¿Conoces la diferencia entre el uso de límites y filtros metodológicos en la búsqueda de evidencia para revisiones sistemáticas?

En las búsquedas de evidencia para una revisión sistemática es mejor centrase en la recuperación exhaustiva de registros relevantes para la pregunta de investigación y no eliminar registros durante la búsqueda aplicando límites.

Presentación del uso de límites y filtros metodológicos

La limitación de una estrategia de búsqueda por fecha puede reducir la cantidad de registros recuperados, pero este límite solo debe aplicarse si existe una razón sólida para hacerlo.

Si restringimos la búsqueda por idioma puede producir un sesgo de publicación (es más probable que los ensayos con resultados positivos se publiquen en revistas publicadas en inglés).

La utilización de límites como tipo de artículo, grupo de edad o especies (humanos) elimina las referencias más recientes.

Como norma general, no debe aplicarse límites de idioma, fecha de publicación, tipos de publicación y el estado de la publicación en la búsqueda para revisiones sistemáticas, ya que se pueden dejar de recuperar registros relevantes.

Sin embargo, añadir límites en las estrategias parecen soluciones rápidas y pragmáticas para revisiones rápidas y revisiones de alcance. 

Los filtros metodológicos son estrategias prediseñadas que nos ayudan a perfeccionar la búsqueda. Están constituidos por una combinación de términos o descriptores. Están diseñados para localizar tipos de estudios determinados.

Estas estrategias prediseñadas se han de combinar con el término/s o descriptor/es de lo que deseamos buscar permitiéndonos una recuperación de la información con un alto grado de exactitud.

Cuando los aplicamos tenemos que tener en cuenta que los filtros son específicos de la base de datos (MEDLINE, EMBASE, CINAHL, PsycINFO,…) e interfaz  (OVID, EBSCO, PubMed, …). 

MEDLINE celebra su 50 cumpleaños

MEDLINE es la principal base de datos bibliográfica de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) que contiene más de 28 millones de referencias a artículos de revistas de ciencias de la vida con especialización en biomedicina.

Mucho ha cambiado desde que se creó MEDLINE en 1971. Aquí hay algunos hitos notables:

¿Es necesario la revisión por pares de la estrategia de búsqueda de una revisión sistemática?

Debido a la complejidad de la búsqueda de evidencia en las revisiones sistemáticas, se debe tener mucho cuidado en el desarrollo y ejecución de las estrategias de la búsqueda electrónica. Se han detectado frecuentes errores en las estrategias de búsqueda tales como errores de ortografía, errores de truncamiento, error de operador lógico, referencias de líneas de consulta incorrectas, redundancia sin justificación, la falta de términos tanto en lenguaje natural como en lenguaje controlado y aquellos relacionados con los MeSH, etc. (1-3).

Por este motivo, siempre que sea posible hay que realizar una revisión por pares de la estrategia para identificar los errores más habituales, mejorar la calidad y reducir no solo el riesgo de perder estudios relevantes, sino también el riesgo de identificar un número innecesariamente elevado de registros irrelevantes.

Recientemente se ha publicado las recomendaciones Cochrane para realizar revisiones rápidas (4) en las que, a diferencia de la guía MECIR (Methodological Expectations for Cochrane Intervention Reviews), recomiendan la revisión por pares de, al menos, una estrategia de búsqueda (por ejemplo, MEDLINE) (R12).

PRESS (Peer Review of Electronic Search Strategies (5) es un instrumento concebido y creado con el objetivo de realizar y evaluar estrategias de búsqueda para síntesis de evidencia. PRESS proporciona descripciones de seis dominios principales para su uso como pautas para las prácticas de los bibliotecarios y para los editores como instrumento para la evaluación metodológica general de las revisiones.

Los seis dominios principales de la lista de verificación de PRESS 2015 son:

  • Traducción de la pregunta de investigación.
  • Operadores booleanos y de proximidad.
  • Encabezamientos de materia.
  • Búsqueda de palabras de texto (texto libre).
  • Ortografía, sintaxis y números de línea.
  • Límites y filtros.

