Estadísticas de MEDLINE del año 2012

Como cada año la National Library of Medicine publica las estadísticas de la base de  datos MEDLINE.

Este año me ha llamado la atención que la proporción de registros cuyo país de procedencia de las revistas es Estados Unidos: un 43% de las citas en MEDLINE son de revistas procedentes de EEUU. Sin embargo, en el año 2012 el porcentaje es aún mayor, del 45%. Esto se debe a que con el paso de los años la proporción de revistas procedentes de Estados Unidos ha ido incrementándose desde un 31% en el año 1964.

Por otro lado, el porcentaje de referencias escritas en inglés es del 93% para los años 2010-2012, cuando en el intervalo de años de 1960-1964 era de solo el 49%.

Como vemos, el sesgo a las publicaciones Norteamericanas y al idioma inglés va haciéndose cada año mayor en MEDLINE.

Cómo configurar alertas de revistas de nuestro interés utilizando PubMed

Una de las más interesantes utilidades que encontramos en PubMed es la posibilidad de configurar alertas de correo electrónico de artículos de revistas. De esta forma nos mantenemos al día y actualizados con los artículos de aquellas revistas de nuestra área de interés.

Para ellos es necesario que nos creemos una cuenta personalizada en MyNCBI. Es gratuito y debemos incluir un correo electrónico activo en el que deseemos recibir las alertas.

En el siguiente vídeo de la NLM encontraréis una breve demostración de cómo configurar alertas de correo electrónico para los artículos de un conjunto de revistas utilizando MyNCBI de PubMed.

Cómo recuperar las referencias de un número de una revista

El el siguiente vídeo se indica como recuperar en PubMed las referencias de un número concreto de una revista.

Acordaros que el paso previo para poder visualizar los iconos con los enlaces de acceso al  texto completo de los artículos es necesario entrar en la dirección de PubMed institucional del Hospital de Getafe

Nueva estrategia de revisiones sistemáticas en PubMed

En PubMed disponemos de la búsqueda por el campo «subset» o subconjunto que nos permite limitar nuestra estrategia a temas específicos. Así disponemos de subset de AIDS, Bioethics, Cancer, Complementary medicine, Dietary Medicine, History of Medicine, Systematic Reviews, Toxicology y Veterinary Science.
En el mes de febrero de 2013 se han revisado en PubMed algunos subset como el subconjunto de revisiones sistemáticas («Systematic Reviews»). Esta estrategia tiene como objetivo la recuperación de citas identificadas como revisiones sistemáticas, meta-análisis, revisiones de ensayos clínicos, la medicina basada en la evidencia, conferencias de consenso de desarrollo, guías y artículos de revistas especializadas en estudios de revisión de valor para los clínicos.

Podemos aplicar esta estrategia de diferentes maneras:

  • añadiendo el subset o subconjunto «systematic» seguido de la etiqueta [sb]. Por ejemplo: exercise hypertension AND systematic [sb].
  • Aplicando este subset que se encuentra disponible en la barra lateral izquierda de «Filters».
  • Desde la pantalla de Clinical Queries.

Cuando aplicamos este sunconjunto o subset la estrategia que se ejecuta es la siguiente:

subset systematic PubMed

Búsqueda de la literatura científica (vídeo webinar CCI-OPS)

Aquí os dejo la grabación de un webinario impartido por Ivan Solà de título «Búsquedas de la literatura científica» que se celebró el pasado 11 de octubre de 2012.

Este webinar forma parte del acuerdo entre la Asociación Colaboración Cochrane Iberoamericana-Centro Cochrane Iberoamericano y la organización Panamericana de Salud/ Organización Mundial de la Salud para incentivar la producción de revisiones sistemáticas.

Podéis encontrar las grabaciones de todos los webinarios en: http://cochrane.es/ACUERDO_OPS_CCIB

Vídeo sobre cómo utilizar el MeSH para buscar en PubMed

La búsqueda con el tesauro MeSH es poco utilizada pues requiere un conocimiento avanzado de la base de datos MEDLINE. Sin embargo, es necesaria su utilización cuando queremos hacer una búsqueda precisa.

Os dejo un vídeo de la NLM en el que explica como hacer una búsqueda con los encabezamientos MeSH en PubMed.

PubMed permitirá ver el resumen en lengua no inglesa que incluya el artículo original

La NLM anuncia que en breve los editores tendrán la oportunidad de incluir en PubMed los resúmenes en lengua no inglesa de los artículos. Para ver el resumen en el idioma original dispondremos de un enlace cuando visualicemos el registro del artículo en formato «Abstract».

PubMed_resumen lengua no inglesa

 

Al cliquear en el enlace del idioma pasaremos a ver el resumen en el idioma diferente del inglés que aparece por defecto. Si un registro sólo dispone de resumen en lengua no inglesa, PubMed no mostrará un resumen por defecto pero podremos seleccionar la opción del idioma no inglés.

Los resumen en lengua no inglesa no estarán disponibles en los formatos de visualización «Summary» (el que aparece por defecto), MEDLINE o XML y no estará disponible para su descarga a través de E-mail utilities. Por otra parte parece que no estarán disponibles estos datos en otros proveedores de MEDLINE.

Más información en: http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf13/jf13_pm_abstract.html

Palabras claves del autor en PubMed

Terminamos la semana con más cambios en PubMed. Para empezar os comento que ya se encuentra activa una novedad anunciada hace unos días que nos permite la descarga del historial de búsqueda como archivo para Excel.

