MEDLINE celebra su 50 cumpleaños

MEDLINE es la principal base de datos bibliográfica de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) que contiene más de 28 millones de referencias a artículos de revistas de ciencias de la vida con especialización en biomedicina.

Mucho ha cambiado desde que se creó MEDLINE en 1971. Aquí hay algunos hitos notables:

¿Sabes las diferencias entre PubMed, MEDLINE y PMC?

En la entrada anterior “¿Pero no es lo mismo PubMed que MEDLINE?“, comentaba las diferencias entre PubMed y Medline. Ahora quiero compartir una presentación interactiva aclarando que es y que no es PubMed así como las diferencias entre PubMed, MEDLINE y PMC (PubMed Central).

PubReMiner: Herramienta de minería de datos para desarrollar estrategias de búsquedas para revisiones sistemáticas y de alcance

PubReMiner (https://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi) es un interface alternativo para buscar en PubMed, es decir, es un buscador que consulta la base de datos de PubMed de otra forma a la realizada por este motor de búsqueda y presentan los resultados en otro formato. Su principal ventaja es que nos permite analizar datos.

Para utilizarla escribimos nuestra búsqueda en la ventana de búsqueda y obtenemos el resultado en forma de tabla de frecuencias. Marcando en los recuadros nosotros podemos agregar o excluir términos a la consulta para optimizar los resultados.

De esta forma, con PubReMiner nos informa de las palabras que se utilizan con más frecuencia y nos proporciona una forma rápida de recopilar información adicional sobre el tema.

Las columnas que podemos visualizar y personalizar en la tabla de frecuencia son las siguientes:

  1. Año de publicación.
  2. Las revistas en las que más se publica su consulta.
  3. Los autores más activos en el campo de su consulta.
  4. Las palabras que más se han utilizado en el título y resumen de los artículos.
  5. Los campos de encabezamiento MESH (incluidos subencabezamientos).
  6. Supplementary Concept (Substances).
  7. Tipo de publicación.

Si por alguna razón deseamos adaptar nuestra consulta de una manera diferente a la que permite PubReMiner, podemos modificar la consulta de la forma que deseemos y presionar “Search with Manual Adjustment”. Una vez que hemos terminado con nuestra estrategia podemos pasar a ver los resultados en PubMed desde el botón “goto pubmed with query”.

PubReMiner nos ayuda a encontrar información relevante mediante sugerencias de palabras. Además de generar consultas eficientes, también puede ser útil en otras áreas como:

  • Seleccionar una revista para enviar nuestro manuscrito al mostrarnos en la tabla las revistas de investigación similar más frecuentes;
  • Encontrar expertos en un área de investigación al mostrarnos los autores que con mayor frecuencia publican del tema de nuestra consulta;
  • Si buscamos por un autor, encontramos los temas de interés de investigación de este al ver las palabras clave asociadas con ese autor;
  • Análisis bibliométricos de lo publicado sobre el tema de nuestra consulta;
  • Conviertir los resultados (todas nuestras publicaciones) en un CV en tiempo real con “Create CV output”

Por último, indicaros que podéis encontraros diferentes formas de llamar a esta herramienta como: PubReMiner, pubmed reminer, pub reminer, pubmed re-miner.

¿Tienes cuenta personal en PubMed? Te interesará saber que pronto dejará de funcionar tu clave de acceso

Tener una cuenta personal en PubMed nos aporta grandes ventajas frente al acceso general sin personalizar. Gracias a tener nuestra cuenta podemos salvar estrategias de búsqueda y recibir alertas bibliográficas en nuestro correo electrónico. También nos permite guardar resultados (“Collections”) de forma privada o pública, crearnos nuestra bibliografía (“My Bibliography”), configurar nuestras preferencias (“NCBI Site Preferences” como resaltar los términos de búsqueda y modificar el formato de visualización de los resultados, etc), crear nuestros propios filtros para los resultados (“Filters”) y añadir un icono de acceso al Portal de nuestra Biblioteca Virtual para acceder al texto completo.

La NLM, NIH y NCBI han anunciado que a partir del 16 de marzo de 2021, se dejan de crear nuevas cuentas con clave personales y el 22 de junio de 2021 las credenciales administradas por NCBI, es decir, aquellas que estableciste al crear tu cuenta personal o “nativa” (el nombre de usuario y la contraseña) van a desaparecer y no se podrá utilizar para iniciar sesión en NCBI. ¡Pero no te preocupes! Hay más de 4000 opciones de inicio de sesión.

