PubReMiner: Herramienta de minería de datos para desarrollar estrategias de búsquedas para revisiones sistemáticas y de alcance

PubReMiner (https://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi) es un interface alternativo para buscar en PubMed, es decir, es un buscador que consulta la base de datos de PubMed de otra forma a la realizada por este motor de búsqueda y presentan los resultados en otro formato. Su principal ventaja es que nos permite analizar datos.

Para utilizarla escribimos nuestra búsqueda en la ventana de búsqueda y obtenemos el resultado en forma de tabla de frecuencias. Marcando en los recuadros nosotros podemos agregar o excluir términos a la consulta para optimizar los resultados.

De esta forma, con PubReMiner nos informa de las palabras que se utilizan con más frecuencia y nos proporciona una forma rápida de recopilar información adicional sobre el tema.

Las columnas que podemos visualizar y personalizar en la tabla de frecuencia son las siguientes:

  1. Año de publicación.
  2. Las revistas en las que más se publica su consulta.
  3. Los autores más activos en el campo de su consulta.
  4. Las palabras que más se han utilizado en el título y resumen de los artículos.
  5. Los campos de encabezamiento MESH (incluidos subencabezamientos).
  6. Supplementary Concept (Substances).
  7. Tipo de publicación.

Si por alguna razón deseamos adaptar nuestra consulta de una manera diferente a la que permite PubReMiner, podemos modificar la consulta de la forma que deseemos y presionar «Search with Manual Adjustment». Una vez que hemos terminado con nuestra estrategia podemos pasar a ver los resultados en PubMed desde el botón “goto pubmed with query».

PubReMiner nos ayuda a encontrar información relevante mediante sugerencias de palabras. Además de generar consultas eficientes, también puede ser útil en otras áreas como:

  • Seleccionar una revista para enviar nuestro manuscrito al mostrarnos en la tabla las revistas de investigación similar más frecuentes;
  • Encontrar expertos en un área de investigación al mostrarnos los autores que con mayor frecuencia publican del tema de nuestra consulta;
  • Si buscamos por un autor, encontramos los temas de interés de investigación de este al ver las palabras clave asociadas con ese autor;
  • Análisis bibliométricos de lo publicado sobre el tema de nuestra consulta;
  • Conviertir los resultados (todas nuestras publicaciones) en un CV en tiempo real con «Create CV output»

Por último, indicaros que podéis encontraros diferentes formas de llamar a esta herramienta como: PubReMiner, pubmed reminer, pub reminer, pubmed re-miner.

MeSH on Demand: Herramienta de minería de datos para desarrollar estrategias de búsquedas para revisiones sistemáticas y de alcance

Identificar y seleccionar palabras clave y términos indexados apropiados es crucial para desarrollar estrategias de búsqueda sólidas para ubicar estudios para revisiones sistemáticas y de alcance.

Una herramienta de minería de texto útil es MeSH on Demand https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand. Esta es una herramienta de software que analiza el texto y lo compara con los datos de PubMed para generar MeSH (Medical Subject Headings).

¿Qué tenemos que hacer?

Simplemente copiamos y pegamos el texto de un protocolo de revisión sistemática o una propuesta de investigación en la herramienta MeSH on Demand. Esta nos sugiere encabezados de materia MeSH y enumera 10 artículos basados en el texto ingresado.

Recomendación: Al seleccionar el texto para ingresar en MeSH on Demand, es importante que incluya los puntos clave y las palabras importantes. Por lo general, recomiendo incluir la pregunta de investigación y la información básica clave para el tema de revisión.

Revisión rápida: Recomendaciones

Dada la situación de pandemia actual, la necesidad de evidencia es más urgente, lo que hace que las revisiones rápidas sean una opción muy popular. Un ejemplo es el de Public Health Scotland cuyo objetivo es proporcionar una revisión rápida de la base de evidencia científica para informar las medidas de prevención y control de infecciones necesarias para la prevención y el tratamiento de COVID-19 en entornos de atención y salud. (Rapid Review of the literature: Assessing the infection prevention and control measures for the prevention and management of COVID-19 in healthcare settings)

Una revisión rápida utiliza atajos en el proceso de revisión sistemática, pero ha de ser rigurosa y debe hacer una pregunta muy enfocada. También puede tener utilidad en las actualizaciones de revisiones existentes que incorporen datos publicados desde la revisión anterior. 

Recientemente, la Cochrane Rapid Reviews Method Group ha publicado un artículo con recomendaciones de metodología para realizar revisiones rápidas (Garritty C et al.). Estas recomendaciones, traducidas, dicen lo siguiente:

Recomendación 1: Establecimiento de la pregunta de investigación: refinamiento del tema

  • Involucrar a las partes interesadas clave (p. ej., usuarios de la revisión como consumidores, profesionales de la salud, formuladores de políticas, tomadores de decisiones) para establecer y perfeccionar la pregunta de revisión, los criterios de elegibilidad y los resultados de interés. Consulte con las partes interesadas durante todo el proceso para asegurarse de que la pregunta de investigación sea adecuada para el propósito y con respecto a cualquier cambio ad-hoc que pueda ocurrir a medida que avanza la revisión. (R1)
  • Desarrolle un protocolo que incluya preguntas de revisión, pregunta estructurada (p. ej.: PICOs) y criterios de inclusión y exclusión.

Recomendaciones 2-9 Establecer criterios de elegibilidad

Junto con las partes interesadas clave:

Defina claramente la población, la intervención, el comparador y los resultados.

