre (.mp)

Ovid_MEDLINE.jpgA partir del 1 de junio de 2018 MEDLINE en la plataforma Ovid incorporará el campo de palabra de subencabezamiento flotante o “Floating Subheading Word” (FX) al conjunto predeterminado de campos para búsquedas de texto libre (MP), en línea con el comportamiento de búsqueda en PubMed de NLM.

El conjunto de campos MP para la búsqueda de texto libre (o .mp.) cambiará de:

[mp=title, abstract, original title, name of substance word, subject heading word, keyword heading word, protocol supplementary concept word, rare disease supplementary concept word, unique identifier, synonyms]
A:
[mp=title, abstract, original title, name of substance word, subject heading word, keyword heading word, protocol supplementary concept word, rare disease supplementary concept word, unique identifier, synonyms, floating subheading word]
Si una estrategia de búsqueda existente utiliza cualquiera de las palabras de subencabezamientos flotantes (79 términos), este cambio puede afectar a los resultados y / o los resultados de las alertas que tengamos configuradas.

 

Filtro de búsqueda para estudios en humanos

Para excluir los estudios en animales mientras se hace una revisión sistemática, las diferentes bases de datos requieren diferentes estrategias de búsqueda. A continuación se muestran estas estrategias según la base de datos utilizada.

Búsqueda en PubMed. Disponemos de dos opciones para excluir los estudios con animales:

NOT (animals [mh] NOT humans [mh])

NOT («Animals»[Mesh] NOT («Animals»[Mesh] AND «Humans»[Mesh]))

Búsqueda en Medline (Ovid). Las dos estrategias siguientes funcionan bien para excluir los estudios con animales en Medline, podemos usar cualquiera de los dos:

NOT (exp animals/ not humans.sh.)

NOT (Animals/ NOT (Animals/ AND Humans/))

Búsqueda en Embase (Ovid)

NOT ((exp animal/ or nonhuman/) NOT exp human/)

Búsqueda en Embase.com

NOT ([animals]/lim NOT [humans]/lim)

Referencia:

Higgins JPT, Green S (editors). Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 5.1.0 [updated March 2011]. The Cochrane Collaboration, 2011. Available from http://training.cochrane.org/handbook, Chapter 2, section 6.4.

Filtro de búsqueda de artículos de experimentación en animales

Para buscar los estudios en animales mientras se hace una revisión sistemática, las diferentes bases de datos requieren diferentes estrategias de búsqueda. A continuación se muestran estas estrategias según la base de datos utilizada.

Filtro para PubMed:

(“animal experimentation”[MeSH Terms] OR “models, animal”[MeSH Terms] OR “invertebrates”[MeSH Terms] OR “Animals”[Mesh:noexp] OR “animal population groups”[MeSH Terms] OR “chordata”[MeSH Terms:noexp] OR “chordata, nonvertebrate”[MeSH Terms] OR “vertebrates”[MeSH Terms:noexp] OR “amphibians”[MeSH Terms] OR “birds”[MeSH Terms] OR “fishes”[MeSH Terms] OR “reptiles”[MeSH Terms] OR “mammals”[MeSH Terms:noexp] OR “primates”[MeSH Terms:noexp] OR “artiodactyla”[MeSH Terms] OR “carnivora”[MeSH Terms] OR “cetacea”[MeSH Terms] OR “chiroptera”[MeSH Terms] OR “elephants”[MeSH Terms] OR “hyraxes”[MeSH Terms] OR “insectivora”[MeSH Terms] OR “lagomorpha”[MeSH Terms] OR “marsupialia”[MeSH Terms] OR “monotremata”[MeSH Terms] OR “perissodactyla”[MeSH Terms] OR “rodentia”[MeSH Terms] OR “scandentia”[MeSH Terms] OR “sirenia”[MeSH Terms] OR “xenarthra”[MeSH Terms] OR “haplorhini”[MeSH Terms:noexp] OR “strepsirhini”[MeSH Terms] OR “platyrrhini”[MeSH Terms] OR “tarsii”[MeSH Terms] OR “catarrhini”[MeSH Terms:noexp] OR “cercopithecidae”[MeSH Terms] OR “hylobatidae”[MeSH Terms] OR “hominidae”[MeSH Terms:noexp] OR “gorilla gorilla”[MeSH Terms] OR “pan paniscus”[MeSH Terms] OR “pan troglodytes”[MeSH Terms] OR “pongo pygmaeus”[MeSH Terms]) OR ((animals[tiab] OR animal[tiab] OR mice[Tiab] OR mus[Tiab] OR mouse[Tiab] OR murine[Tiab] OR woodmouse[tiab] OR rats[Tiab] OR rat[Tiab] OR murinae[Tiab] OR muridae[Tiab] OR cottonrat[tiab] OR cottonrats[tiab] OR hamster[tiab] OR hamsters[tiab] OR cricetinae[tiab] OR rodentia[Tiab] OR rodent[Tiab] OR rodents[Tiab] OR pigs[Tiab] OR pig[Tiab] OR swine[tiab] OR swines[tiab] OR piglets[tiab] OR piglet[tiab] OR boar[tiab] OR boars[tiab] OR “sus scrofa”[tiab] OR ferrets[tiab] OR ferret[tiab] OR polecat[tiab] OR polecats[tiab] OR “mustela putorius”[tiab] OR “guinea pigs”[Tiab] OR “guinea pig”[Tiab] OR cavia[Tiab] OR callithrix[Tiab] OR marmoset[Tiab] OR marmosets[Tiab] OR cebuella[Tiab] OR hapale[Tiab] OR octodon[Tiab] OR chinchilla[Tiab] OR chinchillas[Tiab] OR gerbillinae[Tiab] OR gerbil[Tiab] OR gerbils[Tiab] OR jird[Tiab] OR jirds[Tiab] OR merione[Tiab] OR meriones[Tiab] OR rabbits[Tiab] OR rabbit[Tiab] OR hares[Tiab] OR hare[Tiab] OR diptera[Tiab] OR flies[Tiab] OR fly[Tiab] OR dipteral[Tiab] OR drosphila[Tiab] OR drosophilidae[Tiab] OR cats[Tiab] OR cat[Tiab] OR carus[Tiab] OR felis[Tiab] OR nematoda[Tiab] OR nematode[Tiab] OR nematoda[Tiab] OR nematode[Tiab] OR nematodes[Tiab] OR sipunculida[Tiab] OR dogs[Tiab] OR dog[Tiab] OR canine[Tiab] OR canines[Tiab] OR canis[Tiab] OR sheep[Tiab] OR sheeps[Tiab] OR mouflon[Tiab] OR mouflons[Tiab] OR ovis[Tiab] OR goats[Tiab] OR goat[Tiab] OR capra[Tiab] OR capras[Tiab] OR rupicapra[Tiab] OR chamois[Tiab] OR haplorhini[Tiab] OR monkey[Tiab] OR monkeys[Tiab] OR anthropoidea[Tiab] OR anthropoids[Tiab] OR saguinus[Tiab] OR tamarin[Tiab] OR tamarins[Tiab] OR leontopithecus[Tiab] OR hominidae[Tiab] OR ape[Tiab] OR apes[Tiab] OR pan[Tiab] OR paniscus[Tiab] OR “pan paniscus”[Tiab] OR 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Referencias:

Hooijmans CR1, Tillema A, Leenaars M, Ritskes-Hoitinga M. Enhancing search efficiency by means of a search filter for finding all studies on animal experimentation in PubMed. Lab Anim. 2010 Jul;44(3):170-5. doi: 10.1258/la.2010.009117. Epub 2010 Jun 15.

