Categoría: PubMed

Cuánto tarda un artículo en estar indizado en MEDLINE

CamposDeja un comentario

Hay que tener en cuenta que hay cierto retraso en la indización de artículos de PubMed. Esto determina que si queremos los últimos artículos de un tema, tendremos que utilizar en nuestra estrategia palabras clave además de los términos MeSH. Otra cosa que tenemos que saber es que un pequeño porcentaje de los artículos no están indexados con encabezamientos MeSH porque solo los podremos recuperarlos a través de palabras clave.

Tres meses después de la publicación, aproximadamente el 75% de los artículos se han indexado. El intervalo de tiempo entre cuando se introduce un artículo en PubMed y es indexado con términos MeSH se estima en más de 4 meses en revistas de farmacia (Rodriguez, R.W. Delay in indexing articles published in major pharmacy practice journals. Am J Health Syst Pharm. 2014;71:321–324.; Minguet, F., Salgado, T.M., van den Boogerd, L., Fernandez-Llimos, F. Quality of pharmacy-specific Medical Subject Headings (MeSH) assignment in pharmacy journals indexed in MEDLINE. Res Social Adm Pharm. 2015;11:686–695).

Sin embargo, en función del lugar de publicación y otros factores, puede tardar hasta 3 años para todos los artículos sean indexados (http://researchguides.uic.edu/c.php?g=252556&p=1683868).

Existe poca información sobre los factores que podrían contribuir a este retraso. Acaba de publicarse un trabajo en el que analiza estos factores para lo que revisa un total de 7906 artículos procedentes de 18 revistas. Este estudio encontró un retraso significativo entre el momento en que se disponía de los artículos en PubMed y cuando fueron indexados con términos MeSH. También se identificaron diferencias entre las revistas de diferente factor de impacto, áreas de interés y disciplina. Un factor de impacto superior se corresponde con un tiempo más rápido para la indexación pero los autores del estudio no identificaron un factor(s) claro que parezca conducir a un tiempo de indexación (Irwin AN, Rackham D. Comparison of the time-to-indexing in PubMed between biomedical journals according to impact factor, discipline, and focus. Res Social Adm Pharm. 2016 May 5. pii: S1551-7411(16)30019-5. doi: 10.1016/j.sapharm.2016.04.006. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 27215603).

Nueva base de datos de recursos de aprendizaje NLM

Campos1 comentario

La Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) ha anunciado la nueva base de datos de recursos de aprendizaje NLM (NLM Learning Resources Database), para localizar recursos educativos de sus productos y servicios. Estos materiales incluyen vídeos, tutoriales y folletos de productos tales como PubMed, ClinicalTrials.gov, Unified Medical Language System y muchos más.

La base de datos de recursos de aprendizaje NLM permite buscar o filtrar usando:

  • palabras clave en el cuadro de búsqueda (A). Se puede recuperar la lista de todos los recursos escribiendo asterisco (*) en el cuadro de búsqueda.
  • tema o producto (B ).
  • fecha de última vez revisado (C)
  • materiales archivados (D)

NLM_learning_resources_fig1c.png

Los recursos actualizados más recientemente aparecen automáticamente cuando se accede por primera vez la base de datos o cuando todos los filtros se ponen a cero con el fin de poner de relieve los nuevos materiales.

En pocos días dispondremos de una presentación que estará disponible a partir de la base de datos de recursos de aprendizaje NLM.

Historia de MEDLARS I

Campos1 comentario

La División de Historia de la Medicina de la NLM recopila, preserva, pone a disposición e interpreta para diversas audiencias una de las colecciones más ricas del mundo de materiales históricos relacionados con la salud humana y la enfermedad. Entre otras actividades produce el blog Circulation Now con noticias sobre sus colecciones y exposiciones y proyectos especiales y eventos.

Merece la pena hacer un recorrido por su diferentes entradas como la última dedicada a la historia de MEDLARS en la que podemos ver como fueron sus inicios y ver fotos de lo más interesantes y curiosas.