Pero además, ahora tenemos disponibles en el registro las palabras claves que el autor del artículo ha incluido en este.

Para buscar las palabras claves se pueden buscar sin etiqueta o con las etiquetas de otro término [OT] o palabra de texto [TW]. Las palabras claves del autor las visualizamos en los formatos de Abstract, MEDLINE y XML.

Aquí os dejo un pantallazo con un ejemplo de búsqueda con la etiqueta OT.

KeywordsPubMedMás información en: http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf13/jf13_pm_keywords.html

Recomendaciones para la implantación de la Práctica Basada en la Evidencia

En un reciente artículo publicado en BMJ Open (Ubbink DT, Guyatt GH, Vermeulen H. Framework of policy recommendations for implementation of evidence-based practice: a systematic scoping review. BMJ Open. 2013 Jan 24;3(1). doi:pii: e001881. 10.1136/bmjopen-2012-001881. Print 2013. PubMed PMID: 23355664.) se hace una revisión sistemática de la literatura para resumir las soluciones propuestas de infraestructura y organizativas para promover la práctica basada en la evidencia (PBE).

Los autores llegan a la conclusión de que después de más de 20 años de su introducción, el paradigma de la PBE ha sido adoptado por profesionales de la salud como un medio importante para mejorar la calidad de la atención al paciente, pero su aplicación sigue siendo deficiente.

Entre los resultados se encontró que la mayoría (mediana 64%) de los médicos y enfermeras consideraban su conocimiento de la PBE era insuficiente, una media del 70% de los encuestados consideraron que sus habilidades como insuficientes e igual ocurrió con su formación en estos temas.

Aunque  la accesibilidad a PubMed fue alta (al menos el 88%, con alguna excepción) la toma de decisiones clínicas se basaban en libros de texto  y en la consulta a colegas en lugar de mediante la búsqueda en bases de datos electrónicas.

Las barreras se resumen en la siguiente tabla y que fueron sorprendentemente similares excepto la barrera del idioma para los países de habla no inglesa y la limitación en el acceso a bases de datos electrónicas de algunos países:

Barreras PBE

El total de las soluciones recomendadas las podéis consultar en la siguiente tabla (http://bmjopen.bmj.com/content/3/1/e001881/T5.expansion.html) muchas de las cuales se basan en la educación y aprendizaje.

Por mi parte destaco una de las recomendaciones que indican la necesidad de existencia de Servicios de Biblioteca con servicios de búsqueda en las bases de datos, accesos a Internet y ordenadores en el sitio de toma de decisiones, sistemas que permitan el acceso a Guías, protocolos y temas evaluados críticamente (CATs) y sistemas de apoyo a la toma de decisiones automatizada con prioridad de revisiones sistemáticas.

Materiales webinar «PubMed para principiantes»

Como ya os anuncié en mi anterior entrada, ayer por la tarde impartí el webinar en SocialBiblio  de título “Pubmed para principiantes“.

Me alegró ver que acudieron no sólo profesionales de la información y bibliotecarios, sino también muchos profesionales sanitarios que quisieron aprender más sobre esta herramienta de búsqueda especializada en ciencias de la salud.

A todos los que me seguisteis, y por supuesto a Paula y María, me gustaría daros las gracias.

Os dejo la presentación así como el enlace a la grabación de la clase para los que no pudierais asistir en directo.

Webinar «PubMed para principiantes» en SocialBiblio

El próximo miércoles 23 de enero a las 22:00 horas voy a impartir un webinar en SocialBiblio de título: PubMed para principiantes.

Está dirigido a personas con escasos conocimientos de búsqueda en PubMed. Se explicará qué es y su contenido, haremos una presentación de sus características, veremos cómo realizar estrategias de búsqueda básicas y explicaremos cómo interpreta PubMed nuestra estrategia. Por último aprenderemos a limitar nuestros resultados y las diferentes opciones disponibles de visualización y manejo de las referencias recuperadas.

Para participar como alumno a la sesión online solo debes seguir los pasos que encontrarás en este enlace: http://www.socialbiblio.com/participa/participa-como-alumno/

Puedes acceder al aula virtual en WizIQ desde tu table Android o iPad así como desde tu ordenador. 

Como ya la mayoría sabéis SocialBiblio es una comunidad de práctica en línea sobre biblioteconomía, documentación y gestión de la información y cuyo proyecto se debe a mis dos compañeras bibliotecarias Paula Traver y María García-Puente.

Guía de uso para crear alertas en PubMed

La Biblioteca Virtual del Sistema Sanitario Público de Andalucía acaba de publicar una Guía de uso sobre alertas bibliográficas en PubMed que aquí os dejo:

Los que seáis usuarios del Hospital de Getafe deben tener en cuenta que la URL del PubMed de nuestra institución es: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?myncbishare=bibgetafe

pero a partir de la página 5 de la Guía es aplicable a todo aquel que quiera crearse una cuenta en PubMed para posteriormente crearse alertas por correo electrónico.

 

Mejora de My Bibliography en PubMed

My Bibliography va a mejorar incluyendo una opción para generar un informe en formato PDF.

Además, se ha desarrollado un nuevo filtro «Linked to my Awards» en My Bibliography para ayudar a los investigadores a limitar los resultados a las publicaciones directamente relacionadas con sus premios.

myncbi_pdf_fig1

Nos aparecerá una ventana emergente donde podemos completar el encabezado y el pie de página del informe introduciendo el nombre y apellidos, así como un número de página inicial para el informe. Estos campos se pueden dejar en blanco si desea introducir la información manualmente.

myncbi_pdf_fig2

El PDF resultante tendrá la información introducida en los campos de Nombre, segundo nombre y apellido en la esquina superior derecha de todas las páginas incluidas en el informe.

myncbi_pdf_fig3

Información obtenida del NLM Technical Bulletin nº 389 de noviembre-diciembre 2012.

