La búsqueda con MeSH en PubMed no es suficiente: cómo recuperar referencias de MEDLINE y de no-MEDLINE

12 agosto 12+02:00 2015 Campos3 comentarios

PubMed incluye aproximadamente 25 millones de referencias desde 1809 hasta la actualidad. La mayor parte de las citas de PubMed proviene de la base de datos MEDLINE. Así, las referencias de MEDLINE son el 88,9% de todas las citas en PubMed. El otro 11,1% de las citas no-MEDLINE están disponibles en PubMed, pero sin la indexación MeSH. La mayor parte son referencias recientes que han sido incluidas en PubMed pero todavía no han sido indexadas para su inclusión en MEDLINE pero también hay otras referencias que nunca serán incluidas en MEDLINE como las citas fuera de cobertura (“out-of-scope”) que proceden de revistas que indizan selectivamente los artículos pertinentes y otros nunca son incluidos en Medline (por ejemplo, artículos sobre las placas tectónicas o la astrofísica), las referencias de algunas publicaciones científicas adicionales que presenten el texto completo de PubMedCentral ® pero no pertenecen al grupo de revistas indexadas por MEDLINE y las referencias de libros disponibles en la biblioteca NCBI (incluye una cita para el libro completo y citas de cada capítulo o sección del libro).

Si queremos hacer una revisión completa de la literatura debemos buscar tanto en MEDLINE como en la parte no-MEDLINE de PubMed. Para la primera de las partes utilizamos los términos MeSH para una estrategia robusta, pero tenemos que tener en cuenta que nuestros resultados siempre quedarán limitado a la base de datos MEDLINE. Para poder recuperar también la información de ese 11,1% que no es MEDLINE a nuestra estrategia con descriptores MeSH añadiremos la estrategia de búsqueda en todos los campos de los términos de nuestra búsqueda pero añadiendo not MEDLINE[sb]. Por ejemplo:

«hernia, inguinal»[MeSH Terms] OR («inguinal hernia»[All Fields] NOT medline[sb])

Si hubieramos buscado solo por el término MeSH obtendríamos 11.744 referencias frente a las 12.713 que se consiguen con la estrategia arriba propuesta. Es decir, recuperamos unas 1.000 referencias más entre las que se encuentran las referencias recientemente suministradas a PubMed por el editor y que aún no han sido procesadas para su inclusión en MEDLINE.

PubMed: Búsquedas avanzadas por MeSH

4 abril 04+02:00 2014 Campos2 comentarios

MeSH es el acrónimo de Medical Subject Headings y es el vocabulario controlado de términos biomédicos que representan el contenido de cada artículo que se ingresa en la base de datos MEDLINE. Hay aproximadamente 26.000 términos médicos que se encuentra organizados alfabéticamente y de manera jerárquica.
Los indizadores de MEDLINE de la NLM examinan los artículos y asignan los encabezamientos MeSH apropiados más específicos que describan los conceptos principales que se tratan en el artículo. El indizador asigna tantos encabezamientos como sean apropiados para cubrir los temas del artículo: generalmente de 5 a 15.
El término MeSH que refleja los puntos principales o Major MeSH de un artículo es señalado con un asterisco (*) por los indizadores.
Además, podemos cualificar las búsquedas por MeSH utilizando los subencabezamientos o subheadings particulares de un encabezamiento MeSH. En total hay 83 subheadings organizados por categorías (Administration & dosage, Adverse effects, Complications, Diagnosis, Drug therapy, Epidemiology, Organization & administration, Pharmacokinetics, Prevention & control, Surgery, Therapeutic use).

Si quieres aprender cómo construir y centrar una búsqueda en PubMed utilizando la base de datos MeSH aquí tienes un vídeo de la NLM:

Por último hay que recordar que realizar búsquedas mediante la opción MeSH Database es sólo una de las múltiples formas de buscar en PubMed y que deberemos tener en cuenta que si buscamos por MeSH la búsqueda es más precisa pero se pierde todas aquellas referencias más recientes no incorporadas a MEDLINE.

¿Cual es el artículo en MEDLINE con mayor número de autores?

16 abril 16+02:00 201316 abril 16+02:00 2013 CamposDeja un comentario

Ya comentaba ayer algunos datos de las estadísticas de MEDLINE que acaban de salir.

Hoy quiero señalar una curiosidad relativa a las estadísticas de autoría:

¿Cual es el artículo de los 21.508.439 existentes que tiene mayor número de autores?

Corresponde a un artículo del año 2010 de la revista Physical Review Letters con PMID 21230962. Aquí os dejo la imagen y, para que no perdáis el tiempo y la vista os adelanto que tiene ¡3.172 autores!. Curiosamente su abstract es de cuatro lineas y de las 19 páginas que ocupa el artículo, el listado de autores comienza en la 5.

Estadísticas de MEDLINE del año 2012

15 abril 15+02:00 2013 Campos1 comentario

Como cada año la National Library of Medicine publica las estadísticas de la base de datos MEDLINE.

Este año me ha llamado la atención que la proporción de registros cuyo país de procedencia de las revistas es Estados Unidos: un 43% de las citas en MEDLINE son de revistas procedentes de EEUU. Sin embargo, en el año 2012 el porcentaje es aún mayor, del 45%. Esto se debe a que con el paso de los años la proporción de revistas procedentes de Estados Unidos ha ido incrementándose desde un 31% en el año 1964.

Por otro lado, el porcentaje de referencias escritas en inglés es del 93% para los años 2010-2012, cuando en el intervalo de años de 1960-1964 era de solo el 49%.

Como vemos, el sesgo a las publicaciones Norteamericanas y al idioma inglés va haciéndose cada año mayor en MEDLINE.

PubMed permitirá ver el resumen en lengua no inglesa que incluya el artículo original

14 febrero 14+02:00 2013 Campos1 comentario

La NLM anuncia que en breve los editores tendrán la oportunidad de incluir en PubMed los resúmenes en lengua no inglesa de los artículos. Para ver el resumen en el idioma original dispondremos de un enlace cuando visualicemos el registro del artículo en formato «Abstract».

Al cliquear en el enlace del idioma pasaremos a ver el resumen en el idioma diferente del inglés que aparece por defecto. Si un registro sólo dispone de resumen en lengua no inglesa, PubMed no mostrará un resumen por defecto pero podremos seleccionar la opción del idioma no inglés.

Los resumen en lengua no inglesa no estarán disponibles en los formatos de visualización «Summary» (el que aparece por defecto), MEDLINE o XML y no estará disponible para su descarga a través de E-mail utilities. Por otra parte parece que no estarán disponibles estos datos en otros proveedores de MEDLINE.

Más información en: http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf13/jf13_pm_abstract.html