Esta entrada de blog es la primera de una serie sobre la historia de la informática y desarrollo de software en la Biblioteca Nacional de Medicina. El próximo mes tratará de MEDLARS II  junto con el continuo crecimiento de la NLM y la comunidad de la biblioteca médica.

Medlars historia

29 DE SEPTIEMBRE, DÍA MUNDIAL DEL CORAZÓN

CamposDeja un comentario

corazon2015Un partido de infarto, corazones rebeldes, con el corazón en un puño, corazón partío, descorazonados, de todo corazón… Si hay un icono banalizado, exprimido, comercializado… éste es, sin duda, el corazón. Máquina perfecta a la que cada 29 de septiembre el mundo le dedica un día para recordarnos que conviene cuidarlo, revisarlo y tenerlo en las mejores condiciones para que no nos dé un susto de muerte, y nunca mejor dicho.

Desde 2000, todos los 29 de septiembre se celebra el Día Mundial del Corazón con el objetivo de concienciar a la población sobre lo que supone la primera causa de muerte en el mundo hoy en día y que, según la World Heart Federation, podría llegar a suponer 23 millones de muertes en el futuro 2030.

Un alto porcentaje de estas muertes pueden considerarse prematuras y acaecen antes de los 70 años, acabando con la vida de personas que aún pueden y tienen mucho que hacer, decir y disfrutar. Evitando estas muertes mediante prácticas saludables se evitarían dramas familiares y pérdidas irreparables. Eso es lo que se propone esta campaña de 2015 y todas las campañas anuales anteriores.

Este año se ha elegido como lema Elegir un corazón sano para todos en todas partes con el objetivo de crear entornos saludables para el corazón y asegurar que todo el mundo tenga la oportunidad de tomar decisiones saludables para el corazón en cualquier lugr y actividad.

Recopilación de recursos en: http://www.netvibes.com/dia-mundial-corazon

Netvibes corazon

La búsqueda con MeSH en PubMed no es suficiente: cómo recuperar referencias de MEDLINE y de no-MEDLINE

Campos3 comentarios

PubMed incluye aproximadamente 25 millones de referencias desde 1809 hasta la actualidad. La mayor parte de las citas de PubMed proviene de la base de datos MEDLINE. Así, las referencias de MEDLINE son el 88,9% de todas las citas en PubMed. El otro 11,1% de las citas no-MEDLINE están disponibles en PubMed, pero sin la indexación MeSH. La mayor parte son referencias recientes que han sido incluidas en PubMed pero todavía no han sido indexadas para su inclusión en MEDLINE pero también hay otras referencias que nunca serán incluidas en MEDLINE como las citas fuera de cobertura (“out-of-scope”) que proceden de revistas que indizan selectivamente los artículos pertinentes y otros nunca son incluidos en Medline (por ejemplo, artículos sobre las placas tectónicas o la astrofísica), las referencias de algunas publicaciones científicas adicionales que presenten el texto completo de PubMedCentral ® pero no pertenecen al grupo de revistas indexadas por MEDLINE y las referencias de libros disponibles en la biblioteca NCBI (incluye una cita para el libro completo y citas de cada capítulo o sección del libro).

Si queremos hacer una revisión completa de la literatura debemos buscar tanto en MEDLINE como en la parte no-MEDLINE de PubMed. Para la primera de las partes utilizamos los términos MeSH para una estrategia robusta, pero tenemos que tener en cuenta que nuestros resultados siempre quedarán limitado a la base de datos MEDLINE. Para poder recuperar también la información de ese 11,1% que no es MEDLINE a nuestra estrategia con descriptores MeSH añadiremos la estrategia de búsqueda en todos los campos de los términos de nuestra búsqueda pero añadiendo not MEDLINE[sb]. Por ejemplo:

«hernia, inguinal»[MeSH Terms] OR («inguinal hernia»[All Fields] NOT medline[sb])

Si hubieramos buscado solo por el término MeSH obtendríamos 11.744 referencias frente a las 12.713 que se consiguen con la estrategia arriba propuesta. Es decir, recuperamos unas 1.000 referencias más entre las que se encuentran las referencias recientemente suministradas a PubMed por el editor y que aún no han sido procesadas para su inclusión en MEDLINE.