A partir del 16 de marzo de 2021 se dejan de crear nuevas cuentas con clave personales y en junio desaparecerán las cuentas personales de MyNCBI. Estás a tiempo de hacer los cambios necesarios para conservar tu cuenta.

Si ya dispones de una cuenta persona, ¿qué debes hacer para no perder la cuenta? Las instrucciones que nos dan son las siguientes:

  • Iniciar sesión en NCBI con tu nombre de usuario y contraseña.
  • Haga clic en su nombre de usuario en la barra superior y elegir la opción de “Account settings” para cargar la página de configuración de su cuenta NCBI.
  • Agregar una cuenta vinculada entrando en el botón “Change” en “Linked accounts”.
  • Elige entre las opciones disponibles para una cuenta vinculada:
    • Google Account
    • Universitario / institucional (solo disponible si la institución es una organización asociada, por ejemplo, la Universidad Complutense de Madrid o el CSIC)
    • Facebook
    • Microsoft
    • login.gov
    • ORCID (entrando en “more login options”)
Algunas de las más de 4.000 posibilidades para el acceso a una cuenta personal en PubMed

Este cambio no afectará los datos reales de tu cuenta MyNCBI pero aumentará su seguridad.

@ernestob nos informa que otra forma de registrarnos en PubMed desde una cuenta ORCID es la siguiente:

1/ Crear perfil de investigador en ORCID (si no se dispone de él);

2/Añadir autenticación de 2 factores en ORCID, como capa extra de seguridad en su cuenta (opcional);

3/ Usar ORCID como ID asociada para iniciar sesión en PubMed.

Aquí podéis ver como queda mi cuenta con mis cuentas vinculadas de Google y ORCID.

Más información aquí.

¿Sabes que en PubMed se incluyen preprints?

La Biblioteca Nacional de Estados Unidos de Medicina (NLM) ha comenzado la prueba piloto NIH Preprint Pilot. Este es un proyecto que hace que los preprints resultantes de la investigación financiada por los Institutos Nacionales de Salud (NIH) estén disponibles a través de PubMed Central (PMC) y, por extensión, en PubMed.

#PubMed ahora incluye preprints de autores con afiliación o apoyo del Instituto Nacional de Salud como parte de un nuevo programa piloto. @nlm_news @NIH

¿Qué es una preimpresión?

Las preimpresiones o preprints son borradores completos y públicos de documentos científicos, aún no certificados por revisión por pares. Por lo tanto, debemos ser conscientes de que cualquier aspecto de la investigación, incluidos los resultados y las conclusiones, puede cambiar como resultado de la revisión por pares, por lo que hay que tomarlos con cautela. Los preprints tienen un identificador único permanente diferente (ej.: DOI).

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/nihpreprints/

Las preimpresiones o #preprints son borradores completos y públicos de documentos científicos, aún no certificados por revisión por pares. Por lo tanto, debemos ser cautos con los resultados y las conclusiones.

En una primera fase el proyecto está centrado en investigación relacionada con el virus SARS-CoV-2 y COVID-19 aunque más adelante tienen planeado incluir preimpresiones resultantes del espectro más amplio de investigación.

El piloto tendrá una duración mínima de 12 meses, a partir de junio de 2020.

¿Cómo distingo un preprint en PubMed?

Para garantizar que podamos distinguir fácilmente entre las preimpresiones y los artículos de revistas, las preimpresiones en PMC se identificarán mediante un cartel de preimpresión con la marca NIH. Se indicarán claramente como tales en la cita, así como a través de un cuadro de información verde prominente. Además, en el recuadro amarillo se incluirá un enlace a la preimpresión en el sitio web del servidor y un enlace del artículo publicado, cuando esté disponible.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/nihpreprints/

Más información en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/nihpreprints/

Cómo funciona el nuevo PubMed: ¿Por qué da resultados diferentes el Legacy vs. nuevo PubMed?

En las entradas anteriores Cómo funciona el nuevo PubMed: Search Details y Cómo funciona el nuevo PubMed: Mapeo automático de términos (Automatic Term Mapping – ATM) ya analizamos la forma de trabajar del nuevo PubMed.

Pero dicho lo anterior, todavía hay un tema que hay que conocer y que explica el motivo de por qué los resultados del PubMed legacy son distintos a los del nuevo PubMed.