  • Limitar el número de intervenciones (R2) y comparadores (R3).
  • Limite el número de resultados, centrándose en los más importantes para la toma de decisiones. (R4)

Considere las restricciones de fechas con una justificación clínica o metodológica. (R5)

El establecimiento de restricciones es apropiado con una justificación proporcionada. (R6)

Limite el idioma de publicación al inglés; agregue otros idiomas solo si está justificado por la temática. (R7)

Las revisiones sistemáticas (RS) deben considerarse un diseño de estudio relevante para su inclusión. (R8)

Poner énfasis en diseños de estudios de mayor calidad (por ejemplo, RS o RCT); considere un enfoque gradual para la inclusión del diseño del estudio. (R9)

Recomendaciones 10-13: Búsqueda

  • Involucre a un especialista en información.
  • Limite la búsqueda en la base de datos principal a CENTRAL, MEDLINE (por ejemplo, a través de PubMed) y Embase (si tiene acceso disponible). (R10)
  • Se recomienda la búsqueda en bases de datos especializadas (por ejemplo, PsycInfo y CINAHL) para ciertos temas, pero debe restringirse a 1 o 2 fuentes adicionales, u omitirse si el tiempo y los recursos son limitados. (R11)
  • Considere la revisión por pares de al menos una estrategia de búsqueda (p. ej., MEDLINE). (R12)
  • Limite la búsqueda de literatura gris y las búsquedas complementarias (R13). Si está justificado, buscar registros de estudios y escanear las listas de referencias de otras RS o estudios incluidos después de la selección de los resúmenes y textos completos.

Recomendaciones 14-15: Selección de estudios

Selección de títulos y resúmenes

  • Utilizando un formulario de título y resumen estandarizado, realice una prueba piloto utilizando los mismos 30 a 50 resúmenes para que todo el equipo de selección evalúe y compruebe el formulario de revisión.
  • Utilice dos revisores para la selección dual de al menos el 20% (idealmente más) de los resúmenes, con resolución de conflictos.
  • Utilice un revisor para seleccionar los resúmenes restantes y un segundo revisor para seleccionar todos los resúmenes excluidos y, si es necesario, resolver los conflictos. (R14)

Cribado del texto completo

  • Utilizando un formulario de texto completo estandarizado, realice una prueba piloto utilizando los mismos 5 a 10 artículos de texto completo para que todo el equipo de selección evalúe y compruebe el formulario de revisión.
  • Utilice un revisor para filtrar todos los artículos de texto completo incluidos y un segundo revisor para filtrar todos los artículos de texto completo excluidos. (R15)

Recomendaciones 16-18: Extracción de datos

  • Utilice un solo revisor para extraer datos mediante un formulario piloto. Utilice un segundo revisor para verificar la exactitud e integridad de los datos extraídos. (R16)
  • Limite la extracción de datos a un conjunto mínimo de elementos de datos requeridos. (R17)
  • Considere el uso de datos de RS existentes para reducir el tiempo dedicado a la extracción de datos. (R18)

Recomendaciones: 19-20: Evaluación del riesgo de sesgo

  • Utilice una herramienta válida de riesgo de sesgo (p. ej.: RoB), si está disponible, para los diseños de estudio incluidos. 
  • Utilice un solo revisor para calificar el riesgo de sesgo, con la verificación completa de todos los juicios (y declaraciones de apoyo) por parte de un segundo revisor. (R19)
  • Limite las calificaciones de riesgo de sesgo a los resultados más importantes, con un enfoque en los más importantes para la toma de decisiones. (R20)

Recomendaciones 21-22: Síntesis

  • Sintetice la evidencia de forma narrativa.
  • Considere un metanálisis solo si es apropiado (es decir, los estudios son lo suficientemente similares como para agruparlos). (R21) Los estándares para realizar un metanálisis para una RS se aplican igualmente a una RR. 
  • Utilice un solo revisor para calificar la certeza de la evidencia, con la verificación de todos los juicios (y los fundamentos en notas al pie) por un segundo revisor. (R22)

Recomendaciones 23-26: Otras consideraciones para los RR Cochrane

Los RR deben ir precedidos de un protocolo presentado y aprobado por Cochrane (R23); el protocolo debe publicarse (por ejemplo, PROSPERO o en Open Science Framework) (R24); permitir cambios post hoc en el protocolo (criterios de elegibilidad, etc.) como parte de un proceso eficiente e iterativo (R25); documentar todos los cambios post hoc; e incorporar el uso de software para SR en línea (p. ej.: Covidence, DistillerSR y EPPI-Reviewer) para agilizar el proceso (R26).

BIBLIOGRAFÍA

Garritty C, Gartlehner G, Nussbaumer-Streit B, King VJ, Hamel C, Kamel C, Affengruber L, Stevens A. Cochrane Rapid Reviews Methods Group offers evidence-informed guidance to conduct rapid reviews. J Clin Epidemiol. 2021 Feb;130:13-22. doi: 10.1016/j.jclinepi.2020.10.007. PMID: 33068715; PMCID: PMC7557165.)

Sesgos en la localización de estudios para una revisión sistemática

Una de las características principales de los estudios de síntesis de evidencia es reducir el sesgo en todas las etapas del proceso de revisión. El sesgo se introduce potencialmente en cualquier etapa del proceso de la revisión sistemática, desde decidir cuál es su pregunta de investigación hasta cómo medir sus resultados y elegir qué hallazgos publicar.

Al buscar estudios relevantes para una revisión sistemática, son posibles muchos sesgos: Primero, incluir limitadores de búsqueda arbitrarios, como la ubicación geográfica del estudio o el año de publicación. La imposición de estas restricciones a la población de estudios potenciales producirá una muestra sesgada porque los autores están potencialmente ignorando un conjunto relevante de evidencia. En segundo lugar, los autores de la revisión pueden restringir su búsqueda solo a las principales bases de datos que conocen o no incluir completamente una representación de las bases de datos disponibles. Por ejemplo, una búsqueda en la base de datos utilizando solo MEDLINE arrojará el 30-80% de los ensayos relevantes (ver aquí). Tercero, el sesgo de publicación simplemente se refiere a la probabilidad de que aquellos estudios con efectos negativos o hallazgos no estadísticamente significativos no se publiquen (Rosenthal, 1979). Esto significa que la investigación disponible en revistas revisadas por pares está sesgada hacia la investigación con resultados positivos y puede no ser una representación precisa de la totalidad de la evidencia de investigación existente. 