 

 

Cambio PubMed: nuevo nombre para «Related citations»

CamposDeja un comentario

Para evitar confusiones y evitar ambigüedades, «Related citations» pasará a llamarse «Similar Articles» como vemos en la imagen.

pm_related_citations_feature_renamed_fig1

Mediante este enlace se recupera un conjunto precalculado de citas en PubMed que están estrechamente relacionados con el artículo seleccionado. Los artículos similares se mostrarán en orden de puntuación de mayor a menor relevancia. El algoritmo para generar los resultados no se ha modificado. Así, el conjunto de artículos similares se genera mediante la comparación de palabras del título, resumen y términos MeSH usando un algoritmo (ver más información aquí).

Más información aquí.

Cómo estar actualizados de las novedades de la National Library of Medicine

CamposDeja un comentario

Las bases de datos como PubMed/MEDLINE y otros recursos de la National Library of Medicine son herramientas de uso diario para los especialistas en información de ciencias de la salud por lo que es fundamental mantenernos al día de las últimas novedades y más teniendo en cuenta que están en continuo cambio.

La NLM incorporó desde un principio todas las herramientas que nos ofrecen estas redes sociales, blogs, listas,… para informar, difundir contenidos y estar en contacto con todos sus usuarios. Es posible conectarse via Facebook, Twitter, Pinteres, suscribirse a canales de YouTube y Slideshare, suscribirse vía RSS a noticias, podscats y webcats, y a listas de distribución a través de correo-e. Aquí tenéis la lista completa para conectaros a la NLM y la página oficial de RSS Feeds.

Personalmente os recomiendo la suscripción al NLM Technical Bulletin pues es la fuente para la información más reciente.

NLM Technical Bulletin

PMID: Qué es y utilidad

Campos2 comentarios

Cuando un registro se añade a PubMed, se le asigna un número único, el PMID o PubMed Identifier. Por lo tanto, nunca encontraremos dos referencias con el mismo PMID. Actualmente está formado por un número de 8 dígitos (P. ej.: 24450889) que la base de datos requiere para almacenar, buscar y recuperar información.

Cada número que introducimos en la ventana de búsqueda en PubMed es tratado por defecto como si fuera un PMID. Por esta razón no podemos escribir “2014” en la ventana de búsqueda para localizar artículos del año 2014 pues el resultado sería el artículo de PMID 2014 (que corresponde a un artículo del año 1975). La búsqueda en este caso sería «2014[dp]».

En el siguiente vídeo os detallo dos de las principales utilidades de este número:  solicitar un artículo por el Portal de la Biblioteca Virtual y crear un hipernelace a un artículo específico y añadir, por ejemplo, en nuestro curriculum vitae.

PubMed: Búsquedas avanzadas por MeSH

Campos2 comentarios

MeSH es el acrónimo de Medical Subject Headings y es el vocabulario controlado de términos biomédicos que representan el contenido de cada artículo que se ingresa en la base de datos MEDLINE. Hay aproximadamente 26.000 términos médicos que se encuentra organizados alfabéticamente y de manera jerárquica.
Los indizadores de MEDLINE de la NLM examinan los artículos y asignan los encabezamientos MeSH apropiados más específicos que describan los conceptos principales que se tratan en el artículo. El indizador asigna tantos encabezamientos como sean apropiados para cubrir los temas del artículo: generalmente de 5 a 15.
El término MeSH que refleja los puntos principales o Major MeSH de un artículo es señalado con un asterisco (*) por los indizadores.
Además, podemos cualificar las búsquedas por MeSH utilizando los subencabezamientos o subheadings particulares de un encabezamiento MeSH. En total hay 83 subheadings organizados por categorías (Administration & dosage, Adverse effects, Complications, Diagnosis, Drug therapy, Epidemiology, Organization & administration, Pharmacokinetics, Prevention & control, Surgery, Therapeutic use).