Podemos aclarar que no es un solo motivo, son los tres siguientes de la figura 1:

Figura 1. Motivos del resultado diferente en el nuevo vs. antiguo PubMed

El primero de los motivos es que son dos sistemas independientes en los que la indexación se realiza en diferentes momentos, por lo que las adiciones, eliminaciones (por ejemplo, eliminar duplicados) o actualizaciones de registros no surten efecto al mismo tiempo en ambos lugares.

Otra modificación es el funcionamiento del algoritmo de búsqueda. Como vemos, el mapeo automático del término o asignación automática de términos (ATM) se ha aumentado para incluir la ortografías británica y americana, las formas de palabras en singular y plural y otros sinónimos para proporcionar una recuperación de búsqueda más coherente y completa (Figura 2). 

Figura 2. Mejora del algoritmo de búsqueda del nuevo PubMed

Y, por último, el truncamiento ha cambiado incluyendo todas las variaciones del término truncado frente a las primeras 600 variaciones del legacy PubMed. Además, si truncamos una frase debemos conocer que ya no hace la búsqueda por frase por defecto si no que separa los términos y los busca por separado (Figura 3).

Figura 3. Diferencias del truncamiento del legacy vs. nuevo PubMed

Para buscar una frase en el nuevo PubMed que incluya el último término truncado tenemos tres posibilidades:

  • Escribir la frase entre comillas dobles: “breast feed*” 
  • Usar una etiqueta de búsqueda: breast feed*[tiab] 
  • Use un guión: breast-feed*

En la figura 4 podemos ver y analizar los detalles de la búsqueda si escribimos en la venta de búsqueda otitis media treatment y vemos en Details la diferente traducción en el legacy vs. nuevo PubMed.

Figura 4. Ejemplo de detalle de búsqueda de otitis media treatment en legacy vs.nuevo PubMed

En resumen, las mejoras del motor de búsqueda del nuevo PubMed las podemos ver en las figura 5:

Figura 5. Mejoras en la recuperación del nuevo PubMed

¿Estamos preparados para el nuevo PubMed?

El pasado 5 de mayo BiblioMadSalud lanzaba a la primera experiencia de formación online con el título ¿Estamos preparados para el nuevo PubMed?.

Como ya se ha anunciado, el próximo 18 de mayo se hace efectiva la transición al nuevo PubMed. Por lo tanto, es el momento de poner a punto nuestros conocimientos en la nueva versión y familiarizarnos con las novedades.

En este seminario online se revisaron los principales cambios comparando la nueva versión con la legacy (antigua) y se analizaron sus fortalezas y debilidades. 

En resumen, se quiso aportar algo de luz centrándonos en las novedades de las funciones más usadas y aprender colectivamente mediante el planteamiento de los principales problemas que los bibliotecarios hemos detectado en estos últimos meses.

Aquí os dejo el video del webinar que permanecerá el canal de YouTube de BiblioMadSalud.

Grabación del webinar

Cómo funciona el nuevo PubMed: Mapeo automático de términos (Automatic Term Mapping – ATM)

En la entrada Cómo funciona el nuevo PubMed: Search Details mostraba como podemos ver los detalles de nuestra búsqueda y cómo se había modificado esta visualización frente al Legacy PubMed.

En esta nueva entrada vamos a explicar con detalle qué hace PubMed con los términos que nosotros escribimos en su ventana de búsqueda.

Nuevo superalgoritmo de PubMed

La NLM recomiendan a los usuarios de PubMed realizar una búsqueda básica con las siguientes características:

Búsqueda básica recomendada por PubMed

Cuando escribimos nuestra estrategia en la ventana inicial de PubMed siguiendo estas recomendaciones el sistema recuperará los registros en los que encuentre correspondencia con los términos buscados en un proceso denominado mapeo automático de términos (“Automatic Term Mapping” o ATM).

Mediante este proceso los términos ingresados en el cuadro de búsqueda se comparan (en este orden) con una tabla de traducción de Temas (incluyendo MeSH o Encabezamientos de temas médicos), una tabla de traducción de Revistas, el índice de Autor y un índice de Investigador (Colaborador).
Cuando se encuentra una coincidencia para un término o frase en una tabla de traducción, el proceso de mapeo se completa y no continúa a la siguiente tabla de traducción.