Filtro para EMBASE.com:

exp animal experiment/ or exp animal model/ or exp experimental animal/ or exp transgenic animal/ or exp male animal/ or exp female animal/ or exp juvenile animal/ OR animal/ OR chordata/ OR vertebrate/ OR tetrapod/ OR exp fish/ OR amniote/ OR exp amphibia/ OR mammal/ OR exp reptile/ OR exp sauropsid/ OR therian/OR exp monotremate/ OR placental mammals/ OR exp marsupial/ OR Euarchontoglires/ OR exp Afrotheria/ OR exp Boreoeutheria/ OR exp Laurasiatheria/ OR exp Xenarthra/ OR primate/ OR exp Dermoptera/ OR exp Glires/ OR exp Scandentia/ OR Haplorhini/ OR exp prosimian/ OR simian/ OR exp tarsiiform/ OR Catarrhini/ OR exp Platyrrhini/ OR ape/ OR exp Cercopithecidae/ OR hominid/ OR exp hylobatidae/ OR exp chimpanzee/ OR exp gorilla/ OR exp orang utan/ OR (animal OR animals OR pisces OR fish OR fishes OR catfish OR catfishes OR sheatfish OR silurus OR arius OR heteropneustes OR clarias OR gariepinus OR fathead minnow OR fathead minnows OR pimephales OR promelas OR cichlidae OR trout OR trouts OR char OR chars OR salvelinus OR salmo OR oncorhynchus OR guppy OR guppies OR millionfish OR poecilia OR goldfish OR goldfishes OR carassius OR auratus OR mullet OR mullets OR mugil OR curema OR shark OR sharks OR cod OR cods OR gadus OR morhua OR carp OR carps OR cyprinus OR carpio OR killifish OR eel OR eels OR anguilla OR zander OR sander OR lucioperca OR stizostedion OR turbot OR turbots OR psetta OR flatfish OR flatfishes OR plaice OR pleuronectes OR platessa OR tilapia OR tilapias OR oreochromis OR sarotherodon OR common sole OR dover sole OR solea OR zebrafish OR zebrafishes OR danio OR rerio OR seabass OR dicentrarchus OR labrax OR morone OR lamprey OR lampreys OR petromyzon OR pumpkinseed OR pumpkinseeds OR lepomis OR gibbosus OR herring OR clupea OR harengus OR amphibia OR amphibian OR amphibians OR anura OR salientia OR frog OR frogs OR rana OR toad OR toads OR bufo OR xenopus OR laevis OR bombina OR epidalea OR calamita OR salamander OR salamanders OR newt OR newts OR triturus OR reptilia OR reptile OR reptiles OR bearded dragon OR pogona OR vitticeps OR iguana OR iguanas OR lizard OR lizards OR anguis fragilis OR turtle OR turtles OR snakes OR snake OR aves OR bird OR birds OR quail OR quails OR coturnix OR bobwhite OR colinus OR virginianus OR poultry OR poultries OR fowl OR fowls OR chicken OR chickens OR gallus OR zebra finch OR taeniopygia OR guttata OR canary OR canaries OR serinus OR canaria OR parakeet OR parakeets OR grasskeet OR parrot OR parrots OR psittacine OR psittacines OR shelduck OR tadorna OR goose OR geese OR branta OR leucopsis OR woodlark OR lullula OR flycatcher OR ficedula OR hypoleuca OR dove OR doves OR geopelia OR cuneata OR duck OR ducks OR greylag OR graylag OR anser OR harrier OR circus pygargus OR red knot OR great knot OR calidris OR canutus OR godwit OR limosa OR lapponica OR meleagris OR gallopavo OR jackdaw OR corvus OR monedula OR ruff OR philomachus OR pugnax OR lapwing OR peewit OR plover OR vanellus OR swan OR cygnus OR columbianus OR bewickii OR gull OR chroicocephalus OR ridibundus OR albifrons OR great tit OR parus OR aythya OR fuligula OR streptopelia OR risoria OR spoonbill OR platalea OR leucorodia OR blackbird OR turdus OR merula OR blue tit OR cyanistes OR pigeon OR pigeons OR columba OR pintail OR anas OR starling OR sturnus OR owl OR athene noctua OR pochard OR ferina OR cockatiel OR nymphicus OR hollandicus OR skylark OR alauda OR tern OR sterna OR teal OR crecca OR oystercatcher OR haematopus OR ostralegus OR shrew OR shrews OR sorex OR araneus OR crocidura OR russula OR european mole OR talpa OR chiroptera OR bat OR bats OR eptesicus OR serotinus OR myotis OR dasycneme OR daubentonii OR pipistrelle OR pipistrellus OR cat OR cats OR felis OR catus OR feline OR dog OR dogs OR canis OR canine OR canines OR otter OR otters OR lutra OR badger OR badgers OR meles OR fitchew OR fitch OR foumart or foulmart OR ferrets OR ferret OR polecat OR polecats OR mustela OR putorius OR weasel OR weasels OR fox OR foxes OR vulpes OR common seal OR phoca OR vitulina OR grey seal OR halichoerus OR horse OR horses OR equus OR equine OR equidae OR donkey OR donkeys OR mule OR mules OR pig OR pigs OR swine OR swines OR hog OR hogs OR boar OR boars OR porcine OR piglet OR piglets OR sus OR scrofa OR llama OR llamas OR lama OR glama OR deer OR deers OR cervus OR elaphus OR cow OR cows OR bos taurus OR bos indicus OR bovine OR bull OR bulls OR cattle OR bison OR bisons OR sheep OR sheeps OR ovis aries OR ovine OR lamb OR lambs OR mouflon OR mouflons OR goat OR goats OR capra OR caprine OR chamois OR rupicapra OR leporidae OR lagomorpha OR lagomorph OR rabbit OR rabbits OR oryctolagus OR cuniculus OR laprine OR hares OR lepus OR rodentia OR rodent OR rodents OR murinae OR mouse OR mice OR mus OR musculus OR murine OR woodmouse OR apodemus OR rat OR rats OR rattus OR norvegicus OR guinea pig OR guinea pigs OR cavia OR porcellus OR hamster OR hamsters OR mesocricetus OR cricetulus OR cricetus OR gerbil OR gerbils OR jird OR jirds OR meriones OR unguiculatus OR jerboa OR jerboas OR jaculus OR chinchilla OR chinchillas OR beaver OR beavers OR castor fiber OR castor canadensis OR sciuridae OR squirrel OR squirrels OR sciurus OR chipmunk OR chipmunks OR marmot OR marmots OR marmota OR suslik OR susliks OR spermophilus OR cynomys OR cottonrat OR cottonrats OR sigmodon OR vole OR voles OR microtus OR myodes OR glareolus OR primate OR primates OR prosimian OR prosimians OR lemur OR lemurs OR lemuridae OR loris OR bush baby OR bush babies OR bushbaby OR bushbabies OR galago OR galagos OR anthropoidea OR anthropoids OR simian OR simians OR monkey OR monkeys OR marmoset OR marmosets OR callithrix OR cebuella OR tamarin OR tamarins OR saguinus OR leontopithecus OR squirrel monkey OR squirrel monkeys OR saimiri OR night monkey OR night monkeys OR owl monkey OR owl monkeys OR douroucoulis OR aotus OR spider monkey OR spider monkeys OR ateles OR baboon OR baboons OR papio OR rhesus monkey OR macaque OR macaca OR mulatta OR cynomolgus OR fascicularis OR green monkey OR green monkeys OR chlorocebus OR vervet OR vervets OR pygerythrus OR hominoidea OR ape OR apes OR hylobatidae OR gibbon OR gibbons OR siamang OR siamangs OR nomascus OR symphalangus OR hominidae OR orangutan OR orangutans OR pongo OR chimpanzee OR chimpanzees OR pan troglodytes OR bonobo OR bonobos OR pan paniscus OR gorilla OR gorillas OR troglodytes).ti,ab