La revisión por pares de las búsquedas debe tener lugar en dos etapas importantes del proceso de síntesis de la evidencia: al comienzo del proyecto, antes de que se realicen las búsquedas, y en la etapa previa a la publicación (6).

BIBLIOGRAFÍA

  1. Elliott JH, Turner T, Clavisi O, Thomas J, Higgins JP, Mavergames C, Gruen RL. Living systematic reviews: an emerging opportunity to narrow the evidence-practice gap. PLoS Med. 2014 Feb 18;11(2):e1001603. doi: 10.1371/journal.pmed.1001603. eCollection 2014 Feb. PubMed PMID: 24558353; PubMed Central PMCID: PMC3928029. Disponible en: http://dx.plos.org/10.1371/journal.pmed.1001603
  2. Salvador-Oliván JA, Marco-Cuenca G, Arquero-Avilés R. Errors in search strategies used in systematic reviews and their effects on information retrieval. J Med Libr Assoc. 2019 Apr;107(2):210-221. doi: 10.5195/jmla.2019.567. PMID: 31019390; PMCID: PMC6466507.
  3. Spry C, Mierzwinski-Urban M. The impact of the peer review of literature search strategies in support of rapid review reports. Res Synth Methods. 2018 Dec;9(4):521-526. doi: 10.1002/jrsm.1330. PMID: 30408843.
  4. Garritty C, Gartlehner G, Nussbaumer-Streit B, King VJ, Hamel C, Kamel C, Affengruber L, Stevens A. Cochrane Rapid Reviews Methods Group offers evidence-informed guidance to conduct rapid reviews. J Clin Epidemiol. 2021 Feb;130:13-22. doi: 10.1016/j.jclinepi.2020.10.007. PMID: 33068715; PMCID: PMC7557165.
  5. McGowan J, Sampson M, Salzwedel DM, Cogo E, Foerster V, Lefebvre C. PRESS Peer Review of Electronic Search Strategies: 2015 Guideline Statement. J Clin Epidemiol. 2016 Jul;75:40-6. doi: 10.1016/j.jclinepi.2016.01.021. PMID: 27005575.
  6. Lefebvre C, Duffy S. Peer review of searches for studies for health technology assessments, systematic reviews, and other evidence syntheses. Int J Technol Assess Health Care. 2021; 37(1):E64.

¿Sabes las diferencias entre PubMed, MEDLINE y PMC?

En la entrada anterior «¿Pero no es lo mismo PubMed que MEDLINE?«, comentaba las diferencias entre PubMed y Medline. Ahora quiero compartir una presentación interactiva aclarando que es y que no es PubMed así como las diferencias entre PubMed, MEDLINE y PMC (PubMed Central).

PubReMiner: Herramienta de minería de datos para desarrollar estrategias de búsquedas para revisiones sistemáticas y de alcance

PubReMiner (https://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi) es un interface alternativo para buscar en PubMed, es decir, es un buscador que consulta la base de datos de PubMed de otra forma a la realizada por este motor de búsqueda y presentan los resultados en otro formato. Su principal ventaja es que nos permite analizar datos.

Para utilizarla escribimos nuestra búsqueda en la ventana de búsqueda y obtenemos el resultado en forma de tabla de frecuencias. Marcando en los recuadros nosotros podemos agregar o excluir términos a la consulta para optimizar los resultados.

De esta forma, con PubReMiner nos informa de las palabras que se utilizan con más frecuencia y nos proporciona una forma rápida de recopilar información adicional sobre el tema.

Las columnas que podemos visualizar y personalizar en la tabla de frecuencia son las siguientes:

  1. Año de publicación.
  2. Las revistas en las que más se publica su consulta.
  3. Los autores más activos en el campo de su consulta.
  4. Las palabras que más se han utilizado en el título y resumen de los artículos.
  5. Los campos de encabezamiento MESH (incluidos subencabezamientos).
  6. Supplementary Concept (Substances).
  7. Tipo de publicación.