Mapeo automático de términos o Automatic Term Mapping (ATM)

El primer índice se denomina “Subject Translation Table“ que incluye:

  • Los encabezamientos MeSH
  • MeSH Subheadings
  • Términos MeSH Entry Terms (See-Reference mappings) para los términos MeSH
  • Tipos de publicación 
  • Pharmacological Actions
  • Términos derivados del Unified Medical Language System (UMLS) que tienen sinónimos equivalentes o variantes léxicas en inglés
  • Supplementary Concepts (sustancias) y sus sinónimos
Subject Translation Table de PubMed

Si encuentra una correspondencia en este índice “MeSH Translation table” el proceso se detiene y el término es mapeado al término MeSH correspondiente. La busqueda incluirá el MeSH, a lo que se añade la búsqueda de la frase cortada en palabras individuales que es buscada en todos los campos (All Fields). La búsqueda del MeSH incluye los términos jerárquicamente por debajo de él, es decir, hace la denominada búsqueda ampliada o “automatic explosion”.

Si, por ejemplo, escribiéramos en la ventana de búsqueda otitis media treatment la estrategia resultante es la que veríamos en Datails tal como en la entrada comenté en la anterior entrada Cómo funciona PubMed: Search Details.

Detalles de búsqueda por otitis media treatment

Si los términos son mapeados en la tabla MeSH, el proceso se detiene. Si algún término no es localizado en esta tabla, PubMed pasa a mapear por revistas buscando en la “Journals Translation Table” que incluye el nombre completo de la revista, abreviatura y número ISSN.

Si es encontrada una revista, esta es añadida a la búsqueda. El término también es buscado en todos los campos (All Fields) y el proceso se detiene aquí.

Si no encuentra correspondencia en “MeSH Translation table” ni en “Journals Translation Table” PubMed comprueba los nombres de autor. Si lo encuentra el proceso se detiene aquí.

Si no encuentra correspondencia, PubMed divide la frase en partes y repite el proceso de mapeo automático del término hasta que encuentra una correspondencia. Los términos que no encuentra correspondencia se buscarán en todos los campos (“All Fields”).

Aquí os dejo un enlace a un pequeño cuestionario para que podáis evaluar vuestros conocimientos del mapeo automático de términos de PubMed

Cómo funciona el nuevo PubMed: Search Details

El próximo 18 de mayo se hace efectiva la transición del legacy (antiguo) al nuevo PubMed. Por lo tanto, hay que poner a punto nuestros conocimientos en la nueva versión y familiarizarnos con las novedades. Y para ello lo primero que tenemos que tener claro es cómo funciona el nuevo PubMed.

¿Cómo funciona el nuevo PubMed?

Pero antes de adentrarnos en cómo funciona es importante conocer dónde ir a ver los detalles de lo que el motor de PubMed hace con los términos que hemos introducido en la ventana de búsqueda.

En el legacy PubMed nos aparecía una ventana de Search Details en la página de resultados de nuestra búsqueda. Esta ventana podíamos verla con más detalles si entrábamos en See more…. Gracias a la nueva pantalla que aparecía éramos capaces de analizar con detalle la “verdadera” estrategia y cómo PubMed había traducido e interpretado nuestros términos de búsqueda. En esta ventana podíamos, además, editar y modificar la estrategia.

En el nuevo PubMed esta ventana ha desaparecido de la página de resultados. Para ver cómo se tradujeron nuestros términos introducidos en la ventana de búsqueda debemos ir a la página de búsquedas avanzadas (Advanced) desde el enlace que aparece debajo de la ventana de búsqueda.

Acceso a página Advanced del nuevo PubMed

Entrando en la página de búsquedas avanzadas veremos el historial de búsqueda. Desde aquí podemos ver, combinar, comparar y descargar nuestras búsquedas previas. Si queremos ver en detalle nuestra estrategia de búsqueda tenemos que acceder a Details.

¿Cómo podemos ver los detalles de nuestra estrategia de búsqueda?

¿Y si queremos editar y modificar nuestra estrategia? Ya no podemos hacerlo directamente como en el Legacy PubMed. En el nuevo PubMed tenemos que escoger en Action la opción de Add to Box y modificarla en esa ventana de búsqueda.

Más novedades MeSH de MEDLINE para la búsqueda de #COVID19

El pasado 17 de febrero y el 3 de abril daba cuenta de las novedades en tesauro MeSH de MEDLINE para actualizarse con Supplementary Concepts relativos al COVID-19.