 

 

 

 

Filtro de búsqueda en PubMed para la identificación de estudios pediátricos

Acabo de leer el artículo del Cochrane Childhood Cancer Group publicado en la revista Journal of Pediatrics cuyo objetivo es el identificar y validar los filtros de búsqueda en PubMed para la recuperación de estudios en niños y desarrollar un nuevo filtro de búsqueda pediátrico para PubMed.
Además del límite de PubMed «All Child: 0-18 años», ahora renombrado filtro, los autores identifican 6 filtros de búsqueda para la recuperación de los estudios en niños.
Sin embargo, los autores concluyen que los filtros de búsqueda identificados o bien tienen una baja sensibilidad o una baja precisión con un NNR (number need to read) alta.
Con estos datos, los autores han desarrollado un nuevo filtro de búsqueda con una óptima sensibilidad (99,5%) y la precisión (69,0%) y bajo NNR.
El filtro es el siguiente:

Infan* OR newborn* OR new-born* OR perinat* OR neonat* OR baby OR baby* OR babies OR toddler* OR minors OR minors* OR boy OR boys OR boyfriend OR boyhood OR girl* OR kid OR kids OR child OR child* OR children* OR schoolchild* OR schoolchild OR school child[tiab] OR school child*[tiab] OR adolescen* OR juvenil* OR youth* OR teen* OR under*age* OR pubescen* OR pediatrics[mh] OR pediatric* OR paediatric* OR peadiatric* OR school[tiab] OR school*[tiab] OR prematur* OR preterm*

Donde mh es Medical Subject Heading y tiab title or abstract.

La referencia completa es: Leclercq E, Leeflang MM, van Dalen EC, Kremer LC. Validation of Search Filters for Identifying Pediatric Studies in PubMed. J Pediatr. 2012 Oct 17. doi:pii: S0022-3476(12)01026-8. 10.1016/j.jpeds.2012.09.012. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 23084708.

PubMed dejará de dar soporte a Internet Explorer 7

De acuerdo con la web NCBI , a partir del 1 de enero de 2013 los recursos de la NCBI dejarán de dar soporte en Internet Explorer 7 .
Por lo tanto,  es el momento de empezar instalar en los ordenadores IE 8 o superior o Firefox 4 o superior o Chrome.

Esto significa que a partir del 1 de enero de 2013, si estas buscando en PubMed utilizando IE7 y algo va mal, es tu problema dado que la NCBI ya no diseñan PubMed para que funcione con Internet Explorer 7.

En nuestras instituciones va a ser un gran problema dado que Internet Explorer es el navegador por defecto y a que para que funcionen sin problemas las aplicaciones clínicas disponemos de una versión incluso anterior a la 7.

Mi recomendación es que si quieres seguir buscando en PubMed sin problemas intentes  conseguir Firefox o Chrome y añadirlo a tu ordenador.

Como indiza MEDLINE los fármacos y sustancias químicas

Repetidamente a lo largo de mi experiencia laboral he tenido que realizar búsquedas exhaustivas y sistemáticas de medicamentos en las bases de datos tales como EMBASE, CINHAL, MEDLINE, …

EMBASE es la base de datos de elección para estas búsquedas y en las que las estrategias son más sencillas. Para la búsqueda en PubMed hay que tener en cuenta lo siguiente:  desde 1996 en MEDLINE para cada MeSH de una sustancia química y fármaco hay asignado uno o más encabezamientos que describen su acción farmacológica («Pharmacological Action» o PA).

Vamos a verlo con un ejemplo: si queremos buscar en PubMed por AINES («Non-steroidal Anti-inflammatory Agents») y vamos a la base de datos MeSH las dos primeras sugerencias son:

La primera sugerencia es el término MeSH «Anti-inflammatory Agents, Non-Steroidal» y si miramos el árbol jerárquico NO encontraremos fármacos por debajo más específicos cuyo mecanismos de acción sea de AINEs. Esto se debe a que los MeSH de fármacos no están dispuestos por mecanismo de acción sino por la estructura químicaEsto puede ser muy confuso para la mayoría de las personas e incluso para personas muy habituadas en hacer búsquedas en MEDLINE. Por mi experiencia los médicos y farmacéuticos quieren buscar por grupos de medicamentos con el mismo mecanismo de acción, no por la misma familia química. Otro ejemplo, la espironolactona («Spironolactone») pertenece al MeSH de las lactonas («Lactones») pero no al MeSH de «Aldosterone Antagonists» o «Androgen Antagonist».

Veamos ahora la segunda sugerencia. Esta es «Anti-inflammatory Agents, Non-Steriodal» [Pharmacological Action]. Los «Pharmacological Action Terms»  si que encontramos los medicamentos agrupados por mecanismo de acción. En nuestro caso nos encontramos con MÁS DE 230 términos más específicos algunos como «Aspirin», «Dipyrone» e «Iburpofen» que son términos MeSH así como los nombre de varias sustancias, también llamadas «Supplementary Concept».