Si por alguna razón deseamos adaptar nuestra consulta de una manera diferente a la que permite PubReMiner, podemos modificar la consulta de la forma que deseemos y presionar «Search with Manual Adjustment». Una vez que hemos terminado con nuestra estrategia podemos pasar a ver los resultados en PubMed desde el botón “goto pubmed with query».

PubReMiner nos ayuda a encontrar información relevante mediante sugerencias de palabras. Además de generar consultas eficientes, también puede ser útil en otras áreas como:

  • Seleccionar una revista para enviar nuestro manuscrito al mostrarnos en la tabla las revistas de investigación similar más frecuentes;
  • Encontrar expertos en un área de investigación al mostrarnos los autores que con mayor frecuencia publican del tema de nuestra consulta;
  • Si buscamos por un autor, encontramos los temas de interés de investigación de este al ver las palabras clave asociadas con ese autor;
  • Análisis bibliométricos de lo publicado sobre el tema de nuestra consulta;
  • Conviertir los resultados (todas nuestras publicaciones) en un CV en tiempo real con «Create CV output»

Por último, indicaros que podéis encontraros diferentes formas de llamar a esta herramienta como: PubReMiner, pubmed reminer, pub reminer, pubmed re-miner.

MeSH on Demand: Herramienta de minería de datos para desarrollar estrategias de búsquedas para revisiones sistemáticas y de alcance

Identificar y seleccionar palabras clave y términos indexados apropiados es crucial para desarrollar estrategias de búsqueda sólidas para ubicar estudios para revisiones sistemáticas y de alcance.

Una herramienta de minería de texto útil es MeSH on Demand https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand. Esta es una herramienta de software que analiza el texto y lo compara con los datos de PubMed para generar MeSH (Medical Subject Headings).

¿Qué tenemos que hacer?

Simplemente copiamos y pegamos el texto de un protocolo de revisión sistemática o una propuesta de investigación en la herramienta MeSH on Demand. Esta nos sugiere encabezados de materia MeSH y enumera 10 artículos basados en el texto ingresado.

Recomendación: Al seleccionar el texto para ingresar en MeSH on Demand, es importante que incluya los puntos clave y las palabras importantes. Por lo general, recomiendo incluir la pregunta de investigación y la información básica clave para el tema de revisión.

Nuevas accesos a recursos electrónicos

La Consejería de Sanidad ha realizado un importante esfuerzo para conseguir el acceso a la información científica relevante y necesaria para su actividad clínica, docente e investigadora. Los objetivos son la equidad en el acceso a los recursos de información, racionalizar las suscripciones y optimizar los procesos de coordinación y colaboración.

Fruto de ello, en el año 2021 se ha puesto a disposición de todos los profesionales a través de la Biblioteca Virtual los siguientes recursos:

  • HARRISON Online (libro electrónico) en español;
  • Revistas electrónicas (Radiology 2009-, Radiographics 1981-, Annals of Pharmacotherapy 1999-, Journal of Rheumatology 2001-, Pediatrics 1948-, American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine 1997-, European Respiratory Journal 1988-, Journal of Neurosurgery 1944-, Journal of Neurosurgery: Spine 1999-, Journal of Neurosurgery: Pediatrics 2004-, Journal of Neurosurgery: Case Lessons 2021-, Neurosurgical Focus 1996-);
  • JoVE (una innovadora plataforma de video artículos) Medicine y Immunology & Infection;
  • La colección de revistas  de Wiley Medical & Nursing;
  • La colección de revistas de Springer.

Todos estos nuevos recursos se encuentran ya disponibles en el Portal de Biblioteca del Hospital Universitario de Getafe: https://m-hug.c17.net/ y enlazados la cuenta de PubMed del Hospital: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?myncbishare=bibgetafe

¿Tienes cuenta personal en PubMed? Te interesará saber que pronto dejará de funcionar tu clave de acceso

Tener una cuenta personal en PubMed nos aporta grandes ventajas frente al acceso general sin personalizar. Gracias a tener nuestra cuenta podemos salvar estrategias de búsqueda y recibir alertas bibliográficas en nuestro correo electrónico. También nos permite guardar resultados (“Collections”) de forma privada o pública, crearnos nuestra bibliografía (“My Bibliography”), configurar nuestras preferencias (“NCBI Site Preferences” como resaltar los términos de búsqueda y modificar el formato de visualización de los resultados, etc), crear nuestros propios filtros para los resultados (“Filters”) y añadir un icono de acceso al Portal de nuestra Biblioteca Virtual para acceder al texto completo.

