Categoría: PubMed

Cómo acceder a una revisión Cochrane desde PubMed

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En la anterior entrada os explicaba cómo buscar en la Biblioteca Cochrane Plus con descriptores MeSH.

Otro problema que suele plantearse es cómo acceder al texto completo de una revisión cuando esta la hemos localizado en PubMed.

Las revisiones sistemáticas de la Colaboración Cochrane se encuentran indexadas en la base de datos PubMed. Por ello cuando hacemos una búsqueda a través de PubMed localizamos las revisiones pero el acceso al texto completo disponible desde PubMed es el de la versión original en inglés de la plataforma Wiley. Dado que este acceso es mediante suscripción, lo que podemos hacer para conseguir el texto completo es ir a buscarla a la Biblioteca Cochrane Plus (BCP).

La BCP contiene la traducción al español de revisiones sistemáticas completas y de otros documentos relevantes a los que se puede acceder a través de una interfaz en español. Esta versión también incluye la versión original en inglés de la Cochrane Library de los documentos y otras partes que no han sido traducidas al castellano.

La forma más efectiva de localizar una revisión que hemos localizado en PubMed es utilizar el CD que tenemos disponible en el registro de MEDLINE. Si cortamos y pegamos dicho número en la ventana de búsqueda de la BCP y modificamos la opción por defecto a la búsqueda sin restricción en el resultado localizaremos dicha revisión sistemática.

Aquí os dejo una presentación de cómo conseguir una revisión sistemática Cochrane.

Asistente de búsqueda de MEDLINE «MedTerm Search Assist»

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MedTerm Search Assist es una herramienta creada por la Health Sciences Library System de la Universidad de Pittsburg de ayuda de búsqueda para la base de datos MEDLINE. Este asistente está desarrollado por y para bibliotecarios para que mediante esta se comparta palabras clave, estrategias y consejos de búsqueda con los demás.

Está todavía en crecimiento y necesita la ayuda de cualquier bibliotecario que quiera agregar nuevos términos en la base de datos o sugerir nueva información que añadir a los registros ya existentes. Cada registro contiene el término de entrada y variantes de palabras clave. Hay campos opcionales como el MeSH, acción farmacológica, subencabezamientos flotantes, nombres de sustancias, estrategia de búsqueda en PubMed  y en el MEDLINE de OVID.

Para localizar un término dentro de la base de datos usar la pestaña por defecto «Find a Term».

MedTerm Searcj Assist_Find a term

También podemos navegar por el listado alfabético de términos si entramos en el enlace «browse».

FireShot Screen Capture #643 - 'MedTerm Search Assist' - www_hsls_pitt_edu_terms_browse

Si, por ejemplo, buscamos por el término «osteoarthritis» el resultado es el siguiente registro:

FireShot Screen Capture #641 - 'MedTerm Search Assist' - www_hsls_pitt_edu_terms_term_t=82

Podemos añadir términos a la base de datos. Para ello debemos entrar en «Add a Term» y completar un formulario de inscripción. También se puede también contribuir añadiendo a un registro ya existente palabras clave adicionales, estrategias de búsqueda o consejos de búsqueda.

Si queremos añadir más información al registro de «osteoarthritis» pinchamos en el enlace «Add additional keywords, subject terms, or search strategies» y la nueva página nos ofrece esta posibilidad.

FireShot Screen Capture #642 - 'MedTerm Search Assist_ Add to an Existing Term' - www_hsls_pitt_edu_terms_mod_t=82

Novedad en PubMed: opción de orden de los resultados de búsqueda por relevancia

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En breve dispondremos de una nueva modalidad en la visualización de los resultados de las búsquedas en PubMed: por relevancia.

Hasta ahora, en el menú de «Display Settings» nos encontramos seis opciones de ordenar los resultados siendo la fecha de publicación («Pub Date») la modalidad por defecto.

PubMed Display settings

La nueva modalidad «Relevance» que nos encontraremos ordena por relevancia los resultados de búsqueda basándose en un algoritmo que analiza cada cita PubMed que incluye los términos de búsqueda. En cada búsqueda el «peso» se calcula para las citas en función de cuántas veces aparecen los términos de búsqueda y en que campos se encuentran. Además, los artículos recientemente publicados se les da un peso algo mayor para la ordenación.

Este nuevo formato se puede poner como predeterminado si tenemos una cuenta personal de PubMed en MyNCBI.