Además, un mismo fármaco puede tener asignadas varias «Pharmacological Actions» (PA). En el caso de «Aspirin» encontramos las siguientes PA:
Anti-Inflammatory Agents, Non-Steroidal
Cyclooxygenase Inhibitors
Fibrinolytic Agents
Platelet Aggregation Inhibitors

Volviendo al caso de la búsqueda de AINEs, todo lo dicho anteriormente implica que si queremos recuperar los resultados completos debemos obligatoriamente que buscar tanto por el término MeSH como por el «Pharmacological Action». Lo vemos revisando el historial de búsqueda siguiente:

Y volviendo a «aspirin», un artículo indexado a partir del año 1996 que trata sobre la aspirina usada como un agente anti-inflamatorio está indexado con «Aspirin» y como «Anti-Inflammatory Agents, Non-Steroidal». Un artículo indexado a partir del año 1996 que trata sobre la aspirina usada como anticoagulante está indexado con «Aspirin» y como «Platelet Aggregation Inhibitors». Por lo tanto, para buscar artículos indexados desde 1996 acerca de una acción particular de una sustancia, hay que buscar tanto por el término MeSH de la sustancia como por y la acción farmacológica de esta.

Por último añadir que la recuperación de citas indexadas antes de 1996 es probable que sea incompleta.

Más información en http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/mesh/paterms.html

Solucionados los problemas de filtros personalizados en PubMed

Desde hace unos días hemos tenido problemas con la cuenta compartida del Hospital de Getafe así como con las cuentas personales de PubMed.
Cuando entramos por dicha URL o con nuestra clave de acceso a las diversas cuentas no nos aparecían los filtros que teníamos personalizados ni el icono del Hospital para el Linkout.

El problema ha sido una desconfiguración de la cuenta MyNCBI debido a problemas técnicos causados por una intensa tormenta que azotó el área de Washington, DC (más información en http://www.spc.noaa.gov/misc/AbtDerechos/derechofacts.htm).
Puestos es contactos con la NLM nos han dado la solución. Para aquellos interesados y que puedan tener el mismo problema, pues me consta que no ha sido un suceso aislado, transcribo sus instrucciones:

«Please do the following:
1) Sign into your My NCBI account
2) Click NCBI Site Preferences
3) Look at the «Shared Settings» line does it say «Filters»?
4) If not then click on «Shared Settings»
5) Click the checkbox next to Filters
6) Click Save
7) Try your URL again.»

Novedad en PubMed: PubMed Discovery Tools

Nos anuncian desde la NLM que próximamente PubMed dispondrá de una columna llamada «Discovery Tools«. Por el momento contendrá dos tipos de herramientas nuevas:

  • «Results by years» donde en forma de gráfica de línea de tiempo se nos mostrará los resultados de las búsquedas siempre que se recuperen 10.000 o más referencias. Podemos haga clic en las flechas y mover a izquierda y derecha para mostrar un año anterior o posterior o bien hacer clic en las barras individuales en la línea de tiempo para mostrar los resultados en un solo año.

  • «PMC Images Search» que nos mostrará las imágenes resultado de la búsqueda en PubMed que cumplan con una serie de criterios, por ejemplo, los resultados con un mínimo de 250 citas, los filtros no esten activos, la búsqueda no incluye los operadores booleanos, que la búsqueda recupere un mínimo de 4 imágenes relevantes.

Desde la NLM nos indican que el Discovery Tools irá cambiando.

Tutorial de los nuevos filtros de PubMed (‘Filters sidebar’)

La verdad es que me sigue sin gustar el nuevo cambio de Limits por el ahora llamado ‘Filters sidebar’. En general me parece más engorroso su aplicación y una pérdida de tiempo ya que si queremos aplicar más de un término a la búsqueda los tenemos que ir seleccionando uno por uno y esperar a los resultados de la aplicación de uno para poder agregar otro.

Pero como nos vamos a tener que acostumbrar mejor hacerlo cuanto antes. Por eso os dejo un vídeo de YouTube con el tutorial de este nuevo cambio.

Cambio en los ‘Limits’ de PubMed

Dando la razón a las leyes de Murphy hoy, día que tengo que dar un taller de PubMed en el Hospital, se realiza el cambio ya anunciado de los ‘Limits’ en PubMed.

Explican que con el fin de hacer más visibles los límites aplicables a la búsqueda y, por lo tanto, que el usuario poco adiestrado en PubMed los utilice, han sustituido la hasta ahora página de ‘Limits’ existente por una barra lateral de filtro de los resultados.

Mi opinión personal es que se va a ganar en el uso de estos límites pero a costa de hacer más lento y engorroso su aplicación a usuarios habituales de PubMed. Además, puede dar lugar a confusión su nueva denominación como ‘filters’ pues así también siguen denominándose los filtros que uno se crea en MyNCBI. Por último el espacio para la visualización del resultado se reduce.

Bueno, tal vez veo muchas pegas pero es que te cambien PubMed cuando a pocas horas lo tengo que contar y tenía ya la presentación y documentación terminadas es una verdadera faena.

Más información en: http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj12/mj12_pm_sidebar.html

Número de referencias añadidas a MEDLINE® por año fiscal (1 Oct- 30 Sept)

Aquí os dejo el último análisis de estadísticas de MEDLINE. Esta vez es el gráfico del número de referencias indexadas añadidas a MEDLINE durante cada año fiscal desde 1995.

Más información disponible en: http://www.nlm.nih.gov/bsd/stats/cit_added.html

Número de autores personales vs. colectivos en MEDLINE/PubMed ®

Siguiendo con datos estadísticos interesantes de MEDLINE/PubMed aquí os dejo la gráfica de cómo el número de artículos con autores personales ha ido aumentando desde 1950 frente a los autores colectivos.