Podemos resumir los sesgos en los siguientes tipos:

  • Limitación geográfica.
  • Limitación del tipo de documento (p.ej.. Cartas – Iansavichene AE, Sampson M, McGowan J, Ajiferuke IS. Should systematic reviewers search for randomized, controlled trials published as letters? Ann Intern Med. 2008 May 6;148(9):714-5. doi: 10.7326/0003-4819-148-9-200805060-00023. PMID: 18458294.).
  • Sesgo de idioma – ¿solo inglés?. Excluir idiomas no inglés no cambia la conclusión de la RS excepto para medicina alternativa/complementaria.
  • Sesgo de base de datos: Sesgo en PubMed geográfico y de idioma (Pilkington K, Boshnakova A, Clarke M, Richardson J. «No language restrictions» in database searches: what does this really mean? J Altern Complement Med. 2005 Feb;11(1):205-7. doi: 10.1089/acm.2005.11.205. PMID: 15750383).
  • Sesgo de texto completo (solo gratuito/Open Access/accesible).
  • Sesgo de literatura publicada (Arber 2013). Las búsquedas de artículos relevantes deben realizarse en múltiples fuentes de literatura comercial y gris, es imprescindible utilizar tantas bases de datos de temas relevantes como sea posible, no solo para garantizar que se hayan localizado los documentos relevantes, sino también para reducir el sesgo de selección (Dickersin et al. al., 1994). Para contrarrestar los efectos negativos del sesgo de publicación, se deben incluir varias fuentes de literatura gris. 
  • Sesgo de limitación temporal/fechas (pero hay que justificar). A veces es apropiado limitar la búsqueda a un idioma o marco de tiempo en particular si la revisión solo está interesada en estudios realizados en una determinada ubicación geográfica o durante un tiempo en particular.

Reproducibilidad de la búsqueda bibliográfica.

La búsqueda de estudios ha de informarse de modo transparente para que pueda ser reproducible. Nos tenemos que preguntar si cualquiera que acceda a las bases de datos puede repetir mi búsqueda y obtener los mismos o similares artículos. Si la respuesta es afirmativa, entonces está bien hecho. En caso contrario, hay que buscar que es lo que está mal.

Para todas las búsquedas en bases de datos debemos documentar lo siguiente:

  • Estrategia (search lines and strings).
  • Fecha de la búsqueda (día, mes y año).
  • Nombre de la base de datos, cobertura temporal, interface.
Traducido y adaptado de: Foster MJ, Jewell ST. Assembling the pieces of a systematic review: A guide for librarians. Lanham: Rowman & Littlefield, 2017.

Cualquiera que replique una estrategia debe llegar a un resultado similar. No será igual en los casos de:

  • Incorporación de nuevos registros a la base de datos.
  • Cambios en el tesauro.
  • Cambios de sintaxis, código de campos, …

Cuando se describa la búsqueda podemos guiarnos por el Manual Cochrane de Estilo (p.ej., con respecto al uso de abreviaturas de las bases de datos, el orden de las bases de datos en las que hayas buscado, etc.). También debemos seguir los estándares de la extensión PRISMA-S PRISMA Search Reporting Extension (Puedes descargar una versión Word; PDF; y Excel de la lista de verificación PRISMA-S en el sitio web de PRISMA y en https://osf.io/sfgvq/). (Rethlefsen, M.L., Kirtley, S., Waffenschmidt, S. et al. PRISMA-S: an extension to the PRISMA Statement for Reporting Literature Searches in Systematic Reviews. Syst Rev 10, 39 (2021). https://doi.org/10.1186/s13643-020-01542-z).

Guías, manuales y estándares para hacer y para reportar una revisión sistemática

En una entrada anterior daba cuenta de la actualización de la Declaración PRISMA Statements 2020. Hoy quiero comentaros la interesante entrada “Sobre el uso y mal uso de @PRISMAStatement https://rafabravo.blog/2021/04/22/sobre-el-uso-y-mal-uso-de-prisma/…

Y para mayor comodidad en su uso, en el blog de Rafa Bravo @PrimunNocere, se puede descargar la versión traducida al español aquí.

En esta entrada de su blog PRIMUM NON NOCERE, Rafa Bravo nos deja claro que la declaración @PRISMAStatement 2020 no es una guía para la realización de revisiones sistemáticas y tampoco debe utilizarse para evaluar la calidad metodológica de estas.

Además, la Declaración PRISMA no tiene la intención de aconsejar sobre la publicación de protocolos de Revisiones Sistemáticas, para los cuales se encuentra disponible una extensión separada: PRISMA for Protocols (PRISMA-P) 2015 Statement.

El número de revisiones sistemáticas (RS) ha aumentado sustancialmente durante los últimos 20 años, sin embargo, muchas RS continúan realizándose y notificándose de manera deficiente, y todavía es común ver artículos que usan la Declaración PRISMA y otras pautas de presentación de informes de manera inapropiada. La Declaración PRISMA y sus extensiones son un conjunto mínimo de recomendaciones basadas en la evidencia, diseñadas principalmente para fomentar la presentación de informes transparentes y completos de los RS. Es decir, es una hoja de ruta para ayudar a los autores a describir mejor lo que se hizo, lo que se encontró y, en el caso de un protocolo de revisión, lo que planean hacer ( Sarkis-Onofre R).

Pero no es infrecuente leer en los manuscritos de las revisiones sistemáticas las siguientes frases: «Esta revisión de alcance se llevará a cabo de acuerdo con los elementos de la Declaración PRISMA-ScR». O «Este protocolo se diseñó basándose en la Declaración PRISMA-P».

Por lo tanto, hay que distinguir entre realizar («conduct») e informar («report») una #RevisiónSistemática u otro documento de síntesis de la evidencia. Aquí dejo diferentes guías, manuales y estándares:

Por lo tanto, lo adecuado en el informe de nuestra revisión podemos indicar:

  • «El informe de esta revisión sistemática se guio por los estándares dPRISMA».
  • «Esta revisión de alcance se informó de acuerdo con los elementos de la extensión PRISMA-ScR».
  • «El protocolo se informa de acuerdo con PRISMA-P».