La NLM, NIH y NCBI han anunciado que a partir del 16 de marzo de 2021, se dejan de crear nuevas cuentas con clave personales y el 22 de junio de 2021 las credenciales administradas por NCBI, es decir, aquellas que estableciste al crear tu cuenta personal o “nativa” (el nombre de usuario y la contraseña) van a desaparecer y no se podrá utilizar para iniciar sesión en NCBI. ¡Pero no te preocupes! Hay más de 4000 opciones de inicio de sesión.

A partir del 16 de marzo de 2021 se dejan de crear nuevas cuentas con clave personales y en junio desaparecerán las cuentas personales de MyNCBI. Estás a tiempo de hacer los cambios necesarios para conservar tu cuenta.

Si ya dispones de una cuenta persona, ¿qué debes hacer para no perder la cuenta? Las instrucciones que nos dan son las siguientes:

  • Iniciar sesión en NCBI con tu nombre de usuario y contraseña.
  • Haga clic en su nombre de usuario en la barra superior y elegir la opción de “Account settings” para cargar la página de configuración de su cuenta NCBI.
  • Agregar una cuenta vinculada entrando en el botón «Change» en “Linked accounts”.
  • Elige entre las opciones disponibles para una cuenta vinculada:
    • Google Account
    • Universitario / institucional (solo disponible si la institución es una organización asociada, por ejemplo, la Universidad Complutense de Madrid o el CSIC)
    • Facebook
    • Microsoft
    • login.gov
    • ORCID (entrando en «more login options»)
Algunas de las más de 4.000 posibilidades para el acceso a una cuenta personal en PubMed

Este cambio no afectará los datos reales de tu cuenta MyNCBI pero aumentará su seguridad.

@ernestob nos informa que otra forma de registrarnos en PubMed desde una cuenta ORCID es la siguiente:

1/ Crear perfil de investigador en ORCID (si no se dispone de él);

2/Añadir autenticación de 2 factores en ORCID, como capa extra de seguridad en su cuenta (opcional);

3/ Usar ORCID como ID asociada para iniciar sesión en PubMed.

Aquí podéis ver como queda mi cuenta con mis cuentas vinculadas de Google y ORCID.

Más información aquí.

¿Sabes que en PubMed se incluyen preprints?

La Biblioteca Nacional de Estados Unidos de Medicina (NLM) ha comenzado la prueba piloto NIH Preprint Pilot. Este es un proyecto que hace que los preprints resultantes de la investigación financiada por los Institutos Nacionales de Salud (NIH) estén disponibles a través de PubMed Central (PMC) y, por extensión, en PubMed.

#PubMed ahora incluye preprints de autores con afiliación o apoyo del Instituto Nacional de Salud como parte de un nuevo programa piloto. @nlm_news @NIH

¿Qué es una preimpresión?

Las preimpresiones o preprints son borradores completos y públicos de documentos científicos, aún no certificados por revisión por pares. Por lo tanto, debemos ser conscientes de que cualquier aspecto de la investigación, incluidos los resultados y las conclusiones, puede cambiar como resultado de la revisión por pares, por lo que hay que tomarlos con cautela. Los preprints tienen un identificador único permanente diferente (ej.: DOI).

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/nihpreprints/

Las preimpresiones o #preprints son borradores completos y públicos de documentos científicos, aún no certificados por revisión por pares. Por lo tanto, debemos ser cautos con los resultados y las conclusiones.

En una primera fase el proyecto está centrado en investigación relacionada con el virus SARS-CoV-2 y COVID-19 aunque más adelante tienen planeado incluir preimpresiones resultantes del espectro más amplio de investigación.