Más información y tablas disponible en: http://www.nlm.nih.gov/bsd/authors1.html

¿En cuántas referencias de MEDLINE® se incluye el resumen?

Interesante tabla con información del número de registros de MEDLINE® que están escritos en inglés y el tanto por ciento de citas que incluyen el campo de ‘Abstract’.

Esta información se ha obtenido realizando búsquedas en PubMed ® limitado a MEDLINE® y teniendo en cuenta que la información del año de publicación 2011 aún no está completa. Información obtenida de: http://www.nlm.nih.gov/bsd/medline_lang_distr.html

Resultados de PubMed y software de gestión de referencias

Anuncian desde la NLM que PubMed dispondrá de la opción de selección de «Citation Manager» desde el menú «Send to» de resultados. De esta forma podremos enviar los resultados  de nuestra búsqueda para su inclusión en un software de gestión de referencias.

 

 

 

¿Pero no es lo mismo PubMed que MEDLINE?

No es extraño que nuestros usuarios, e incluso muchas veces los mismos bibliotecarios, tomemos como iguales a PubMed y MEDLINE. De hecho, cuando explicamos que es PubMed simplificamos y decimos que proporciona acceso gratuito a la base de datos MEDLINE. Y siendo esto verdad también hay que señalar que PubMed no solo es MEDLINE aunque su mayor componente sea este.

Me ocurrió con un usuario la semana pasada que me solicitó ayuda pues había enviado un manuscrito a una revista y le habían pedido que corrigiera este añadiendo trabajos más recientes. Este médico había realizado una buena búsqueda en PubMed utilizando el tesauro MeSH. Lo que el desconocía es que si busca usando los términos MeSH, al igual que por los campos de tipo de artículo, idioma, etc.), perdía contenido incluido en PubMed y limitaba su resultado a la base de datos MEDLINE. Yo le expliqué que con la estrategia que había empleado perdía todas aquellas referencias de los artículos más recientemente incluidos en PubMed… y más cosas.

Solo hay que ver los siguientes datos: PubMed incluye aproximadamente  21.527.461 registros y MEDLINE 19.415.892 referencias.

Entonces, ¿que contiene PubMed?. Resumiendo diríamos que PubMed incluye cerca de 21 millones de referencias procedentes de la base de datos MEDLINE, de revistas de ciencias de la vida y libros electrónicos. Veamos detenidamente que otro contenido diferente a MEDLINE se incluye y podemos recuperar cuando buscamos en PubMed:

  • Referencias bibliográficas en proceso (In-Process citations) con referencias en alguna etapa de ser analizadas e indexadas en MEDLINE, incluyendo los registros enviados directamente por el editor y aquellas que se convertirán en la categoría de citas «fuera de cobertura» (out-of-scope). Dentro de esta categoría encontramos unas 449,898 referencias.
  • Las citas que son anteriores a la fecha en que la revista fue seleccionada para su indexación en MEDLINE (cuando se suministra por vía electrónica por el editor).
  • Algunas citas que forman parte de OLDMEDLINE pero  que aún no han sido actualizados con la inclusión del los términos MeSH y no se han convertido a la categoría de MEDLINE. Estas son aproximadamente 519,953 referencias.
  • Citas fuera de cobertura («out-of-scope») que proceden de revistas de ciencias de las que indizan selectivamente aquellos artículos pertinentes y otros nunca son incluidos en Medline (por ejemplo, artículos sobre las placas tectónicas o la astrofísica).
  • Las referencias de algunas publicaciones científicas adicionales de ciencias de la vida que presenten el texto completo de PubMedCentral ® pero no pertenecen al grupo de revistas indexadas por MEDLINE.
  • Las citas a los manuscritos de artículos publicados por investigadores patrocinados por NIH.
  • Referencias de libros disponibles en la biblioteca NCBI (incluye una cita para el libro completo y citas de cada capítulo o sección del libro).

Más información aquí.

Aquí os dejo la entrada más reciente «¿Sabes las diferencias entre Pubmed, MEDLINE y PMC?» de mayo de 2021.

Solapamiento entre bases de datos MEDLINE y EMBASE

Hay bastante bibliografía relativa a la necesidad de realizar búsquedas simultáneas en varias bases de datos cuando esta se realiza para la producción de documentos de síntesis y sumarios de evidencia científica tales como Guías de práctica clínica y revisiones sistemáticas (1-6).
En la reciente traducción del Manual Cochrane de revisiones sistemáticas de intervenciones se da el siguiente dato de solapamiento entre las dos principales bases de datos internacionales:

«De las 4.800 revistas indexadas en EMBASE, 1.800 no están indexadas en MEDLINE. Igualmente, de las 5.200 revistas indexadas en MEDLINE, 1.800 no lo están en EMBASE.

El grado actual de superposición de referencia varía mucho de acuerdo al tópico, pero los estudios que comparan las búsquedas en las dos bases de datos generalmente han concluido que una búsqueda amplia requiere que ambas bases sean consultadas (Suárez-Almazor 2000). Aunque las búsquedas en MEDLINE y EMBASE tienden a no identificar los mismos conjuntos de referencias, han encontrado que reaparecen cantidades similares de referencias relacionadas.»