BIBLIOGRAFÍA:

Bravo R. Sobre el uso y mal uso de PRISMA [Internet]. Primum non nocere 2021; 2021 [consultado 27 de abril 2021]. Disponible en: https://rafabravo.blog/2021/04/22/sobre-el-uso-y-mal-uso-de-prisma/

Sarkis-Onofre R, Catalá-López F, Aromataris E, Lockwood C. How to properly use the PRISMA Statement. Syst Rev. 2021 Apr 19;10(1):117. doi: 10.1186/s13643-021-01671-z. PMID: 33875004; PMCID: PMC8056687. Disponible en: https://systematicreviewsjournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13643-021-01671-z

¿Sabes lo nuevo de PubMed?: Dejan de actualizarse las búsquedas especializadas (PubMed Specialized Search Queries)

Hasta ahora disponíamos de las búsquedas por filtros metodológicos de “Clinical Queries” que nos permitían buscar filtrando con consultas clínicas y artículos de la COVID-19.




Pantalla de acceso a Clinical Queries de PubMed



Pantalla con las opciones de filtro de Clinical Queries de PubMed

Además, durante años, la Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU (NLM) ha mantenido una serie de estrategias prediseñadas para las búsquedas especializadas en múltiples temas (https://www.nlm.nih.gov/psd/special_queries.html). Se crearon originalmente para ayudar a los usuarios de PubMed a obtener resultados completos de diversas temáticas.

PubMed Topic-Specific Queries

Ahora, la NLM, nos avisa de que van a dejar de actualizarse, pero van a conservar la última versión de estas “Special Queries” para que dispongamos de ellas y podamos usarlas como base para personalizar, actualizar y guardar como nuestras propias estrategias de búsqueda en MyNCBI (cuenta personal de PubMed).

Las estrategias de búsqueda de “Special Queries” afectadas son las siguientes:

  • SIDA
  • Bioética
  • Cáncer
  • Medicina complementaria
  • Revistas clínicas principales
  • Revistas dentales
  • Toxicología del desarrollo y la reproducción (DART)
  • Suplementos dietéticos
  • Historia clínica electrónica
  • Historia de la medicina
  • Disparidades de salud
  • Literatura saludable
  • Apoyo financiero de los NIH
  • Revistas de enfermería
  • Salud de la población
  • Pautas e iniciativas para la presentación de informes de investigación
  • Publicaciones retractadas
  • Viruela
  • Ciencias de la vida espacial
  • Toxicología
  • Veterinaria

Lo que si continuarán actualizando son los Clinical Queries, el filtro de revisiones sistemáticas, Comparative Effectiveness ResearchHealthy People 2020 y Health Services Research searches. El Instituto Nacional de Ciencias de la Salud Ambiental (NIEHS) ahora aloja y mantiene Resources for Alternatives to the Use of Live Vertebrates in Biomedical Research and Testing (ALTBIB).

Más información en aquí.

¿Sabes cuantos ensayos clínicos que empiezan y llegan a terminarse nunca se publican?

Una diferencia de las revisiones sistemáticas frente a las narrativas es que tratan de revisar TODA la investigación realizada sobre un tema.

Las revisiones sistemáticas de intervenciones, han de incluir los resultados de todos los ensayos clínicos. Y es aquí donde hay un problema: ¿Sabes cuantos ensayos clínicos que empiezan y llegan a terminarse nunca se publican? #RevisionSistemática #RevSys

El Registro de ensayos Clínicos de la UE (EU Clinical Trials Register (EUCTR)) tiene identificados más de 39.67 ensayos clínicos. Según un estudio de Goldacre y cols. solo el 49% han publicado sus resultados. Los autores de este estudio han desarrollado un sitio web interactivo en línea (http://eu.trialstracker.net/) que presenta la tasa de notificación general de todos los ensayos vencidos, las tasas de notificación de cada patrocinador, los rangos de estas tasas de notificación y los detalles de los ensayos individuales informados y no informados de cada patrocinador.

Sitio web interactivo en línea (http://eu.trialstracker.net/)

Las cifras son solo ligeramente superiores (59%) en EEUU (http://fdaaa.trialstracker.net/).

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Como vemos, las empresas e instituciones públicas incumplen las leyes europeas que obligan, desde el 21 de diciembre de 2016, a publicar todos los resultados, sean positivas o negativas, un año después de haber finalizado.

Las revisiones sistemáticas no solo se basan en los ensayos clínicos publicados ya que los que se han quedado por el camino no ha sido por un proceso aleatorio: Los ensayos clínicos sin beneficio demostrado tienen menos probabilidad de publicarse. Esto es lo que se conoce como sesgo de publicación (definido por RJ Sterling a mediados del siglo XX), es un tipo de alteración de los resultados de la investigación debido a la publicación o no publicación de los hallazgos de la investigación, según la naturaleza y la dirección de los resultados.

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Localizar estudios no publicados, e incluirlos en una revisión sistemática cuando son elegibles y apropiados es importante para disminuir los sesgos. ¿Qué podemos hacer los bibliotecarios/documentalistas? Podemos rastrear en los registros de ensayos clínicos, e identificar todos los ensayos clínicos que se han realizado sobre el tema de la revisión sistemática.

Los bibliotecarios/documentalistas podemos localizar estudios no publicados para su inclusión en una revisión sistemática cuando son elegibles y apropiados, lo que es importante para disminuir los sesgos. #RevisionSistemática #RevSys #Bibliotecarios

BIBLIOGRAFÍA

Goldacre B, DeVito NJ, Heneghan C, Irving F, Bacon S, Fleminger J, Curtis H. Compliance with requirement to report results on the EU Clinical Trials Register: cohort study and web resource. BMJ. 2018 Sep 12;362:k3218. doi: 10.1136/bmj.k3218. PMID: 30209058; PMCID: PMC6134801.

Sterling RJ. Publication decisions and their possible effects on inferences drawn from test of significance or viceversa. J Am Stat Assoc. 1959; 54: 30-4. 