Referencias:

de Vries RB1, Hooijmans CR, Tillema A, Leenaars M, Ritskes-Hoitinga M. Updated version of the Embase search filter for animal studies. Lab Anim. 2014 Jan;48(1):88. doi: 10.1177/0023677213494374. Epub 2013 Jul 8.

de Vries, RB, Hooijmans, CR, Tillema, A, Leenaars, M, Ritskes-Hoitinga, M. A search filter for increasing the retrieval of animal studies in Embase. Lab Anim 2011; 45: 268–270. Google Scholar, SAGE Journals,ISI. doi: 10.1258/la.2011.011056. Epub 2011 Sep 2. 

Hooijmans, CR, Tillema, A, Leenaars, M, Ritskes-Hoitinga, M. Enhancing search efficiency by means of a search filter for finding all studies on animal experimentation in PubMed. Lab Anim 2010; 44: 170–175.Google Scholar, SAGE Journals,ISI

Leenaars, M, Hooijmans, CR, van Veggel, N. A step-by-step guide to systematically identify all relevant animal studies. Lab Anim 2012; 46: 24–31. Google Scholar, SAGE Journals, ISI

PubMed: Limitación de la longitud máxima y uso de * en los filtros personalizados de MyNCBI

A partir del mes de abril de 2018, la NLM comenzará a limitar la longitud de los filtros personalizados de PubMed a 4.000 caracteres y no permitirá el uso del asteriscos(*) para el truncamiento.

Filtros

Tras implementar estas nuevas reglas, los filtros personalizados que superan los 4.000 caracteres y/o incluyan un asterisco (*) se desactivarán. Por lo tanto, si tienes creado un filtro que se vea afectado con este cambio, prepárate editando y actualizando este a estas nuevos requisitos. También, estos filtros complejos puedes sustituirlos por búsquedas salvadas, que puedes combinar desde la búsqueda avanzada.

Más información en https://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf18/jf18_pm_filters.html

Novedad PubMed: Página de inicio mejorada

PubMed ha modificado su página de inicio y ha incorporado funcionalidades como «Latest Literature» con los últimos artículos de las revistas más leídas y obtenidas de la nueva página PubMed Journals, «Trending Articles» con artículos que recientemente han tenido un aumento significativo de visitas y «PubMed Commons» con los comentarios más destacados.

Nueva pagina inicio Pubmed.png

 

Novedad: PubMed Journals para mantenernos al día de las revistas de nuestro interés

La mayoría de los profesionales de ciencias de la salud encontrarán PubMed Journals de gran utilidad para mantenerse al día de lo que van publicando las revistas de su interés. En PubMed Journals podremos:

  • Encontrar y seguir las revistas de interés;
  • Explorar nuevos artículos de revistas favoritas como el New England Journal of Medicine;
  • Mantenenos al día con los RSS de los artículos que vayan publicándose de las revistas que seguimos.

Para ello debemos entrar en PubMed Journals donde veremos un listado de revistas populares, una ventana para buscar revistas, las revistas que previamente hemos seleccionado para seguir y, en la columna de la derecha, los RSS de esta lista de revistas por nosotros seleccionadas. De las revistas favoritas o de las localizadas por nosotros podemos hojear el contenido más reciente o ir a la página web de la revista.pubmed-journals2

Para poder seguir una revista debemos tener una cuenta en MyNCBI.

PubMed Journals es un experimento de PubMed labs , incubadora de productos de NCBI con nuevas características y capacidades a los usuarios finales NCBI.

Qué es MEDLINE

MEDLINEEn la entrada ¿Pero no es lo mismo PubMed que MEDLINE? explicaba las principales diferencias, con datos, de ambos.

Ahora, la NLM, ha publicado la actualización del MEDLINE Fact Sheet con la información básica y actualizada de esta base de datos.

En resumen nos encontramos que MEDLINE:

  • Es una base de datos bibliográfica que contiene más de 23 millones de referencias a artículos de revistas en ciencias de la vida con una concentración en la biomedicina. El resultado de una búsqueda en MEDLINE/PubMed es una lista de citas (incluyendo los autores, título, fuente, y, a menudo un resumen) a artículos de revistas y una indicación de la disponibilidad de texto completo electrónico gratuito. La búsqueda es gratis y no requiere registro.
  • Los registros se indexan con el tesauro Medical Subject Headings (MeSH ®).
  • MEDLINE es el componente principal de PubMed ®.
  • Cobertura temporal: desde 1946 (OLDMEDLINE) hasta la actualidad .
  • Fuente: citas de más de 5.600 revistas en todo el mundo en 40 idiomas. Aproximadamente el 93% está publicado en Inglés , y alrededor del 85% tienen inglés resúmenes escritos por autores de los artículos.
  • Actualizaciones: Desde junio de 2014 se añaden citas los 7 días a la semana. En 2015 se añadieron más de 806.000 referencias.
  • Cobertura temática: El ámbito objeto de MEDLINE es la biomedicina y la salud.