  1. Sampson M, Barrowman NJ, Moher D, Klassen TP, Pham B, Platt R, St John PD, Viola R, Raina P. Should meta-analysts search Embase in addition to Medline? JClin Epidemiol. 2003 Oct;56(10):943-55. PubMed PMID: 14568625.
  2. Robinson KA. Should meta-analysts search Embase in addition to Medline? J Clin Epidemiol. 2005 Mar;58(3):320; author reply 321. PubMed PMID: 15718124.
  3. Suarez-Almazor ME, Belseck E, Homik J, Dorgan M, Ramos-Remus C. Identifying clinical trials in the medical literature with electronic databases: MEDLINE alone is not enough. Control Clin Trials. 2000 Oct;21(5):476-87. PubMed PMID: 11018564.
  4. Lemeshow AR, Blum RE, Berlin JA, Stoto MA, Colditz GA. Searching one or two databases was insufficient for meta-analysis of observational studies. J Clin Epidemiol. 2005 Sep;58(9):867-73. PubMed PMID: 16085190.
  5. Savoie I, Helmer D, Green CJ, Kazanjian A. Beyond Medline: reducing bias through extended systematic review search. Int J Technol Assess Health Care. 2003 Winter;19(1):168-78. PubMed PMID: 12701949.
  6. Crumley ET, Wiebe N, Cramer K, Klassen TP, Hartling L. Which resources should  be used to identify RCT/CCTs for systematic reviews: a systematic review. BMC Med Res Methodol. 2005 Aug 10;5:24. Review. PubMed PMID: 16092960; PubMed Central PMCID: PMC1232852.

Problemas de recuperación de ensayos clínicos en MEDLINE

La identificación completa de los ensayos controlados aleatorios es fundamental para la recuperación de toda la evidencia. Sin embargo, las bases de datos como MEDLINE no siempre han tenido una recuperación sencilla de estos artículos. Así RCT (ensayo controlado aleatorio) [pt] (tipo de publicación) se introdujo en 1991 y CCT (ensayo clínico controlado) [ pt] se introdujo en 1995. Por tanto, los ECC anteriores a esta fecha tuvieron que ser clasificados bajo categorías muy amplias, mezclados con otro tipo de estudio. Por este motivo se creó el primer filtro al observarse limitaciones en la indización de la base de datos MEDLINE para los ensayos clínicos. Este filtro, basado en una opinión experta, fue desarrollado por K. Dickersin, R Scherer y Carol Lefebvre y en 1993 en Inglaterra y llamado Optimally Sensitised Search Strategy y posteriormente Cochrane Highly Sensitive Search Strategy para localizar ensayos clínicos aleatorizados en MEDLINE. Esta situación cambió en 1994 para la base de datos EMBASE y en 1995 para MEDLINE tras añadirse nuevos términos de indización.

Desde el año 1994 hasta 2006 la Colaboración Cochrane y Biblioteca Nacional de Estados Unidos de Medicina (NLM) trabajaron juntos para identificar y reetiquetar registros de ensayos controlados aleatorios con RCT [pt]. Durante este tiempo el proyecto de reetiquetado Cochrane se identificaron 39.189 registros de Medline de ensayos controlados aleatorios que no se indexan con RCT [pt] y que fueron transmitidas a la Biblioteca Nacional de Medicina de EE.UU. para el reetiquetado. Desde el año 2006 se ha suspendido este trabajo de reetiquetado y la clasificación de la RCT [pt] en Medline ahora se basa únicamente en la indexación realizada por la Biblioteca Nacional de Medicina de EE.UU.

Se acaba de publicar un artículo en el BMJ en el que analizan los motivos por los que los artículos que son ensayos clínicos no se indexan como tales con la etiqueta de tipo de artículo («randomised controlled trial[pt]) en MEDLINE. En este trabajo se han identificado al menos 3.000 registros en los ensayos controlados aleatorios, pero no indexados usando RCT [pt] que se ha introducido en Medline entre 2006 y 2011.

Por lo tanto, aquellos que buscan la evidencia basada en ensayos clínicos deben tener en cuenta que ciertos tipos de ensayos clínicos pueden no recuperarse mediante el uso de RCT [pt] para los años desde que el proyecto de reetiquetado ha cesado.  Los editores de revistas y aquellos que revisan las revisiones sistemáticas deben seguir examinando las estrategias de revisión sistemática de búsqueda para garantizar que los autores no se han basado en las búsquedas sencillas tales como que el uso de ECA [pt].

Cambios en la búsqueda avanzada en PubMed

Todos los usuarios de PubMed conocemos la continua y enorme cantidad de cambios que sus productores realizan para su mejora. En el mes de diciembre de 2011 ha tocado el turno a la búsqueda avanzada.

La búsqueda avanzada nos permite elaborar una estrategia y seguir su evolución desde una sola pantalla. Dispone de un contructor de búsquedas o «Search Builder» que permite a los usuarios realizar una búsqueda con operadores booleanos.

Uno de las mejoras consiste en que cuando vamos introduciendo términos en el constructor o «Search Builder» se rellena automáticamente el cuadro de búsqueda. Podemos también cambiar el campo de búsqueda mediante el menú desplegable para después introducir los términos en el cuadro de búsqueda. Estos términos introducidos se irán agregando con el operador booleano por defecto AND a menos que elijamos del menú desplegable el operador  OR o NOT.

Además, podemos eliminar los términos individuales de la caja de búsqueda utilizando los iconos de construcción constructor de iconos de la imagen disponibles junto a cada selección, o eliminar por completo el cuadro de búsqueda haciendo clic en «Clear».