Nuevo Trip database en pruebas

Hace pocos días se ha lanzado el nuevo @tripdatabase en beta. Por un tiempo se ejecutarán en paralelo con un enlace desde la parte superior del sitio actual/antiguo (https://www.tripdatabase.com/) o directamente en:
https://labs2020.tripdatabase.com/Home

Acceso al nuevo Trip database en pruebas (https://www.tripdatabase.com/)

Los cambios los encontramos en la página de resultados, donde el filtro por tipo de evidencia se sitúa ahora a la izquierda de la página. En el Trip actual el resultado a nuestra búsqueda «COVID VACCINE» nos mostraba la siguiente página de resultados:

En el nuevo TRIP, la pantalla de resultados para la búsqueda «prostate cancer screening» es la siguiente (en amarillo si es la versión de pago y verde si es la gratuita):

Aparte de eso, el diseño se ha limpiado y hay algunos iconos nuevos:

Además, están trabajando en un sistema de clasificación de guías. Según anuncian en su blog (https://blog.tripdatabase.com/2021/04/05/guideline-grading-is-getting-there/) aproximadamente la mitad de los productores de guías obtienen buenas calificaciones.

La calificación es una puntuación de 0 a 8, siendo 8 la puntuación más alta. La puntuación es en función de estas preguntas:

  • ¿Publican su metodología? No = 0, Sí = 1, Sí y menciona AGREE (o similar) = 2
  • ¿Usan alguna clasificación de evidencia, por ejemplo, GRADE? No = 0, Sí = 2
  • ¿Realizan una búsqueda sistemática de evidencias? No estoy seguro / No = 0, Sí = 2
  • ¿Son claros respecto a la financiación? No = 0, Sí = 1
  • ¿Mencionan cómo manejan los conflictos de intereses? No = 0, Sí = 1

Información obtenida del Blog de TRIP:

Guideline grading is getting there [Internet]. Trip Database Blog. Trip Database Blog; 2021 [cited 2021 Apr 6]. Available from: https://blog.tripdatabase.com/2021/04/05/guideline-grading-is-getting-there/

‌The new site has arrived [Internet]. Trip Database Blog. Trip Database Blog; 2021 [cited 2021 Apr 6]. Available from: https://blog.tripdatabase.com/2021/03/28/the-new-site-has-arrived/

8 cosas importantes que debes conocer para buscar eficazmente en ciencias de la salud

El martes 23 marzo a las 18:00 horas ha tenido lugar el webinar «8 cosas importantes que debes conocer para buscar eficazmente en ciencias de la salud”, impartido por Ernesto Barrera de la Consejería de Sanidad de la Comunidad de Madrid.

Más información en: https://bibliomadsalud.com/vacunate-contra-la-desinformacion/

De inscripción gratuita y libre a todo el mundo en: https://tools.ovid.com/events/bibliomadsalud/

Este es el tercer webinar dentro del ciclo organizado por BiblioMadSalud y WoltersKluwer bajo el nombre «Vacúnate contra la desinformación». Los vídeos de las grabaciones, de esta y las anteriores webinars, están disponible en el canal de Youtube de BiblioMadSalud.

O la presentación en https://ernestobarrera.github.io/buscar/8-cosas-importantes-para-buscar-informacion-sanitaria.html

¿Conoces las novedades de la Web of Science?

La Web of Science o WoS dispone de una nueva plataforma con un diseño mejorado. Puedes entrar desde la página actual desde el botón «click here to access the preview»:

Además, disponemos de la aplicación para dispositivos móviles.

Cosas que son importantes recordar y conocer:

  1. Para las citas perdidas a artículos existe la posibilidad de reclamar en el acceso con el formulario Data correction https://support.clarivate.com/ScientificandAcademicResearch/s/datachanges?language=en_US… Primero buscamos la referencia citada y en resultados comprobamos si existen citas sin vincular.
  2. Para calcular terciles, deciles, quintiles, que no aparecen explícitamente en JCR y WoS como los cuartiles, recomienda Anne Delgado hacerlo por los percentiles de las revistas en JCR (Average JIF Percentile) y no dividir en 4 partes.
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3. Los perfiles de Publons se migrarán dentro de la Web of Science a final de año con lo que solo habrá un perfil dentro de la WoS.

4. Se crea un nuevo indicar métrico para TODAS las revistas: Journal Citation Indicator que normalizará las revistas por categoría y por año. Útil para valorar la influencia de una revista aunque no tenga Factor de Impacto.

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5. Modificación progresiva del cálculo del Factor de Impacto: el primer año incluirá en el numerador los «Early Access» y más adelante se incluirán en el denominador.

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6. Desarrollo de una nueva visualización d las publicaciones de autores y su impacto: Author Impact Bleampots que coloca las publicaciones de un investigador en un contexto adecuado para la comparación y el recuento de citas de cada artículo se normaliza.

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7. Importante configurar nuestra cuenta de EndNote Click (antes Kopernio) y elegir tu institución al darnos de alta para acceder a contenidos Open Access y a las suscripciones de tu institución.

Más información de las novedades de la #WebofScience en https://threadreaderapp.com/thread/1372125172975726594.html

¿Hay que eliminar los estudios publicados en una revista depredadora de nuestra revisión sistemática?

La publicación en revistas depredadora es una preocupación cada vez mayor por su impacto en la comunidad investigadora. Son revistas fraudulentas que publican artículos sin aplicar los estándares de calidad que se espera de las genuinas revistas académicas. Además, los investigadores desconocen este problema, por lo que son susceptibles a ser engañados.

Las #RevistasDepredadoras son aquellas que publican artículos cobrando honorarios sin proporcionar los servicios editoriales y procedimientos de calidad. Su finalidad es económica http://bit.ly/3utDDX1

Los autores de revisiones sistemáticas deben estar atentos a los artículos publicados en revistas depredadoras que puedan parecer legítimos. El uso de una lista de verificación o una herramienta de evaluación crítica para garantizar que solo se incluyan artículos de alta calidad en una síntesis de la investigación reducirá el riesgo de incluir investigación de mala calidad y de posibles cambios de resultados sobre esa base. Esta herramienta de verificación debe aplicarse tanto para la investigación de mala calidad publicada en revistas de alta calidad como de la investigación de mala calidad publicada en revistas predatorias.