A estos se han añadido en marzo alguno más de tal forma que ahora tenemos disponibles los siguientes Supplementary Concept Records:

COVID-19

severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

spike glycoprotein, COVID-19 virus

COVID-19 diagnostic testing

COVID-19 drug treatment

COVID-19 serotherapy

COVID-19 vaccine

LAMP assay

Más información aquí.

Novedades MeSH de MEDLINE para la búsqueda de COVID-19

El tesauro MeSH de MEDLINE se sigue actualizando con los Supplementary Concepts relativos al COVID-19. En una entrada anterior “Qué son los MeSH Supplementary Concept Records de MEDLINE y nuevo COVID-19” ya di cuenta del nuevo Supplementary Concept “COVID-19“. Ahora han creado tres más:

COVID-19 diagnostic testing

COVID-19 drug treatment

COVID-19 vaccine

Hay que tenerlo en cuenta para actualizar las estrategias de búsqueda que vamos desarrollando y guardando sobre esta enfermedad.

Si quieres saber más de los Supplementary Concepts de MeSH mira la siguiente presentación:

Información obtenida de @Farhad_Cochrane y @angelmones

¿Quieres estar informado de lo publicado en PubMed sobre #COVID-19 y tienes poco tiempo?

Or recomiendo la estupenda  web de @ernestob con artículos de Coronavirus en PubMed actualizada diariamente

https://bit.ly/covid19bibliometria

Además, podemos ver:

─ Valor y link a Altmetric para cada artículo

─ Enlaza web con artículos en inglés y español ordenados por valor top de Altmetric

https://bit.ly/covid19top

Por otro lado os recomiendo LitCovid que es la colección más completa de trabajos de investigación sobre #COVID19 -19 (ver http://go.nature.com/3almd5p).

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/coronavirus/docsum

También puedes acceder a las últimas publicaciones de la CDC: https://www.coronavirus.gov  y las últimas investigaciones del NIH: https://www.nih.gov/coronavirus.

Os queremos recordar que, como siempre, nos tenéis a vuestra disposición para búsquedas de información en general y obtención de documentos. cualquiera de los recursos virtuales que tenemos disponibles para hacer vuestras peticiones porque estamos teniendo problemas con el correo electrónico y no os atenderíamos con la agilidad necesaria.

Trucos de búsqueda en PubMed

La búsqueda de información viene condicionada por una serie de factores tales como nuestros objetivos, tema de la búsqueda así como tiempo y recursos disponibles.

Por ello, una vez definida nuestra pregunta que ha de contestar nuestra búsqueda de información, lo primero que debemos hacer es seleccionar la fuente de información.

Muchas veces vamos directamente a buscar en PubMed cuando no es la fuente de elección para el tipo de búsqueda que necesitamos llevar a cabo. En otras ocasiones sí lo es y en estos casos nuestra forma de consulta es diferente dependiendo de si queremos unos pocos artículos que van a contestar nuestra pregunta o si vamos a necesitar realizar una búsqueda de todo lo relevante publicado sobre un tema o deseamos reducir el NNR (Numbers Needed to Read).

En la primera de las situaciones hemos de realizar una búsqueda sencilla partiendo de la ventana de búsqueda inicial. Para ello lo recomendable no complicar mucho la estrategia y realizarla al modo “Google”.

En la siguiente presentación hay recomendaciones para este tipo de búsqueda y un ejemplo:

Pero PubMed dispone de funcionalidades que nos van a ayudar a realizar una búsqueda experta. Será útil en el caso de que estemos buscando estudios en búsquedas sistemáticas de la literatura o una búsqueda en la que queramos ahorrar tiempo reduciendo el número absoluto de referencias e incrementando el número de referencias relevantes. Un ejemplo sería el utilizar el tesauro MeSH, las etiquetas de campos de registro y los filtros metodológicos disponibles en Clinical Queries.

En la siguiente presentación vemos los trucos y recomendaciones para cuando queramos llevar a cabo una búsqueda experta.

Y recuerda, si necesitas realizar una búsqueda experta contacta con el bibliotecario/documentalista de ciencias de la salud que sabrá orientarte en todos los pasos metodológicos que este tipo de búsqueda requiere.

Bibliografía:

Campos-Asensio C. Como elaborar una estrategia de búsqueda bibliográfica. Enferm Intensiva. 2018 Oct – Dec;29(4):182-186. doi: 10.1016/j.enfi.2018.09.001. PMID: 30291015.