Al hacer clic en «Show Index» nos mostrará una lista alfabética de todos los términos de un campo de búsqueda específicos. Al hacer clic en un término que estamos visualizando de la lista de índices automáticamente se agregará al cuadro de búsqueda. Al hacer clic en «Search» se ejecutará la búsqueda en PubMed.

Otros cambios son relativos al «History». Al hacer clic en «Add to history» se añade la búsqueda a «History» y podremos volver a utilizarlo en una búsqueda posterior.

Haciendo clic en el enlace «Add» disponible a la izquierda del historial de búsqueda se añade  esta a la búsqueda anterior que tuviéramos en la caja del contructor de búsqueda. Con el enlace «Edit» situado por debajo de esta ventana «Search builder» podemos hacer cambios en nuestra estrategia de búsqueda en cualquier momento.

Como todos estos cambios son complicados, os dejo un vídeo donde veréis una explicación más detallada.

Interfaces alternativas a PubMed

La búsqueda de información pertinente y actualizada en MEDLINE/PubMed constituye un reto para muchos profesionales.

Las interfaces alternativas de PubMed son sencillos complementos que pretenden ayudar al usuario en la búsqueda de información, ahorrando tiempo y facilitando el control y la capacidad de reorientar y perfeccionar las estrategias de búsqueda. Pero también en algunas ocasiones son aplicaciones muy sofisticadas para el análisis de los registros bibliográficos. Nos permiten seleccionar y clasificar documentos, extraer información relevante y elaborar, mediante algoritmos, complejos procesos de análisis.

Aquí os dejo una recopilación realizada por Rosa Trueba, bibliotecaria del Hospital Universitario Príncipe de Asturias de Alcalá de Henares.

Filtros de medicina geriátrica en PubMed/MEDLINE

Los que nos dedicamos a buscar información sanitaria sabemos que la búsqueda de artículos específicos para pacientes geriátricos es difícil.

Por eso es una buena noticia la publicación de un artículo en la revista JAMIA donde desarrollan filtros para la búsqueda de artículos de geriatría en PubMed/Medline.

Las estrategias de los filtros son los siguientes:

Filtro no. 1: Mayor sensibilidad (Se=94.8%, Sp= 88.7%)

Elderly [tiab] OR community-dwelling [tiab] OR geriatric [tiab] OR “mini-mental state” [tiab] OR alzheimer [tiab] OR alzheimer’s [tiab] OR alzheimers [tiab] OR mmse [tiab] OR caregivers [tiab] OR falls [tiab] OR Adl [tiab] OR Frailty [tiab] OR Gds [tiab] OR Ageing [tiab] OR “hip fractures “ [tiab] OR elders [tiab] OR Frail [tiab] OR Mci [tiab] OR Demented [tiab] OR Psychogeriatrics [tiab] OR “cognitive impairment” [tiab] OR “postmenopausal women” [tiab] OR comorbidities [tiab] OR dementia [tiab] OR aging [tiab] OR older [tiab] OR “daily living” [tiab] OR “cognitive decline” [tiab] OR “cognitive impairment” [tiab] OR residents [tiab] OR “cognitive functioning” OR “old people” [tiab] OR nursing homes [mh] OR Geriatric assessment [mh] OR aging [mh] OR frail elderly [mh] OR Alzheimer disease [mh] OR homes for the aged [mh] OR cognition disorders
[mh] OR dementia [mh] OR Activities of daily living [mh] OR aged, 80 and over [mh]

Filtro no. 2:  Mayor especificidad (Se=69.1%, Sp=96.6%)

Elderly [tiab] OR community-dwelling [tiab] OR geriatric [tiab] OR “mini-mental state” [tiab] OR alzheimer [tiab] OR alzheimer’s [tiab] OR alzheimers [tiab] OR mmse [tiab] OR caregivers [tiab] OR falls [tiab] OR Adl [tiab] OR Frailty [tiab] OR Gds [tiab] OR Ageing [tiab] OR elders [tiab] OR Frail [tiab] OR Mci [tiab] OR Demented [tiab] OR Psychogeriatrics [tiab] OR “cognitive impairment” [tiab] OR “postmenopausal women” [tiab] OR Comorbidities [tiab] OR geriatric assessment [mh] OR Nursing homes [mh] OR frail elderly [mh] OR alzheimer disease/epidemiology [mh] OR cognition disorders/diagnosis [mh] OR cognition disorders/epidemiology [mh] OR homes for the aged [mh]

Filtro no. 3: Filtro específico con sensibilidad aumentada (Se=75.3%, Sp=96.0%)

Elderly [tiab] OR community-dwelling [tiab] OR geriatric [tiab] OR “mini-mental state” [tiab] OR alzheimer [tiab] OR alzheimer’s [tiab] OR alzheimers [tiab]OR mmse [tiab] OR caregivers [tiab] OR falls [tiab] OR Adl [tiab] OR Frailty [tiab] OR Gds [tiab] OR Ageing [tiab] OR elders [tiab] OR Frail [tiab] OR Mci [tiab] OR Demented [tiab] OR Psychogeriatrics [tiab] OR “cognitive impairment” [tiab] OR “postmenopausal women” [tiab] OR Comorbidities [tiab] OR geriatric assessment [mh] OR Nursing homes [mh] OR frail elderly [mh] OR cognition disorders/diagnosis [mh] OR cognition disorders/epidemiology [mh] OR homes for the aged [mh] OR alzheimer disease [mh] OR dementia [tiab]

La referencia del artículo es:

van de Glind EM, van Munster BC, Spijker R, Scholten RJ, Hooft L. Search filters to identify geriatric medicine in Medline. J Am Med Inform Assoc. 2011 Sep 23. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 21946235.