Si quieres aprender cómo construir y centrar una búsqueda en PubMed utilizando la base de datos MeSH aquí tienes un vídeo de la NLM:

Por último hay que recordar que realizar búsquedas mediante la opción MeSH Database es sólo una de las múltiples formas de buscar en PubMed y que deberemos tener en cuenta que si buscamos por MeSH la búsqueda es más precisa pero se pierde todas aquellas referencias más recientes no incorporadas a MEDLINE.

Novedad en PubMed Commons, el nuevo sistema de comentarios en PubMed

CamposDeja un comentario

PubMed ha incorporado una nueva opción de filtrar los resultados por aquellos artículos que han recibido comentario a través del nuevo sistema PubMed Commons. Para ello hacemos una búsqueda y en la columna de la izquierda vemos la opción «PubMed Commons: Reader comments».

FireShot Screen Capture #742 - 'A 4-month-old boy with acrodermatitis enteropa___ [Eur J Pediatr_ 2009] - PubMed - NCBI' - www_ncbi_nlm_nih_gov_pubmed__term=cystic+fibrosi

Además, hoy anuncian que PubMed Commons ha establecido la funcionalidad de clasificación mediante el «you found this useful» en los comentarios.

helpful-2

Los autores de PubMed que se han unido en PubMed Commons pueden hacer clic en «sí» o «no» a la pregunta: «Was this helpful?»

Entre las clasificaciones que ya se están recibiendo están las que la gente no encuentra útil como la clase de comentario que elogia un artículo sin decir por qué o la que sólo está comunicando algo que ya está claro en el resumen. Así mismo hacer un comentario similar en repetidas ocasiones también tiende a ser impopular, ya que es autopromoción.

Por el momento el comentario más popular es el de Gonzalo Otazu  en diciembre. Otazu pone en duda la validez de las estadísticas en un artículo que ha recibido un montón de atención de los medios: un estudio que sugiere que los ratones pueden heredar el miedo de los olores asociados con traumas de sus padres.

FireShot Screen Capture #743 - 'Parental olfactory experience influences behavi___ [Nat Neurosci_ 2014] - PubMed - NCBI' - www_ncbi_nlm_nih_gov_pubmed_24292232_report=abst

Cambio en PubMed: Información de afiliación de los autores

Campos2 comentarios

Recientemente PubMed incluye las afiliaciones de todos los autores, autores corporativos y colaboradores siempre que los datos sean suministrados por los editores.

Para ver la información de afiliación, hay que seleccionar el formato de visualización «abstract» y luego hacer clic en «Author Information». Si hay más de un autor se asocia cada uno con su afiliación mediante un número en superíndice y en diferentes líneas, tal como vemos en el siguiente ejemplo:

author_aff_fig3

Cómo crear una cuenta personal en PubMed (MyNCBI)

Campos2 comentarios

A PubMed podemos entrar de tres formas diferentes:

Formas de acceso a PubMed

Las ventajas de tener una cuenta personal en PubMed son:

  • Podemos salvar estrategias (“Saved Search”)
  • Podemos guardar resultados (“Collections”)
  • Crearnos nuestra bibliografía (“My Bibliography”)
  • Recibir alertas bibliográficas en nuestro correo
  • Configurar nuestras preferencias (“NCBI Site Preferences” como cambiar el correo, resaltar los términos de búsqueda, modificar el formato de visualización de los resultados,…)
  • Crear nuestros filtros para los resultados (“Filters”)
  • Añadir un icono de acceso al texto completo (“LinkOut”)
  • Gestionar nuestra actividad reciente (“Recent Activity”)
 En la siguiente presentación encontraréis los pasos a seguir para crearos vuestra propia cuenta en PubMed:
Si os creáis una cuenta en PubMed seguro que os interesa una entrada anterior de BiblioGETAFE en la que se enseñaba como crear alertas de revistas para recibirlas en nuestro correo electrónico.