En mi caso, compruebo que ninguno de los estudios incluidos en la revisión sistemática está publicado en una revista depredadora.

Hacen falta más estudios para comprender el impacto potencial de los ensayos controlados aleatorios publicados en publicaciones depredadoras y, como resultado, el impacto potencial en la evidencia de revisiones sistemáticas que incluyen estos estudios.

Las publicaciones depredadoras presentan desafíos para aquellos investigadores que realizan síntesis de evidencia. Preguntas como ¿qué hacer con la evidencia en las revistas depredadoras cuando realiza una revisión sistemática? ¿Cuál es su impacto?

Si recibes un correo solicitando el envío rápido de un manuscrito sigue estos pasos para comprobar si se trata de una revista depredadora:

  1. Comprueba si el editor es miembro de organizaciones editoriales de renombre, de las cuales algunos ejemplos son la Asociación Mundial de Editores Médicos (WAME), el Comité de Ética de Publicaciones (COPE) y la Academia Internacional de Editores de Enfermería (INANE)
  2. Confirma que los sitios web de las revistas contienen información precisa y actual de una fuente independiente (por ejemplo, si el sitio web indica que la revista tiene Factor de Impacto entra en Journal Citation Reports).
  3. Consulta MIAR http://miar.ub.edu (Matriz de Información para el Análisis de Revistas).
  4. Busca la revista en DOAJ https://doaj.org (Directory of Open Access Journals).

Y ojo, no te fíes por encontrar la revista en bases de datos “tradicionales” como SCOPUS o PubMed, están indizadas en ellas. En este último caso debes conocer las diferencias entre PubMed y MEDLINE y lo que significa que una revista esté indexada en MEDLINE en lugar de aparecer en PubMed.

BIBLIOGRAFÍA

Ross-White A, Godfrey CM, Sears KA, Wilson R. Predatory publications in evidence syntheses. J Med Libr Assoc. 2019;107(1):57-61. doi:10.5195/jmla.2019.491

Singh Chawla D. Hundreds of ‘predatory’ journals indexed on leading scholarly database. Nature. 2021 Feb 8. doi: 10.1038/d41586-021-00239-0. PMID: 33558751.

Dadkhah M, Lagzian M, Borchardt G. Questionable papers in citation databases as an issue for literature review. J Cell Commun Signal. 2017 Jun;11(2):181–5. doi: 10.1007/s12079-016-0370-6.

‌Macháček V, Srholec M. Predatory publishing in Scopus: evidence on cross-country differences. Scientometrics. 2021 Feb 7:1-25. doi: 10.1007/s11192-020-03852-4. PMID: 33583977; PMCID: PMC7867864.

¿Qué son los filtros metodológicos de búsqueda? II

En una anterior entrada ya he tratado el tema de los filtros metodológicos de búsqueda (¿Qué son los filtros de búsqueda? I). Son muy importantes, ya que nos ayudan a encontrar artículos de manera eficiente y son una herramienta de gran valor cuando realizamos documentos de síntesis de evidencia científica como son las revisiones sistemáticas.

Los filtros metodológicos de búsqueda nos ayudan a perfeccionar la estrategia de búsqueda y están constituidos por una combinación de términos o descriptores y diseñadas para localizar tipos de estudios determinados. https://bibliogetafe.com/2021/02/24/que-son-los-filtros-metodologicos-de-busqueda-ii/

El Subgrupo de Especialistas en Información de InterTASC (InterTASC Information Specialists’ Sub-Group (ISSG) da apoyo a las evaluaciones de tecnología al Instituto Nacional para la Excelencia en Salud y Atención (NICE) del Reino Unido.

Trabajan de forma colaborativa para identificar, evaluar y examinar filtros de búsqueda diseñados para recuperar la investigación por diseño o enfoque del estudio. El ISSG SFR tiene como objetivo proporcionar un fácil acceso a los filtros de búsqueda publicados y no publicados diseñados para encontrar estudios con métodos específicos.

En la página The InterTASC Information Specialists’ Sub-Group Search Filter Resource (@ISSG_Filters) podemos encontrar una recopilación de diferentes filtros para diversas bases de datos y plataformas https://sites.google.com/a/york.ac.uk/issg-search-filters-resource/home https://bibliogetafe.com/2021/02/24/que-son-los-filtros-metodologicos-de-busqueda-ii/

Gracias al trabajo de @ISSG_Filters, tenemos a nuestra disposición una colección de filtros de búsqueda metodológicos (ISSG SFR) que se van actualizando mensualmente y disponibles en: https://sites.google.com/a/york.ac.uk/issg-search-filters-resource/home

Página The InterTASC Information Specialists’Sub-Group (ISSG)https://sites.google.com/a/york.ac.uk/issg-search-filters-resource/home?authuser=0

En la actualidad podemos encontrar más de 34 categorías de filtros, entre los que tenemos:

  • Efectos adversos;
  • Etiología;
  • Estudios de diagnóstico;
  • Evaluaciones económicas;
  • Guías;
  • Estudios no aleatorizados;
  • Estudios de resultados;
  • Estudios observacionales;
  • Punto de vista del público y problemas de los pacientes;
  • Ensayos Clínicos Aleatorizados;
  • Investigación cualitativa;
  • Revisiones sistemáticas;
  • Filtros por edades, geográficos, género, atención primaria, estudios en animales, etc.

Pero este sitio es más que una lista de filtros. También proporciona información y orientación sobre cómo evaluar críticamente los filtros de búsqueda, metodología de filtros, filtros por interfaces de búsqueda, listas de discusión y formación.