¡Feliz 20 aniversario PubMed! Cambios durante dos décadas

Ya han pasado 20 años desde que en enero de 1996 comenzara PubMed como una base de datos experimental en el marco del sistema de recuperación Entrez del NCBI (National Center for Biotechnology Information) con pleno acceso a MEDLINE ®. El 26 de junio de 1997, en una conferencia de Capitol Hill Press, se anunció oficialmente el acceso libre de MEDLINE a través de PubMed.

NLM Technical Bulletin Free PubMed.png

Desde entonces PubMed ha ido cambiando y mejorando continuamente, cosa que sabemos bien aquellos que utilizamos este motor de búsqueda a diario y que nos dedicamos a enseñar su funcionamiento a los usuarios de nuestras bibliotecas. Paso a resumir las mejoras más relevantes de estos últimos 20 años.

El 26 de enero de 1998 PubMed fue rediseñado con muchas mejoras útiles, incluyendo el MeSH® Browser, el Single Citation Matcher, la búsqueda ampliada automática de términos MeSH («exploding»), el mapeo de sinónimos de Name of Substances y el botón Detalles («Details»). Al año siguiente se incorporó la posibilidad de combinación de búsqueda por término MeSH y subencabezamiento.

PubMed fue rediseñado significativamente en 2000 integrando nuevas características tales como LinkOut, Limits, History y Clipboard. PubMed enlazó con los artículos a texto completo de PubMed Central® y se implantó la utilidad «Cubby». En 2001 comenzó el programa LinkOut for Libraries.

Linkout for libraries.png

En 2002 el filtro de revisiones sistemáticas se añadió a la página de Clinical Queries, se crearon dos nuevas bases de datos NCBI, Journals y MeSH (MeSH Database reemplazó el MeSH Browser), para proporcionar capacidades adicionales de búsqueda de PubMed y se añadió la opción de correo electrónico para el envío de los resultados de búsqueda.

En 2005 MyNCBI sustituyó a «Cubby», permitiendo el envío automático de resultados de búsquedas salvadas, posibilidad de crearnos filtros personalizados para la recuperación por áreas de interés, la opción de destacar los términos de búsqueda y se añadió la opción de RSS para proporcionar actualizaciones diarias. En 2006 se rediseñaron los límites  con una interfaz mejorada y opciones adicionales para limitar las búsquedas.

PubMed continuó evolucionando y, en 2007, el motor de recuperación NCBI fue completamente rediseñado. En 2008, se incluyeron una serie de herramientas tales como «also try», Collections se añadió a las herramientas de usuario My NCBI, se mejoró el mapeo automático de términos y aparece la función de búsqueda avanzada de búsqueda.

En 2009 se incluyen una herramienta de la actividad reciente que hace un seguimiento de hasta 6 meses de búsquedas de un usuario de base de datos NCBI y de registros vistos y una interfaz totalmente renovada.

Nueva interfaz Pubmed.png

De 2010 a 2011, el PubMed rediseñó la página de búsqueda avanzada, una nueva página de límites, los términos de búsqueda fueron modificados para mostrase automáticamente en negrita , se añadió la opción de CSV dentro de enviar a archivo y los resúmenes estructurados y las imágenes se incorporaron a la pantalla de resumen.

Busqueda avanzada PubMed.png

PubMed Mobile se puso en marcha y base de datos MeSH y la página de Clinical Queries se rediseñaron para proporcionar la misma interfaz optimizada publicada anteriormente en PubMed.

Clinical Queries.png

En 2012 se incluye la gráfica de los resultados por año y la visualización de las imágenes de PubMed Central. La página de «Limits» se sustituye por una barra lateral izquierda de filtros.  El menú «Send to» incluyó una nueva opción de exportación a un gestor de referencias.

Filtros.png

En 2013 a 2014, se han añadido al «Abstract» las palabras clave de autor y los iconos de redes sociales y PubMed comenzó a aceptar y mostrar resúmenes en lengua no inglesa. Una nueva opción de ordenar por relevancia y descargar el historial de búsqueda se añadió a la página de búsqueda avanzada. PubMed Commons fue lanzado como una manera para que los autores compartan opiniones e información sobre publicaciones en PubMed.

Esto son las principales mejorar incorporadas a PubMed en los últimos 20 años, muchas de ellas anunciadas en biblioGETAFE, pero ya se están anunciando nuevas modificaciones para un futuro próximo. La verdad es que algunos de los cambios no siempre fueron bien recibidos pero, pasado el tiempo, podemos afirmar que las mejoras son innegables haciendo de PubMed el motor de búsqueda más utilizado para buscar en la base de datos MEDLINE.

Más información aquí.

 

 

Qué es mapeo automático de términos o «Automatic Term mapping» de PubMed

Cuando escribimos nuestra estrategia en la ventana inicial de PubMed el sistema recuperará los registros en los que encuentre correspondencia con los términos buscados en un proceso denominado mapeo automático de términos (“Automatic Term Mapping” o ATM).

PubMed de manera automática comprueba lo que hemos escrito frente a varios índices en el orden siguiente:

  • Temas (MeSH)
  • Revistas
  • Autores

El primer índice se denomina “MeSH Translation Table“ que incluye los encabezamientos MeSH, Subencabezamientos, Tipos de Publicación, Entry Term (conocidos como sinónimos), los Supplementary Concepts y sinónimos de los Supplementary Concepts.

Si encuentra una correspondencia en este índice “MeSH Translation table” el proceso se detiene y el término es mapeado al término MeSH correspondiente. La busqueda incluirá el MeSH, a lo que se añade la búsqueda de la frase cortada en palabras individuales que es buscada en todos los campos (All Fields). La búsqueda del MeSH incluye los términos jerárquicamente por debajo de él, es decir, hace la denominada búsqueda ampliada o “automatic explosion”.

Si, por ejemplo, escribimos Cancer, PubMed rastrea automáticamente el  término “cancer” y selecciona el término MeSH más apropiado, en este caso  “Neoplasms” y efectúa la búsqueda por él.  Además, PubMed busca el término MeSH “neoplasms” en todos los campos “All Fields”. Por último, PubMed busca el término “cancer”  en todos los campos “All Fields”. De tal forma que la estrategia sería:

«neoplasms»[MeSH Terms] OR «neoplasms»[All Fields] OR «cancer»[All Fields]

Solo hay una excepción, cuando el Supplementary Concepts (sustancias) o encabezamiento MeSH incluye un número o único caracter (e.j., protein c) no es dividido en palabras individuales y es buscado solo como frase en todos los campos (All Fields).

Si los términos son mapeados en la tabla MeSH, el proceso se detiene. Si algún término no es localizado en esta tabla, PubMed pasa a mapear por revistas buscando en la “Journals Translation Table” que incluye el nombre completo de la revista, abreviatura y número ISSN.

Si es encontrada una revista, esta es añadida a la búsqueda. El término también es buscado en todos los campos (All Fields) y el proceso se detiene aquí.