Las estrategias las tenéis disponibles aquí.

Cómo acceder al texto completo de los artículos desde la cuenta de PubMed del Hospital Universitario de Getafe

En anteriores entradas os he ido comentando que disponemos desde julio de 2009  de una cuenta institucional a PubMed del Hospital Universitario de Getafe.
En esta cuenta hemos creado diferentes filtros siendo el más reciente el creado en junio de 2011 para atención primaria.
Sin embargo, el filtro con diferencia más útil es el de acceso al texto completo de los artículos bien por estar suscritos bien por ser de acceso abierto.
Hoy cuelgo una presentación que quiero compartir con los usuarios de mi institución en la que explico, paso a paso, como llegar al texto completo desde la base de datos PubMed de nuestro Hospital de Getafe.
Espero que os resulte de interés.

Solucionado acceso a PubMed institucional

Desde hace pocos días tenemos problemas con la dirección de PubMed personalizada de nuestra institución (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?myncbishare=bibgetafe).

Al hacer la búsqueda no aparecían los filtros ni icono de acceso al texto completo de nuestro Hospital. En total tenemos 16 filtros activos siendo el más popular el de acceso al texto completo.

Me alegra comunicaros que desde esta mañana ya hemos solucionado este problema y se puede utilizar con normalidad.

Nuevo filtro en PubMed personalizado del Hospital Universitario de Getafe

Ya sabéis que disponemos de una dirección URL para el acceso a PubMed de nuestro Hospital (entra aquí).

De esta forma, cuando realizamos una búsqueda bibliográfica el resultado nos muestra el total de referencias recuperadas así como la posibilidad de filtrar dicho resultado a una serie de filtros que hemos configurado desde la Biblioteca del Hospital.

El filtro más utilizado es, sin duda, el de «accesible el texto completo (suscripción o gratuidad)». Utilizando este filtro limitamos resultado a aquellos artículos de cuyas revistas tengamos la posibilidad de acceder al texto completo electrónico. Este acceso se realiza cuando visualizamos el formato “Abstract” mediante el icono del Hospital de Getafe o de acceso gratuito.

Ayer renombramos los filtros ya existentes e incluimos el nuevo filtro «Atención primaria» de estrategia siguiente:

(«primary care» OR “Primary Healthcare” OR «family practice» OR «family physician» OR «family physicians» OR “Primary Care Physician” OR “Primary Care Physicians” OR «general practice» OR «general practitioners» OR «general practitioner» OR “family medicine” OR «Primary Health Care»[Mesh] OR «Physicians, Primary Care»[Mesh] OR «Primary Care Nursing»[Mesh])

A día de hoy disponemos de los siguientes 12 filtros:

¿Es posible publicar un artículo que se localice en PubMed sin estar en MEDLINE?

Ayer pude sacar un rato para revisar alguno de uno de mis blogs favoritos,  KraftyLibrarian dedicados al mundo de las bibliotecas de ciencias de la salud y hoy quiero dedicar un rato a comentar dos de sus entradas recientes.

 

 

En «Back Door Method to Getting Articles in PubMed: Is indexing so important? nos cuenta la posibilidad de localizar en PubMed el registro de un artículo publicado recientemente pero en una revista que no se indexa en MEDLINE.

¿Como es esto posible? Descartadas las opciones ya conocidas de que pertenezca a un artículo nuevo a la espera de ser indexado («PubMed-in-process») o que pertenezaca a una revista de indexación selectiva («out-of-scope» como puede ser Science) hay otra opción de entrar por la «puerta de atrás» a PubMed: los artículos PMC se añade automáticamente a PubMed. Es verdad que nunca se indexaran con los descriptores MeSH pero la encontraremos si buscamos como la mayoría de los usuarios, con una búsqueda sencilla sin utilizar el tesauro.

Y termina con dos inquietantes reflexiones: ¿Cúal es el valor de estar en MEDLINE cuando estás en PubMed y cúal es el valor de tener un artículo indizado cuando la gente no busca de esta manera? A lo que hay que añadir lo que, aunque los bibliotecarios siempre estamos deseosos por aclarar, tal vez nuestros usuarios no tengan del todo claro (y tampoco les ‘quita el sueño’, añado yo) que PubMed no es MEDLINE.

La otra entrada interesante es «Confusion on Withdrawn Article from Cochrane» en el que habla de la experiencia que la mayoría de nosotros hemos pasado y que tanto nos cuesta hacer entender a nuestros usuarios. Consiste en que al hacer una búsqueda en PubMed, localizamos una revisión de la Colaboración Cochrane de la que no se puede conseguir el texto completo en la Cochrane Library por estar retirada («withdrawn»). Una revisión Cochrane se retira cuando no ha sido actualizada en bastante tiempo o la evidencia que contiene está superada con nueva evidencia. Pero no parece que este del todo claro los criterios de actualización que lleva a la retirada de revisiones Cochrane.

Personalmente este asunto siempre me ha disgustado, documentalmente hablando. Será deformación profesional pero me parece básico que cualquier documento, este o no obsoleto pues pasados unos años todos están superados, se puedan localizar y consultar cuando se hace un trabajo de investigación. Pero bueno, esta claro que los propósitos de la Colaboración Cochrane no atiende a estas necesidades. Tal vez sería bueno el poder acceder a un repositorio de revisiones Cochrane retiradas o versiones antiguas de las que ya existe una actualización.