BIBLIOGRAFÍA

ISSG Search Filter Resource [Internet]. Glanville J, Lefebvre C, Manson P, Robinson S and Shaw N, editors. York (UK): The InterTASC Information Specialists’ Sub-Group; 2006 [updated 16 February 2021; cited 16 February 2021]. Available from https://sites.google.com/a/york.ac.uk/issg-search-filters-resource/home

Actualización de la guía para la presentación de informes de revisiones sistemáticas: desarrollo de la declaración PRISMA 2020

En 2009, un grupo internacional presentó la declaración PRISMA (Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyzes), una guía diseñada para ayudar a los autores a preparar un informe completo de su revisión sistemática. Incluía 27 elementos de la lista de verificación que representan un conjunto mínimo de información para transmitir en un informe de revisión sistemática.

Ya han pasado suficiente tiempo para considerar que es el momento de actualizar la declaración de @PRISMAStatement 2009. 3 items a modificar son relativos a la búsqueda. J Clin Epidemiol. 2021. DOI: 10.1016/j.jclinepi.2021.02.003.

Para actualizar PRISMA 2009, Matthew J Page y cols., revisaron la bibliografía y analizaron 60 documentos con orientación sobre informes para revisiones sistemáticas a fin de generar modificaciones a la declaración PRISMA 2009. Además, invitaron a 220 metodólogos de revisión sistemática y editores de revistas a completar una encuesta sobre las modificaciones sugeridas. En septiembre de 2018 se celebró una reunión presencial de dos días en Edimburgo, para discutir el contenido del borrador y la redacción de la declaración PRISMA actualizada. Después redactaron el borrador de la declaración PRISMA 2020 y la perfeccionaron en función de los comentarios. https://osf.io/p93ge/

PRISMA 2020 está diseñado para uso en #RevisionesSistemáticas con o sin #metanálisis, y principalmente para revisiones que evalúan los efectos de las intervenciones, pero muchos elementos se aplican a revisiones con otros objetivos.

El resultado ha sido la recomendación de mantener 6  elementos de la lista de verificación original tal como estaban y modificar 15 de ellos utilizando la redacción sugerida.

PRISMA 2020 incluye orientación sobre cómo informar todas las secciones: objetivos, criterios de elegibilidad, búsqueda, selección de estudios, recopilación de datos, evaluación del riesgo de sesgo, síntesis, resultados, discusión y declaraciones.

En comparación con la declaración original, PRISMA 2020 incluye nuevos elementos sobre la evaluación de la certeza en el cuerpo de la evidencia, los intereses de los revisores y la disponibilidad de datos, códigos y otros materiales. También proporciona una guía novedosa sobre cómo informar del uso de herramientas de automatización en varios pasos del proceso de revisión, como la búsqueda, la selección de estudios y la recopilación de datos.

Las modificaciones relativas al proceso de búsqueda de estudios y su comparación con PRISMA 2009 son las siguientes:

ItemPRISMA 2009 checklist itemItem Prisma 2020 checklist item
MÉTODOS
7Describa todas las fuentes de información (por ejemplo, bases de datos con fechas de cobertura, contacto con los autores de los estudios para identificar estudios adicionales) en la búsqueda y la fecha de la última búsqueda.6Especifique todas las bases de datos, registros, sitios web, organizaciones, listas de referencias y otras fuentes buscadas o consultadas para identificar estudios. Especifique la fecha de la última búsqueda o consulta de cada fuente.
8Presente una estrategia de búsqueda electrónica completa para al menos una base de datos, incluidos los límites utilizados, de modo que pueda repetirse.7Presente las estrategias de búsqueda completas para todas las bases de datos, registros y sitios web, incluidos los filtros y límites utilizados.
RESULTADOS
17Proporcione el número de estudios seleccionados, evaluados para la elegibilidad e incluidos en la revisión, con los motivos de las exclusiones en cada etapa, idealmente con un diagrama de flujo16aDescriba los resultados del proceso de búsqueda y selección, desde el número de registros identificados en la búsqueda hasta el número de estudios incluidos en la revisión, idealmente utilizando un diagrama de flujo.
Modificaciones relativas al proceso de búsqueda de estudios y su comparación con PRISMA 2009

En comparación con la declaración original, PRISMA 2020 incluye nuevos elementos. En este enlace tenéis ejemplos de cómo reportar cada ítem https://www.bmj.com/highwire/filestream/1045546/field_highwire_adjunct_files/0/pagm061901.w1.pdf

También tenéis disponible el checklist aquí: https://prisma.shinyapps.io/checklist/

También han modificado la plantilla de diagrama de flujo PRISMA para incorporar una guía actualizada sobre cómo informar los resultados del proceso de búsqueda y selección, y proporcionar plantillas específicas para revisiones sistemáticas originales y revisiones sistemáticas actualizadas.

Los diagramas de flujo de PRISMA 2020 se pueden generar utilizando una aplicación Shiny desarrollada por @nealhaddaway disponible en https://www.eshackathon.org/software/PRISMA2020.html

Hay que recordar, que hay desarrollada una extensión de PRISMA para el proceso de búsqueda, PRISMA-S que complementa la Declaración de PRISMA proporcionando una lista de verificación para ser utilizada por autores, editores y revisores para verificar que cada componente de una búsqueda esté completamente informado y, por lo tanto, sea reproducible.

El documento de explicación y elaboración de PRISMA 2020 en @bmj_latest explica por qué se recomienda informar de cada elemento, presenta viñetas que detallan las recomendaciones y ejemplos de las revisiones publicadas (1).

El documento de desarrollo PRISMA 2020 en @JClinEpi describe los pasos tomados para actualizar la declaración PRISMA 2009 y proporciona la justificación para las modificaciones a los elementos originales (2).