Si, por ejemplo, escribimos en la ventana de búsqueda Oncology reports, PubMed realiza el mapeo y la estrategia aplicada sería la siguiente:

«Oncol Rep»[Journal] OR («oncology»[All Fields] AND «reports»[All Fields]) OR «oncology reports»[All Fields]

Si no encuentra correspondencia en “MeSH Translation table” ni en “Journals Translation Table” PubMed comprueba los nombres de autor. Si lo encuentra el proceso se detiene aquí.

Si no encuentra correspondencia, PubMed divide la frase en partes y repite el proceso de mapeo automático del término hasta que encuentra una correspondencia. Los términos que no encuentra correspondencia se buscarán en todos los campos (“All Fields”).

Hay que tener en cuenta que podemos evitar y no aplicará el mapeo automático del término:

  • Escribiendo la frase entrecomillada. P. ej.: “kidney allograft”
  • P. ej.: kidney allograft*
  • Cuando buscamos con etiquetas de campo. P. ej.: Cancer[ti]
  • Cuando buscamos desde el “Single citation matcher”.
  • Cuando usamos la búsqueda avanzada.

Cuánto tarda un artículo en estar indizado en MEDLINE

Hay que tener en cuenta que hay cierto retraso en la indización de artículos de PubMed. Esto determina que si queremos los últimos artículos de un tema, tendremos que utilizar en nuestra estrategia palabras clave además de los términos MeSH. Otra cosa que tenemos que saber es que un pequeño porcentaje de los artículos no están indexados con encabezamientos MeSH porque solo los podremos recuperarlos a través de palabras clave.

Tres meses después de la publicación, aproximadamente el 75% de los artículos se han indexado. El intervalo de tiempo entre cuando se introduce un artículo en PubMed y es indexado con términos MeSH se estima en más de 4 meses en revistas de farmacia (Rodriguez, R.W. Delay in indexing articles published in major pharmacy practice journals. Am J Health Syst Pharm. 2014;71:321–324.; Minguet, F., Salgado, T.M., van den Boogerd, L., Fernandez-Llimos, F. Quality of pharmacy-specific Medical Subject Headings (MeSH) assignment in pharmacy journals indexed in MEDLINE. Res Social Adm Pharm. 2015;11:686–695).

Sin embargo, en función del lugar de publicación y otros factores, puede tardar hasta 3 años para todos los artículos sean indexados (http://researchguides.uic.edu/c.php?g=252556&p=1683868).

Existe poca información sobre los factores que podrían contribuir a este retraso. Acaba de publicarse un trabajo en el que analiza estos factores para lo que revisa un total de 7906 artículos procedentes de 18 revistas. Este estudio encontró un retraso significativo entre el momento en que se disponía de los artículos en PubMed y cuando fueron indexados con términos MeSH. También se identificaron diferencias entre las revistas de diferente factor de impacto, áreas de interés y disciplina. Un factor de impacto superior se corresponde con un tiempo más rápido para la indexación pero los autores del estudio no identificaron un factor(s) claro que parezca conducir a un tiempo de indexación (Irwin AN, Rackham D. Comparison of the time-to-indexing in PubMed between biomedical journals according to impact factor, discipline, and focus. Res Social Adm Pharm. 2016 May 5. pii: S1551-7411(16)30019-5. doi: 10.1016/j.sapharm.2016.04.006. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 27215603).

Nueva base de datos de recursos de aprendizaje NLM

La Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) ha anunciado la nueva base de datos de recursos de aprendizaje NLM (NLM Learning Resources Database), para localizar recursos educativos de sus productos y servicios. Estos materiales incluyen vídeos, tutoriales y folletos de productos tales como PubMed, ClinicalTrials.gov, Unified Medical Language System y muchos más.

La base de datos de recursos de aprendizaje NLM permite buscar o filtrar usando:

  • palabras clave en el cuadro de búsqueda (A). Se puede recuperar la lista de todos los recursos escribiendo asterisco (*) en el cuadro de búsqueda.
  • tema o producto (B ).
  • fecha de última vez revisado (C)
  • materiales archivados (D)

NLM_learning_resources_fig1c.png

Los recursos actualizados más recientemente aparecen automáticamente cuando se accede por primera vez la base de datos o cuando todos los filtros se ponen a cero con el fin de poner de relieve los nuevos materiales.

En pocos días dispondremos de una presentación que estará disponible a partir de la base de datos de recursos de aprendizaje NLM.

Historia de MEDLARS I

La División de Historia de la Medicina de la NLM recopila, preserva, pone a disposición e interpreta para diversas audiencias una de las colecciones más ricas del mundo de materiales históricos relacionados con la salud humana y la enfermedad. Entre otras actividades produce el blog Circulation Now con noticias sobre sus colecciones y exposiciones y proyectos especiales y eventos.

Merece la pena hacer un recorrido por su diferentes entradas como la última dedicada a la historia de MEDLARS en la que podemos ver como fueron sus inicios y ver fotos de lo más interesantes y curiosas.

Esta entrada de blog es la primera de una serie sobre la historia de la informática y desarrollo de software en la Biblioteca Nacional de Medicina. El próximo mes tratará de MEDLARS II  junto con el continuo crecimiento de la NLM y la comunidad de la biblioteca médica.

Medlars historia

29 DE SEPTIEMBRE, DÍA MUNDIAL DEL CORAZÓN

corazon2015Un partido de infarto, corazones rebeldes, con el corazón en un puño, corazón partío, descorazonados, de todo corazón… Si hay un icono banalizado, exprimido, comercializado… éste es, sin duda, el corazón. Máquina perfecta a la que cada 29 de septiembre el mundo le dedica un día para recordarnos que conviene cuidarlo, revisarlo y tenerlo en las mejores condiciones para que no nos dé un susto de muerte, y nunca mejor dicho.

Desde 2000, todos los 29 de septiembre se celebra el Día Mundial del Corazón con el objetivo de concienciar a la población sobre lo que supone la primera causa de muerte en el mundo hoy en día y que, según la World Heart Federation, podría llegar a suponer 23 millones de muertes en el futuro 2030.

Un alto porcentaje de estas muertes pueden considerarse prematuras y acaecen antes de los 70 años, acabando con la vida de personas que aún pueden y tienen mucho que hacer, decir y disfrutar. Evitando estas muertes mediante prácticas saludables se evitarían dramas familiares y pérdidas irreparables. Eso es lo que se propone esta campaña de 2015 y todas las campañas anuales anteriores.

Este año se ha elegido como lema Elegir un corazón sano para todos en todas partes con el objetivo de crear entornos saludables para el corazón y asegurar que todo el mundo tenga la oportunidad de tomar decisiones saludables para el corazón en cualquier lugr y actividad.

