6 diferencias en la conversión de estrategias de MEDLINE PubMed – Ovid cuando busco por el tesauro MeSH

El otro día me preguntaban si ante las incongruencias del nuevo PubMed recomendaba para búsquedas complejas, como el caso de revisiones sistemáticas, hacer las búsquedas en el MEDLINE de OVID u otras alternativas de consulta de esta base de datos.

Para aquellos que se animen a dar el salto al MEDLINE de la plataforma de OVID aquí os dejo una infografía con las diferentes sintaxis de búsqueda por el tesauro MeSH que ayudará a la conversión de estrategias.

Aquí os dejo lo mismo pero en forma de tabla:

Cómo funciona el nuevo PubMed: Mapeo automático de términos (Automatic Term Mapping – ATM)

En la entrada Cómo funciona el nuevo PubMed: Search Details mostraba como podemos ver los detalles de nuestra búsqueda y cómo se había modificado esta visualización frente al Legacy PubMed.

En esta nueva entrada vamos a explicar con detalle qué hace PubMed con los términos que nosotros escribimos en su ventana de búsqueda.

Nuevo superalgoritmo de PubMed

La NLM recomiendan a los usuarios de PubMed realizar una búsqueda básica con las siguientes características:

Búsqueda básica recomendada por PubMed

Cuando escribimos nuestra estrategia en la ventana inicial de PubMed siguiendo estas recomendaciones el sistema recuperará los registros en los que encuentre correspondencia con los términos buscados en un proceso denominado mapeo automático de términos (“Automatic Term Mapping” o ATM).

Mediante este proceso los términos ingresados en el cuadro de búsqueda se comparan (en este orden) con una tabla de traducción de Temas (incluyendo MeSH o Encabezamientos de temas médicos), una tabla de traducción de Revistas, el índice de Autor y un índice de Investigador (Colaborador).
Cuando se encuentra una coincidencia para un término o frase en una tabla de traducción, el proceso de mapeo se completa y no continúa a la siguiente tabla de traducción.

Mapeo automático de términos o Automatic Term Mapping (ATM)

El primer índice se denomina “Subject Translation Table“ que incluye:

  • Los encabezamientos MeSH
  • MeSH Subheadings
  • Términos MeSH Entry Terms (See-Reference mappings) para los términos MeSH
  • Tipos de publicación 
  • Pharmacological Actions
  • Términos derivados del Unified Medical Language System (UMLS) que tienen sinónimos equivalentes o variantes léxicas en inglés
  • Supplementary Concepts (sustancias) y sus sinónimos
Subject Translation Table de PubMed

Si encuentra una correspondencia en este índice “MeSH Translation table” el proceso se detiene y el término es mapeado al término MeSH correspondiente. La busqueda incluirá el MeSH, a lo que se añade la búsqueda de la frase cortada en palabras individuales que es buscada en todos los campos (All Fields). La búsqueda del MeSH incluye los términos jerárquicamente por debajo de él, es decir, hace la denominada búsqueda ampliada o “automatic explosion”.

Si, por ejemplo, escribiéramos en la ventana de búsqueda otitis media treatment la estrategia resultante es la que veríamos en Datails tal como en la entrada comenté en la anterior entrada Cómo funciona PubMed: Search Details.

Detalles de búsqueda por otitis media treatment

Si los términos son mapeados en la tabla MeSH, el proceso se detiene. Si algún término no es localizado en esta tabla, PubMed pasa a mapear por revistas buscando en la “Journals Translation Table” que incluye el nombre completo de la revista, abreviatura y número ISSN.

Si es encontrada una revista, esta es añadida a la búsqueda. El término también es buscado en todos los campos (All Fields) y el proceso se detiene aquí.

Si no encuentra correspondencia en “MeSH Translation table” ni en “Journals Translation Table” PubMed comprueba los nombres de autor. Si lo encuentra el proceso se detiene aquí.

Si no encuentra correspondencia, PubMed divide la frase en partes y repite el proceso de mapeo automático del término hasta que encuentra una correspondencia. Los términos que no encuentra correspondencia se buscarán en todos los campos (“All Fields”).

Aquí os dejo un enlace a un pequeño cuestionario para que podáis evaluar vuestros conocimientos del mapeo automático de términos de PubMed

Más novedades MeSH de MEDLINE para la búsqueda de #COVID19

El pasado 17 de febrero y el 3 de abril daba cuenta de las novedades en tesauro MeSH de MEDLINE para actualizarse con Supplementary Concepts relativos al COVID-19.

A estos se han añadido en marzo alguno más de tal forma que ahora tenemos disponibles los siguientes Supplementary Concept Records:

COVID-19

severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

spike glycoprotein, COVID-19 virus

COVID-19 diagnostic testing

COVID-19 drug treatment

COVID-19 serotherapy

COVID-19 vaccine

LAMP assay

Más información aquí.

PubMed: Búsquedas avanzadas por MeSH

MeSH es el acrónimo de Medical Subject Headings y es el vocabulario controlado de términos biomédicos que representan el contenido de cada artículo que se ingresa en la base de datos MEDLINE. Hay aproximadamente 26.000 términos médicos que se encuentra organizados alfabéticamente y de manera jerárquica.
Los indizadores de MEDLINE de la NLM examinan los artículos y asignan los encabezamientos MeSH apropiados más específicos que describan los conceptos principales que se tratan en el artículo. El indizador asigna tantos encabezamientos como sean apropiados para cubrir los temas del artículo: generalmente de 5 a 15.
El término MeSH que refleja los puntos principales o Major MeSH de un artículo es señalado con un asterisco (*) por los indizadores.
Además, podemos cualificar las búsquedas por MeSH utilizando los subencabezamientos o subheadings particulares de un encabezamiento MeSH. En total hay 83 subheadings organizados por categorías (Administration & dosage, Adverse effects, Complications, Diagnosis, Drug therapy, Epidemiology, Organization & administration, Pharmacokinetics, Prevention & control, Surgery, Therapeutic use).

Si quieres aprender cómo construir y centrar una búsqueda en PubMed utilizando la base de datos MeSH aquí tienes un vídeo de la NLM:

Por último hay que recordar que realizar búsquedas mediante la opción MeSH Database es sólo una de las múltiples formas de buscar en PubMed y que deberemos tener en cuenta que si buscamos por MeSH la búsqueda es más precisa pero se pierde todas aquellas referencias más recientes no incorporadas a MEDLINE.