El piloto tendrá una duración mínima de 12 meses, a partir de junio de 2020.

¿Cómo distingo un preprint en PubMed?

Para garantizar que podamos distinguir fácilmente entre las preimpresiones y los artículos de revistas, las preimpresiones en PMC se identificarán mediante un cartel de preimpresión con la marca NIH. Se indicarán claramente como tales en la cita, así como a través de un cuadro de información verde prominente. Además, en el recuadro amarillo se incluirá un enlace a la preimpresión en el sitio web del servidor y un enlace del artículo publicado, cuando esté disponible.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/nihpreprints/

Más información en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/nihpreprints/

Novedades de la Cochrane Library: 3/5 Mejoras de navegación y mayor contenido enlazado.

Siguiendo con las principales mejoras de la Cochrane Library nos encontramos con novedades relativas a la navegación y enlazado de contenido.

Entre las mejoras de navegación nos encontramos con el acceso a todo el contenido en una sola barra y las siguientes novedades:

Pestañas de la nueva barra de navegación de la Cochrane Library

Nueva barra de navegación en @CochraneLibrary. Una vez que hemos realizado una búsqueda, el contenido, al que se accede a través de pestañas separadas, incluye: revisiones Cochrane, protocolos Cochrane, ensayos, editoriales, colecciones especiales, respuestas clínicas y otras revisiones, como se muestra a continuación para entrar a @Epistemonikos @EpistemonikosEs

Mejoras de navegación de las revisiones dentro de la Biblioteca Cochrane
Mejora de acceso desde dispositivos móviles a la Cochrane Library

Las siguientes mejoras hacen referencia al contenido enlazado de la Cochrane Library y en los que destaco las siguientes novedades:

Contenido enlazado mejorado en la Cochrabe library

Entre las mejoras de la @CochraneLibrary encontramos el contenido enlazado a CENTRAL, Cochrane Clinical Answers, Google Académico, @Epistemonikos, ….

CENTRAL

El campo de fuente CENTRAL se ha ampliado para capturar los ensayos que se han recopilado de los registros de ensayos, incluidos ClinicalTrials.gov y el Portal internacional de ensayos clínicos de la OMS (ICTRP). Los usuarios ahora pueden identificar fácilmente los ensayos con un registro de registro de ensayos asociado tanto desde la página de búsqueda como desde la página de registro, y filtrar los resultados para incluirlos o excluirlos. Los usuarios de CENTRAL ahora pueden buscar en la base de datos números de registro de prueba (TN) específicos para devolver registros individuales asociados con ese número.

Ahora es posible ver todos los estudios incluidos en una revisión Cochrane en una única búsqueda CENTRAL mediante un enlace de la sección Referencias. Esto brinda a los usuarios la capacidad de exportar, filtrar o manipular los estudios mediante la interfaz de búsqueda de ensayos, así como combinar estudios de múltiples revisiones Cochrane.

Además, CENTRAL se ha ampliado para incluir alrededor de 14.000 referencias a ensayos controlados aleatorios identificados en CINAHL (literatura de enfermería y salud). Podemos utilizar la búsqueda de ensayos o el campo Fuente CENTRAL (tanto de la página de búsqueda como de la página de registro) para identificar fácilmente los ensayos de CINAHL.

Revisiones Cochrane

Mejoras de contenido enlazado en las Revisiones Cochrane 1
Mejoras de contenido enlazado en las Revisiones Cochrane 2

Google Académico

Se ha actualizado el atributo de metadatos de las revisiones Cochrane para vincularlo a la versión ReadCube del PDF. Esto significa que los usuarios que acceden al PDF directamente desde servicios como Google Académico vinculados a la versión correcta.

Vinculación de Cochrane Library a Google Académico

EPISTEMONIKOS

Ahora podemos buscar en la base de datos de Epistemonikos en «Other reviews» usando los campos: ‘Title Abstract’, ‘Record Title’, ‘Author’, ‘Source’ and ‘Digital Object Identifier (DOI)’, y podemos combinar varios términos utilizando operadores booleanos (AND, OR, NOT). También puede buscar Epistemonikos a través de la interfaz de búsqueda avanzada.