Recopilación de recursos en: http://www.netvibes.com/dia-mundial-corazon

Netvibes corazon

La búsqueda con MeSH en PubMed no es suficiente: cómo recuperar referencias de MEDLINE y de no-MEDLINE

PubMed incluye aproximadamente 25 millones de referencias desde 1809 hasta la actualidad. La mayor parte de las citas de PubMed proviene de la base de datos MEDLINE. Así, las referencias de MEDLINE son el 88,9% de todas las citas en PubMed. El otro 11,1% de las citas no-MEDLINE están disponibles en PubMed, pero sin la indexación MeSH. La mayor parte son referencias recientes que han sido incluidas en PubMed pero todavía no han sido indexadas para su inclusión en MEDLINE pero también hay otras referencias que nunca serán incluidas en MEDLINE como las citas fuera de cobertura (“out-of-scope”) que proceden de revistas que indizan selectivamente los artículos pertinentes y otros nunca son incluidos en Medline (por ejemplo, artículos sobre las placas tectónicas o la astrofísica), las referencias de algunas publicaciones científicas adicionales que presenten el texto completo de PubMedCentral ® pero no pertenecen al grupo de revistas indexadas por MEDLINE y las referencias de libros disponibles en la biblioteca NCBI (incluye una cita para el libro completo y citas de cada capítulo o sección del libro).

Si queremos hacer una revisión completa de la literatura debemos buscar tanto en MEDLINE como en la parte no-MEDLINE de PubMed. Para la primera de las partes utilizamos los términos MeSH para una estrategia robusta, pero tenemos que tener en cuenta que nuestros resultados siempre quedarán limitado a la base de datos MEDLINE. Para poder recuperar también la información de ese 11,1% que no es MEDLINE a nuestra estrategia con descriptores MeSH añadiremos la estrategia de búsqueda en todos los campos de los términos de nuestra búsqueda pero añadiendo not MEDLINE[sb]. Por ejemplo:

«hernia, inguinal»[MeSH Terms] OR («inguinal hernia»[All Fields] NOT medline[sb])

Si hubieramos buscado solo por el término MeSH obtendríamos 11.744 referencias frente a las 12.713 que se consiguen con la estrategia arriba propuesta. Es decir, recuperamos unas 1.000 referencias más entre las que se encuentran las referencias recientemente suministradas a PubMed por el editor y que aún no han sido procesadas para su inclusión en MEDLINE.

 

 

Cambio PubMed: nuevo nombre para «Related citations»

Para evitar confusiones y evitar ambigüedades, «Related citations» pasará a llamarse «Similar Articles» como vemos en la imagen.

pm_related_citations_feature_renamed_fig1

Mediante este enlace se recupera un conjunto precalculado de citas en PubMed que están estrechamente relacionados con el artículo seleccionado. Los artículos similares se mostrarán en orden de puntuación de mayor a menor relevancia. El algoritmo para generar los resultados no se ha modificado. Así, el conjunto de artículos similares se genera mediante la comparación de palabras del título, resumen y términos MeSH usando un algoritmo (ver más información aquí).

Más información aquí.

Cómo estar actualizados de las novedades de la National Library of Medicine

Las bases de datos como PubMed/MEDLINE y otros recursos de la National Library of Medicine son herramientas de uso diario para los especialistas en información de ciencias de la salud por lo que es fundamental mantenernos al día de las últimas novedades y más teniendo en cuenta que están en continuo cambio.

La NLM incorporó desde un principio todas las herramientas que nos ofrecen estas redes sociales, blogs, listas,… para informar, difundir contenidos y estar en contacto con todos sus usuarios. Es posible conectarse via Facebook, Twitter, Pinteres, suscribirse a canales de YouTube y Slideshare, suscribirse vía RSS a noticias, podscats y webcats, y a listas de distribución a través de correo-e. Aquí tenéis la lista completa para conectaros a la NLM y la página oficial de RSS Feeds.

Personalmente os recomiendo la suscripción al NLM Technical Bulletin pues es la fuente para la información más reciente.

NLM Technical Bulletin

PMID: Qué es y utilidad

Cuando un registro se añade a PubMed, se le asigna un número único, el PMID o PubMed Identifier. Por lo tanto, nunca encontraremos dos referencias con el mismo PMID. Actualmente está formado por un número de 8 dígitos (P. ej.: 24450889) que la base de datos requiere para almacenar, buscar y recuperar información.

Cada número que introducimos en la ventana de búsqueda en PubMed es tratado por defecto como si fuera un PMID. Por esta razón no podemos escribir “2014” en la ventana de búsqueda para localizar artículos del año 2014 pues el resultado sería el artículo de PMID 2014 (que corresponde a un artículo del año 1975). La búsqueda en este caso sería «2014[dp]».

En el siguiente vídeo os detallo dos de las principales utilidades de este número:  solicitar un artículo por el Portal de la Biblioteca Virtual y crear un hipernelace a un artículo específico y añadir, por ejemplo, en nuestro curriculum vitae.

PubMed: Búsquedas avanzadas por MeSH

MeSH es el acrónimo de Medical Subject Headings y es el vocabulario controlado de términos biomédicos que representan el contenido de cada artículo que se ingresa en la base de datos MEDLINE. Hay aproximadamente 26.000 términos médicos que se encuentra organizados alfabéticamente y de manera jerárquica.
Los indizadores de MEDLINE de la NLM examinan los artículos y asignan los encabezamientos MeSH apropiados más específicos que describan los conceptos principales que se tratan en el artículo. El indizador asigna tantos encabezamientos como sean apropiados para cubrir los temas del artículo: generalmente de 5 a 15.
El término MeSH que refleja los puntos principales o Major MeSH de un artículo es señalado con un asterisco (*) por los indizadores.
Además, podemos cualificar las búsquedas por MeSH utilizando los subencabezamientos o subheadings particulares de un encabezamiento MeSH. En total hay 83 subheadings organizados por categorías (Administration & dosage, Adverse effects, Complications, Diagnosis, Drug therapy, Epidemiology, Organization & administration, Pharmacokinetics, Prevention & control, Surgery, Therapeutic use).

Si quieres aprender cómo construir y centrar una búsqueda en PubMed utilizando la base de datos MeSH aquí tienes un vídeo de la NLM:

Por último hay que recordar que realizar búsquedas mediante la opción MeSH Database es sólo una de las múltiples formas de buscar en PubMed y que deberemos tener en cuenta que si buscamos por MeSH la búsqueda es más precisa pero se pierde todas aquellas referencias más recientes no incorporadas a MEDLINE.

Novedad en PubMed Commons, el nuevo sistema de comentarios en PubMed

PubMed ha incorporado una nueva opción de filtrar los resultados por aquellos artículos que han recibido comentario a través del nuevo sistema PubMed Commons. Para ello hacemos una búsqueda y en la columna de la izquierda vemos la opción «PubMed Commons: Reader comments».