Hay programado un interesante seminario web sobre la declaración PRISMA 2020: [Apr 28] TI Methods Speaker Series: The PRISMA 2020 Statement https://www.ti.ubc.ca/2021/03/23/apr-28-prisma-2020-statement/

BIBLIOGRAFÍA

  1. Page MJ, Moher D, Bossuyt PM, Boutron I, Hoffmann TC, Mulrow CD, Shamseer L, Tetzlaff JM, Akl EA, Brennan SE, Chou R, Glanville J, Grimshaw JM, Hróbjartsson A, Lalu MM, Li T, Loder EW, Mayo-Wilson E, McDonald S, McGuinness LA, Stewart LA, Thomas J, Tricco AC, Welch VA, Whiting P, McKenzie JE. PRISMA 2020 explanation and elaboration: updated guidance and exemplars for reporting systematic reviews. BMJ. 2021 Mar 29;372:n160. doi: 10.1136/bmj.n160. PMID: 33781993.
  2. Matthew J Page, Joanne E McKenzie, Patrick M Bossuyt, Isabelle Boutron, Tammy C Hoffmann, Cynthia D Mulrow, Larissa Shamseer, Jennifer M Tetzlaff, David Moher, Updating guidance for reporting systematic reviews: development of the PRISMA 2020 statement, J Clin Epidemiol. 2021;134:103-112. https://doi.org/10.1016/j.jclinepi.2021.02.003. Disponible en: (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0895435621000408)
  3. Rethlefsen ML, Kirtley S, Waffenschmidt S, Ayala AP, Moher D, Page MJ, Koffel JB; PRISMA-S Group. PRISMA-S: an extension to the PRISMA Statement for Reporting Literature Searches in Systematic Reviews. Syst Rev. 2021 Jan 26;10(1):39. doi: 10.1186/s13643-020-01542-z. PMID: 33499930; PMCID: PMC7839230.

Nuevas accesos a recursos electrónicos

La Consejería de Sanidad ha realizado un importante esfuerzo para conseguir el acceso a la información científica relevante y necesaria para su actividad clínica, docente e investigadora. Los objetivos son la equidad en el acceso a los recursos de información, racionalizar las suscripciones y optimizar los procesos de coordinación y colaboración.

Fruto de ello, en el año 2021 se ha puesto a disposición de todos los profesionales a través de la Biblioteca Virtual los siguientes recursos:

  • HARRISON Online (libro electrónico) en español;
  • Revistas electrónicas (Radiology 2009-, Radiographics 1981-, Annals of Pharmacotherapy 1999-, Journal of Rheumatology 2001-, Pediatrics 1948-, American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine 1997-, European Respiratory Journal 1988-, Journal of Neurosurgery 1944-, Journal of Neurosurgery: Spine 1999-, Journal of Neurosurgery: Pediatrics 2004-, Journal of Neurosurgery: Case Lessons 2021-, Neurosurgical Focus 1996-);
  • JoVE (una innovadora plataforma de video artículos) Medicine y Immunology & Infection;
  • La colección de revistas  de Wiley Medical & Nursing;
  • La colección de revistas de Springer.

Todos estos nuevos recursos se encuentran ya disponibles en el Portal de Biblioteca del Hospital Universitario de Getafe: https://m-hug.c17.net/ y enlazados la cuenta de PubMed del Hospital: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?myncbishare=bibgetafe

¿Conoces la herramienta para decidir que tipo de revisión es la más adecuada?: What Review is Right for You?

Por mi experiencia, la mayoría de las personas que desean realizar una síntesis de la evidencia piensan únicamente en la posibilidad de realizar una revisión sistemática, cuando a veces esta no es la mejor de las opciones.

La revisión sistemática es el «estándar de oro» de las revisiones, pero dentro de la familia de revisiones podemos diferenciar varios tipos llegándose a identificar 20 o más métodos únicos (Sutton y cols. 2019, Tricco y cols 2018 y 2016, Grant y cols. 2019).

La selección del método de síntesis específico a utilizar debe basarse en la pregunta que los autores buscan responder. Será más apropiado seguir un método diferente según la pregunta y los objetivos. 

Para ayudarnos a tomar la decisión adecuada, disponemos de una herramienta en línea (https://whatreviewisrightforyou.knowledgetranslation.net/) (Munn y cols. 2018). Está diseñada para proporcionar orientación y material de apoyo sobre los métodos para la realización y presentación de informes de síntesis de conocimientos. Como proyecto piloto, la versión actual de la herramienta solo identifica métodos para la síntesis de conocimientos de estudios cuantitativos aunque sus autores tienen pensado desarrollar una herramienta para la síntesis de evidencia cualitativa.

https://whatreviewisrightforyou.knowledgetranslation.net/

BIBLIOGRAFÍA

Grant MJ, Booth A. Atypology of reviews: an analysis of 14 review types and associated methodologies. Health Info Libr J. 2009 Jun;26(2):91-108. doi: 10.1111/j.1471-1842.2009.00848.x. PMID: 19490148. Disponible en: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/j.1471-1842.2009.00848.x

Munn Z, Stern C, Aromataris E, Lockwood C, Jordan Z. What kind of systematic review should I conduct? A proposed typology and guidance for systematic reviewers in the medical and health sciences. BMC Med Res Methodol. 2018 Jan 10;18(1):5. doi: 10.1186/s12874-017-0468-4. PMID: 29316881; PMCID: PMC5761190. Disponible en:  https://bmcmedresmethodol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12874-017-0468-4

Sutton A, Clowes M, Preston L, Booth A. Meeting the review family: exploring review types and associated information retrieval requirements. Health Info Libr J. 2019 Sep;36(3):202-222. doi: 10.1111/hir.12276. PMID: 31541534.

Tricco AC, Soobiah C, Antony J, Cogo E, MacDonald H, Lillie E, Tran J, D’Souza J, Hui W, Perrier L, Welch V, Horsley T, Straus SE, Kastner M. A scoping review identifies multiple emerging knowledge synthesis methods, but few studies operationalize the method. J Clin Epidemiol. 2016 May;73:19-28. doi: 10.1016/j.jclinepi.2015.08.030. PMID: 26891949.

Tricco AC, Zarin W, Ghassemi M, Nincic V, Lillie E, Page MJ, Shamseer L, Antony J, Rios P, Hwee J, Veroniki AA, Moher D, Hartling L, Pham B, Straus SE. Same family, different species: methodological conduct and quality varies according to purpose for five types of knowledge synthesis. J Clin Epidemiol. 2018 Apr;96:133-142. doi: 10.1016/j.jclinepi.2017.10.014. PMID: 29103958.