También podemos desde la pantalla de resultados ir por todo el contenido en la nueva barra de navegación. Una vez que haya realizado una búsqueda, el contenido, al que se accede a través de pestañas separadas, incluye: revisiones Cochrane, protocolos Cochrane, ensayos, editoriales, colecciones especiales, respuestas clínicas y otras revisiones, como se muestra a continuación para entrar a Epistemonikos:

Acceso a Epistemonikos desde la Cochrane Library

Es importante indicar que Epistemonikos no está indizada con el MeSH, por lo que hay que tenerlo en cuenta cuando buscamos en búsquedas avanzadas por este tesauro.

Novedades de la Cochrane Library: 2/5 Búsqueda por PICO

Siguiendo con las novedades de la Cochrane Library vamos ahora a ver en detalle un cambio que ya avancé en este blog el anuncio de la Cochrane del lanzamiento beta de una nueva herramienta para encontrar revisiones en la Biblioteca Cochrane: Búsqueda PICO beta. Actualmente, busca en la mayoría de las revisiones de intervenciones Cochrane publicadas desde 2015 (se pueden buscar más de 5000 revisiones).

PICO (Población/Paciente, Intervención, Comparación y Resultado o Outcome) se usa en la atención médica basada en evidencia para formular preguntas y desarrollar estrategias de búsqueda.

Para buscar por PICO lo primero que tenemos que hacer es entrar en «Búsqueda avanzada» y luego hacer click en la pestaña «PICO Search».

Cómo buscar por PICO

Si estamos buscando sobre personas que tienen COVID-19 y están tomando hidrocloroquina o cloroquina: 

  • Escriba «COVID-19» en el cuadro de búsqueda y seleccione el término de vocabulario PICO del menú desplegable.
  • Mantener la selección del botón de opción predeterminado como «Population».
  • Haga clic en «+» para agregar otra línea y seleccione «OR».
  • Escriba «Coronavirus» en el cuadro de búsqueda y seleccione el término del vocabulario PICO «Coronavirus Infection» en el menú desplegable.
  • Mantener la selección del botón de opción predeterminado como «Población».
  • Haga clic en «+» para agregar otra línea y seleccione «AND»
  • Escriba «Hydroxychloroquine» en el cuadro de búsqueda y seleccione el término de vocabulario PICO del menú desplegable.
  • Mantenga el botón de opción predeterminado como «Intervención».
  • Haga clic en «+» para agregar otra línea y seleccione «OR».
  • Escriba «Chloroquine» en el cuadro de búsqueda y seleccione el término del vocabulario PICO en el menú desplegable.
  • Haga clic en «Run Search».

Para buscar por PICO en la Cochrane Library lo primero que tenemos que hacer es entrar en «Advanced Search» y hacer clic en la pestaña «PICO Search». En esta presentación vemos los pasos de la búsqueda https://view.genial.ly/5faa4eb8f74fca0d216d8232

Refinando los resultados de la búsqueda

Una vez nos aparezca el resultado podemos refinar nuestra búsqueda seleccionando términos de las opciones «Filter your results» en el lado izquierdo de los resultados de búsqueda. Los filtros están organizados en Population, Intervention/Comparison y Outcome. Los filtros también incluyen edades y clasificaciones de intervención o resultado de nivel superior (High-level Outcome Classification).

Opciones de filtrado y visualización de PICO en Cochrane Library

Aquí os dejo el pdf de la presentación «How to use PICO Search»:

https://www.wiley.com/network/cochranelibrarytraining/how-to-use-pico-search

Novedades de la Cochrane Library: 1/5 Búsqueda por Respuestas Clínicas

Recientemente, la Cochrane Library ha agregado nuevas funciones y actualizado otras. Entre ellas destacan:

Veamos la primero de estas novedades.