FireShot Screen Capture #742 - 'A 4-month-old boy with acrodermatitis enteropa___ [Eur J Pediatr_ 2009] - PubMed - NCBI' - www_ncbi_nlm_nih_gov_pubmed__term=cystic+fibrosi

Además, hoy anuncian que PubMed Commons ha establecido la funcionalidad de clasificación mediante el «you found this useful» en los comentarios.

helpful-2

Los autores de PubMed que se han unido en PubMed Commons pueden hacer clic en «sí» o «no» a la pregunta: «Was this helpful?»

Entre las clasificaciones que ya se están recibiendo están las que la gente no encuentra útil como la clase de comentario que elogia un artículo sin decir por qué o la que sólo está comunicando algo que ya está claro en el resumen. Así mismo hacer un comentario similar en repetidas ocasiones también tiende a ser impopular, ya que es autopromoción.

Por el momento el comentario más popular es el de Gonzalo Otazu  en diciembre. Otazu pone en duda la validez de las estadísticas en un artículo que ha recibido un montón de atención de los medios: un estudio que sugiere que los ratones pueden heredar el miedo de los olores asociados con traumas de sus padres.

FireShot Screen Capture #743 - 'Parental olfactory experience influences behavi___ [Nat Neurosci_ 2014] - PubMed - NCBI' - www_ncbi_nlm_nih_gov_pubmed_24292232_report=abst

Cambio en PubMed: Información de afiliación de los autores

Recientemente PubMed incluye las afiliaciones de todos los autores, autores corporativos y colaboradores siempre que los datos sean suministrados por los editores.

Para ver la información de afiliación, hay que seleccionar el formato de visualización «abstract» y luego hacer clic en «Author Information». Si hay más de un autor se asocia cada uno con su afiliación mediante un número en superíndice y en diferentes líneas, tal como vemos en el siguiente ejemplo:

author_aff_fig3

Cómo crear una cuenta personal en PubMed (MyNCBI)

A PubMed podemos entrar de tres formas diferentes:

Formas de acceso a PubMed

Las ventajas de tener una cuenta personal en PubMed son:

  • Podemos salvar estrategias (“Saved Search”)
  • Podemos guardar resultados (“Collections”)
  • Crearnos nuestra bibliografía (“My Bibliography”)
  • Recibir alertas bibliográficas en nuestro correo
  • Configurar nuestras preferencias (“NCBI Site Preferences” como cambiar el correo, resaltar los términos de búsqueda, modificar el formato de visualización de los resultados,…)
  • Crear nuestros filtros para los resultados (“Filters”)
  • Añadir un icono de acceso al texto completo (“LinkOut”)
  • Gestionar nuestra actividad reciente (“Recent Activity”)
 En la siguiente presentación encontraréis los pasos a seguir para crearos vuestra propia cuenta en PubMed:
Si os creáis una cuenta en PubMed seguro que os interesa una entrada anterior de BiblioGETAFE en la que se enseñaba como crear alertas de revistas para recibirlas en nuestro correo electrónico.

Cómo acceder a una revisión Cochrane desde PubMed

En la anterior entrada os explicaba cómo buscar en la Biblioteca Cochrane Plus con descriptores MeSH.

Otro problema que suele plantearse es cómo acceder al texto completo de una revisión cuando esta la hemos localizado en PubMed.

Las revisiones sistemáticas de la Colaboración Cochrane se encuentran indexadas en la base de datos PubMed. Por ello cuando hacemos una búsqueda a través de PubMed localizamos las revisiones pero el acceso al texto completo disponible desde PubMed es el de la versión original en inglés de la plataforma Wiley. Dado que este acceso es mediante suscripción, lo que podemos hacer para conseguir el texto completo es ir a buscarla a la Biblioteca Cochrane Plus (BCP).

La BCP contiene la traducción al español de revisiones sistemáticas completas y de otros documentos relevantes a los que se puede acceder a través de una interfaz en español. Esta versión también incluye la versión original en inglés de la Cochrane Library de los documentos y otras partes que no han sido traducidas al castellano.

La forma más efectiva de localizar una revisión que hemos localizado en PubMed es utilizar el CD que tenemos disponible en el registro de MEDLINE. Si cortamos y pegamos dicho número en la ventana de búsqueda de la BCP y modificamos la opción por defecto a la búsqueda sin restricción en el resultado localizaremos dicha revisión sistemática.

Aquí os dejo una presentación de cómo conseguir una revisión sistemática Cochrane.

Asistente de búsqueda de MEDLINE «MedTerm Search Assist»

MedTerm Search Assist es una herramienta creada por la Health Sciences Library System de la Universidad de Pittsburg de ayuda de búsqueda para la base de datos MEDLINE. Este asistente está desarrollado por y para bibliotecarios para que mediante esta se comparta palabras clave, estrategias y consejos de búsqueda con los demás.

Está todavía en crecimiento y necesita la ayuda de cualquier bibliotecario que quiera agregar nuevos términos en la base de datos o sugerir nueva información que añadir a los registros ya existentes. Cada registro contiene el término de entrada y variantes de palabras clave. Hay campos opcionales como el MeSH, acción farmacológica, subencabezamientos flotantes, nombres de sustancias, estrategia de búsqueda en PubMed  y en el MEDLINE de OVID.

Para localizar un término dentro de la base de datos usar la pestaña por defecto «Find a Term».

MedTerm Searcj Assist_Find a term

También podemos navegar por el listado alfabético de términos si entramos en el enlace «browse».

FireShot Screen Capture #643 - 'MedTerm Search Assist' - www_hsls_pitt_edu_terms_browse

Si, por ejemplo, buscamos por el término «osteoarthritis» el resultado es el siguiente registro:

FireShot Screen Capture #641 - 'MedTerm Search Assist' - www_hsls_pitt_edu_terms_term_t=82

Podemos añadir términos a la base de datos. Para ello debemos entrar en «Add a Term» y completar un formulario de inscripción. También se puede también contribuir añadiendo a un registro ya existente palabras clave adicionales, estrategias de búsqueda o consejos de búsqueda.

Si queremos añadir más información al registro de «osteoarthritis» pinchamos en el enlace «Add additional keywords, subject terms, or search strategies» y la nueva página nos ofrece esta posibilidad.

FireShot Screen Capture #642 - 'MedTerm Search Assist_ Add to an Existing Term' - www_hsls_pitt_edu_terms_mod_t=82

Novedad en PubMed: opción de orden de los resultados de búsqueda por relevancia

En breve dispondremos de una nueva modalidad en la visualización de los resultados de las búsquedas en PubMed: por relevancia.

Hasta ahora, en el menú de «Display Settings» nos encontramos seis opciones de ordenar los resultados siendo la fecha de publicación («Pub Date») la modalidad por defecto.