Las Respuestas Clínicas Cochrane (en inglés Cochrane Clinical Answers; CCA) están escritas por médicos para médicos. Su función es la de proporcionar un resumen ameno, asequible y enfocado desde el punto de vista clínico a la investigación rigurosa a partir de las Revisiones Cochrane. Estas respuestas se diseñan para ser útiles e informar la toma de decisiones en el lugar de asistencia.

Las Respuestas Clínicas (Cochrane Clinical Answers) proporcionan un resumen ameno, asequible y enfocado a la investigación procedente de las Revisiones Cochrane @cochranecollab. Están diseñadas para ser útiles en la toma de decisiones clínica.  

Cada CCA contiene una pregunta clínica, una pregunta corta y los datos de los resultados de una Revisión Cochrane considerados más relevantes para la práctica de los profesionales sanitarios. La evidencia se muestra en un formato tabulado fácil de usar que incluye textos, datos y enlaces a gráficos. Aquí podemos ver una CCA:

Acceso a Clinical Answers de Cochrane Library

Cómo funciona el nuevo PubMed: ¿Por qué da resultados diferentes el Legacy vs. nuevo PubMed?

En las entradas anteriores Cómo funciona el nuevo PubMed: Search Details y Cómo funciona el nuevo PubMed: Mapeo automático de términos (Automatic Term Mapping – ATM) ya analizamos la forma de trabajar del nuevo PubMed.

Pero dicho lo anterior, todavía hay un tema que hay que conocer y que explica el motivo de por qué los resultados del PubMed legacy son distintos a los del nuevo PubMed.

Podemos aclarar que no es un solo motivo, son los tres siguientes de la figura 1:

Figura 1. Motivos del resultado diferente en el nuevo vs. antiguo PubMed

El primero de los motivos es que son dos sistemas independientes en los que la indexación se realiza en diferentes momentos, por lo que las adiciones, eliminaciones (por ejemplo, eliminar duplicados) o actualizaciones de registros no surten efecto al mismo tiempo en ambos lugares.

Otra modificación es el funcionamiento del algoritmo de búsqueda. Como vemos, el mapeo automático del término o asignación automática de términos (ATM) se ha aumentado para incluir la ortografías británica y americana, las formas de palabras en singular y plural y otros sinónimos para proporcionar una recuperación de búsqueda más coherente y completa (Figura 2). 

Figura 2. Mejora del algoritmo de búsqueda del nuevo PubMed

Y, por último, el truncamiento ha cambiado incluyendo todas las variaciones del término truncado frente a las primeras 600 variaciones del legacy PubMed. Además, si truncamos una frase debemos conocer que ya no hace la búsqueda por frase por defecto si no que separa los términos y los busca por separado (Figura 3).

Figura 3. Diferencias del truncamiento del legacy vs. nuevo PubMed

Para buscar una frase en el nuevo PubMed que incluya el último término truncado tenemos tres posibilidades:

  • Escribir la frase entre comillas dobles: «breast feed*» 
  • Usar una etiqueta de búsqueda: breast feed*[tiab] 
  • Use un guión: breast-feed*

En la figura 4 podemos ver y analizar los detalles de la búsqueda si escribimos en la venta de búsqueda otitis media treatment y vemos en Details la diferente traducción en el legacy vs. nuevo PubMed.

Figura 4. Ejemplo de detalle de búsqueda de otitis media treatment en legacy vs.nuevo PubMed

En resumen, las mejoras del motor de búsqueda del nuevo PubMed las podemos ver en las figura 5:

Figura 5. Mejoras en la recuperación del nuevo PubMed

¿Estamos preparados para el nuevo PubMed?

El pasado 5 de mayo BiblioMadSalud lanzaba a la primera experiencia de formación online con el título ¿Estamos preparados para el nuevo PubMed?.

Como ya se ha anunciado, el próximo 18 de mayo se hace efectiva la transición al nuevo PubMed. Por lo tanto, es el momento de poner a punto nuestros conocimientos en la nueva versión y familiarizarnos con las novedades.

En este seminario online se revisaron los principales cambios comparando la nueva versión con la legacy (antigua) y se analizaron sus fortalezas y debilidades. 

En resumen, se quiso aportar algo de luz centrándonos en las novedades de las funciones más usadas y aprender colectivamente mediante el planteamiento de los principales problemas que los bibliotecarios hemos detectado en estos últimos meses.

Aquí os dejo el video del webinar que permanecerá el canal de YouTube de BiblioMadSalud.

Grabación del webinar

Cómo funciona el nuevo PubMed: Mapeo automático de términos (Automatic Term Mapping – ATM)

En la entrada Cómo funciona el nuevo PubMed: Search Details mostraba como podemos ver los detalles de nuestra búsqueda y cómo se había modificado esta visualización frente al Legacy PubMed.

En esta nueva entrada vamos a explicar con detalle qué hace PubMed con los términos que nosotros escribimos en su ventana de búsqueda.

Nuevo superalgoritmo de PubMed

La NLM recomiendan a los usuarios de PubMed realizar una búsqueda básica con las siguientes características:

Búsqueda básica recomendada por PubMed

Cuando escribimos nuestra estrategia en la ventana inicial de PubMed siguiendo estas recomendaciones el sistema recuperará los registros en los que encuentre correspondencia con los términos buscados en un proceso denominado mapeo automático de términos (“Automatic Term Mapping” o ATM).

Mediante este proceso los términos ingresados en el cuadro de búsqueda se comparan (en este orden) con una tabla de traducción de Temas (incluyendo MeSH o Encabezamientos de temas médicos), una tabla de traducción de Revistas, el índice de Autor y un índice de Investigador (Colaborador).
Cuando se encuentra una coincidencia para un término o frase en una tabla de traducción, el proceso de mapeo se completa y no continúa a la siguiente tabla de traducción.

Mapeo automático de términos o Automatic Term Mapping (ATM)

El primer índice se denomina “Subject Translation Table“ que incluye:

  • Los encabezamientos MeSH
  • MeSH Subheadings
  • Términos MeSH Entry Terms (See-Reference mappings) para los términos MeSH
  • Tipos de publicación 
  • Pharmacological Actions
  • Términos derivados del Unified Medical Language System (UMLS) que tienen sinónimos equivalentes o variantes léxicas en inglés
  • Supplementary Concepts (sustancias) y sus sinónimos
Subject Translation Table de PubMed

Si encuentra una correspondencia en este índice “MeSH Translation table” el proceso se detiene y el término es mapeado al término MeSH correspondiente. La busqueda incluirá el MeSH, a lo que se añade la búsqueda de la frase cortada en palabras individuales que es buscada en todos los campos (All Fields). La búsqueda del MeSH incluye los términos jerárquicamente por debajo de él, es decir, hace la denominada búsqueda ampliada o “automatic explosion”.

Si, por ejemplo, escribiéramos en la ventana de búsqueda otitis media treatment la estrategia resultante es la que veríamos en Datails tal como en la entrada comenté en la anterior entrada Cómo funciona PubMed: Search Details.

Detalles de búsqueda por otitis media treatment

Si los términos son mapeados en la tabla MeSH, el proceso se detiene. Si algún término no es localizado en esta tabla, PubMed pasa a mapear por revistas buscando en la “Journals Translation Table” que incluye el nombre completo de la revista, abreviatura y número ISSN.

Si es encontrada una revista, esta es añadida a la búsqueda. El término también es buscado en todos los campos (All Fields) y el proceso se detiene aquí.

Si no encuentra correspondencia en “MeSH Translation table” ni en “Journals Translation Table” PubMed comprueba los nombres de autor. Si lo encuentra el proceso se detiene aquí.

Si no encuentra correspondencia, PubMed divide la frase en partes y repite el proceso de mapeo automático del término hasta que encuentra una correspondencia. Los términos que no encuentra correspondencia se buscarán en todos los campos (“All Fields”).

Aquí os dejo un enlace a un pequeño cuestionario para que podáis evaluar vuestros conocimientos del mapeo automático de términos de PubMed