PubMed Display settings

La nueva modalidad «Relevance» que nos encontraremos ordena por relevancia los resultados de búsqueda basándose en un algoritmo que analiza cada cita PubMed que incluye los términos de búsqueda. En cada búsqueda el «peso» se calcula para las citas en función de cuántas veces aparecen los términos de búsqueda y en que campos se encuentran. Además, los artículos recientemente publicados se les da un peso algo mayor para la ordenación.

Este nuevo formato se puede poner como predeterminado si tenemos una cuenta personal de PubMed en MyNCBI.

 

Más información en http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/so13/so13_pm_relevance.html

¿Qué son los filtros de búsqueda? I

Los filtros metodológicos o filtros de búsqueda son estrategias de búsquedas que nos ayudan a encontrar artículos de manera eficiente. Son instrumentos cuyos objetivo principal es atenuar el efecto negativo causado por el exceso de información en las bases de datos bibliográficas, reducir al mínimo la obtención de información superflua o redundante, así como elevar el nivel de especificidad o sensibilidad de la búsqueda al máximo posible.

Los filtros son una herramienta para perfeccionar la estrategia de búsqueda y están constituidos por una combinación de términos o descriptores y diseñadas para localizar tipos de estudios determinados. Estas estrategias prediseñadas se han de combinar con el término/s o descriptor/es de lo que deseamos buscar permitiéndonos una recuperación de la información con un alto grado de exactitud.

El primer filtro se creó al observarse limitaciones en la indización de la base de datos MEDLINE para los ensayos clínicos y fue desarrollado por K. Dickersin, R Scherer y Carol Lefebvre en 1993 en Inglaterra y llamado Optimally Sensitised Search Strategy. Por otra parte,  Haynes, Wilczynski,  McKibbon y cols., en la Universidad de McMaster desarrollaron filtros subjetivos para estudios metodológicos.

Desde entonces se han creado diferentes tipos de filtros centradas en diferentes tipos de publicaciones tales como filtros para la recuperación de revisiones sistemáticas, estudios de pronóstico, tratamiento, etiología, diagnóstico, guías de predicción clínica, etc., y han sido desarrollados específicamente para su uso en diferentes bases de datos como MEDLINE, EMBASE, CINAHL y PsycINFO (en sus diferentes interfaces como OVID o PubMed).

En la página del Centre for Reviews and Dissemination (The InterTASC Information Specialists’ Sub-Group Search Filter Resource) podemos encontrar una recopilación de diferentes filtros para diversas bases de datos y plataformas. Este grupo ha anunciado hoy algunos cambios y próximos desarrollos. Entre estos está el cambio de su dirección web. La nueva dirección es
https://sites.google.com/a/york.ac.uk/issg-search-filters-resource/home .

Más información en entrada ¿Qué son los filtros metodológicos de búsqueda? II
FireShot Screen Capture #532 - 'ISSG Search Filters Resource' - sites_google_com_a_york_ac_uk_issg-search-filters-resource_home

Otro sitio de interés es el Blog de Cindy Schmidt’s: PubMed Search Strategies creado para compartir estrategias de búsqueda en PubMed.

FireShot Screen Capture #531 - 'PubMed Search Strategies' - pubmedsearches_blogspot_com_es

También en BiblioGETAFE hemos ido informando sobre los filtros como en las siguientes entradas:

Solucionado el problema de acceso al PubMed del Hospital de Getafe

Los problemas que la semana pasada os comunicaba que teníamos en el acceso al PubMed compartido del Hospital Universitario de Getafe ya han sido solucionados.

Lamentamos las molestias y os damos las  gracias por vuestra comprensión.

Cursos de la Biblioteca Junio 2013

Se va a celebrar la primera edición del 2013 de dos talleres de la Biblioteca para el personal del Hospital de Getafe:

«Acceso al texto completo de los artículos desde el Hospital Universitario de Getafe«, de 2 horas de duración el próximo viernes 21 de Junio de 9:00 a 11:00 h y cuyo contenido es el siguiente:

  • ¿Conocemos los recursos bibliográficos accesibles para el Hospital Universitario de Getafe?
  • La Intranet como punto de acceso a la información de la Biblioteca.
  • ¿Cómo sabemos si disponemos de acceso electrónico a una revista o en los fondos en papel de la Biblioteca?
  • Cómo acceder al texto completo cuando hacemos una búsqueda bibliográfica en PubMed/MEDLINE: acceso a las diferentes plataformas (ScienceDirect, OVID, BMJ, Wiley, Springer, MD-Consult,…).
  • Obtención del texto completo de un artículo de revista no suscrito. Portal de la Biblioteca Virtual: Servicio de Obtención del Documentos y Banco de documentos digitalizados.
  • Ejercicios prácticos.
«PubMed básico«, de 2 horas de duración el próximo viernes 28 de Junio de 9:00 a 11:00 h y cuyo contenido es el siguiente:
  • Qué es PubMed: introducción, historia y forma de acceso.
  • Tipos de búsqueda: sencilla y avanzada.
  • Opciones de visualización del resultado y campos del registro.
  • Opciones de manejo del resultado.
  • Obtención del texto completo de los artículos de revista.
  • Ejercicios prácticos.

Está solicitada la acreditación a los dos cursos.

Es necesario inscribirse por lo que si estás interesado debes enviar un correo electrónico a biblio.hugf@salud.madrid.org indicando tus siguientes datos personales.

En el segundo semestre del año 2013 hay programados más cursos y nuevas ediciones de estos talleres.

Problemas PubMed del Hospital de Getafe

Estamos tenido problemas con la dirección de PubMed personalizada del Hospital de Getafe (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?myncbishare=bibgetafe). Como sabéis este acceso que hemos creado en la Biblioteca para el Hospital de Getafe nos permite filtrar el resultado de la búsqueda a aquellos artículos de los que podemos obtener el texto completo.
 
Desde hace unos días cuando entramos por dicha URL a PubMed y hacemos una búsqueda nos aparece el mensaje de error «Search failed» y no nos muestra ningún resultado.
Fallo PubMed
Nos hemos puesto en contacto con la NLM para resolver esta incidencia y mientras tanto hemos habilitado otra dirección alternativa personalizada con el mismo filtro de acceso al texto completo.
La nueva dirección es:

¿Cual es el artículo en MEDLINE con mayor número de autores?

Ya comentaba ayer algunos datos de las estadísticas de MEDLINE que acaban de salir.

Hoy quiero señalar una curiosidad relativa a las estadísticas de autoría:

¿Cual es el artículo de los 21.508.439 existentes que tiene mayor número de autores?

Corresponde a un artículo del año 2010 de la revista Physical Review Letters con PMID 21230962. Aquí os dejo la imagen y, para que no perdáis el tiempo y la vista os adelanto que tiene ¡3.172 autores!. Curiosamente su abstract es de cuatro lineas y de las 19 páginas que ocupa el artículo, el listado de autores comienza en la 5.

PubMed_autoria_21230962