 

Más información en http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/so13/so13_pm_relevance.html

¿Qué son los filtros de búsqueda? I

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Los filtros metodológicos o filtros de búsqueda son estrategias de búsquedas que nos ayudan a encontrar artículos de manera eficiente. Son instrumentos cuyos objetivo principal es atenuar el efecto negativo causado por el exceso de información en las bases de datos bibliográficas, reducir al mínimo la obtención de información superflua o redundante, así como elevar el nivel de especificidad o sensibilidad de la búsqueda al máximo posible.

Los filtros son una herramienta para perfeccionar la estrategia de búsqueda y están constituidos por una combinación de términos o descriptores y diseñadas para localizar tipos de estudios determinados. Estas estrategias prediseñadas se han de combinar con el término/s o descriptor/es de lo que deseamos buscar permitiéndonos una recuperación de la información con un alto grado de exactitud.

El primer filtro se creó al observarse limitaciones en la indización de la base de datos MEDLINE para los ensayos clínicos y fue desarrollado por K. Dickersin, R Scherer y Carol Lefebvre en 1993 en Inglaterra y llamado Optimally Sensitised Search Strategy. Por otra parte,  Haynes, Wilczynski,  McKibbon y cols., en la Universidad de McMaster desarrollaron filtros subjetivos para estudios metodológicos.

Desde entonces se han creado diferentes tipos de filtros centradas en diferentes tipos de publicaciones tales como filtros para la recuperación de revisiones sistemáticas, estudios de pronóstico, tratamiento, etiología, diagnóstico, guías de predicción clínica, etc., y han sido desarrollados específicamente para su uso en diferentes bases de datos como MEDLINE, EMBASE, CINAHL y PsycINFO (en sus diferentes interfaces como OVID o PubMed).

En la página del Centre for Reviews and Dissemination (The InterTASC Information Specialists’ Sub-Group Search Filter Resource) podemos encontrar una recopilación de diferentes filtros para diversas bases de datos y plataformas. Este grupo ha anunciado hoy algunos cambios y próximos desarrollos. Entre estos está el cambio de su dirección web. La nueva dirección es
https://sites.google.com/a/york.ac.uk/issg-search-filters-resource/home .

Más información en entrada ¿Qué son los filtros metodológicos de búsqueda? II
FireShot Screen Capture #532 - 'ISSG Search Filters Resource' - sites_google_com_a_york_ac_uk_issg-search-filters-resource_home

Otro sitio de interés es el Blog de Cindy Schmidt’s: PubMed Search Strategies creado para compartir estrategias de búsqueda en PubMed.

FireShot Screen Capture #531 - 'PubMed Search Strategies' - pubmedsearches_blogspot_com_es

También en BiblioGETAFE hemos ido informando sobre los filtros como en las siguientes entradas:

Cursos de la Biblioteca Junio 2013

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Se va a celebrar la primera edición del 2013 de dos talleres de la Biblioteca para el personal del Hospital de Getafe:

«Acceso al texto completo de los artículos desde el Hospital Universitario de Getafe«, de 2 horas de duración el próximo viernes 21 de Junio de 9:00 a 11:00 h y cuyo contenido es el siguiente:

  • ¿Conocemos los recursos bibliográficos accesibles para el Hospital Universitario de Getafe?
  • La Intranet como punto de acceso a la información de la Biblioteca.
  • ¿Cómo sabemos si disponemos de acceso electrónico a una revista o en los fondos en papel de la Biblioteca?
  • Cómo acceder al texto completo cuando hacemos una búsqueda bibliográfica en PubMed/MEDLINE: acceso a las diferentes plataformas (ScienceDirect, OVID, BMJ, Wiley, Springer, MD-Consult,…).
  • Obtención del texto completo de un artículo de revista no suscrito. Portal de la Biblioteca Virtual: Servicio de Obtención del Documentos y Banco de documentos digitalizados.
  • Ejercicios prácticos.
«PubMed básico«, de 2 horas de duración el próximo viernes 28 de Junio de 9:00 a 11:00 h y cuyo contenido es el siguiente:
  • Qué es PubMed: introducción, historia y forma de acceso.
  • Tipos de búsqueda: sencilla y avanzada.
  • Opciones de visualización del resultado y campos del registro.
  • Opciones de manejo del resultado.
  • Obtención del texto completo de los artículos de revista.
  • Ejercicios prácticos.

Está solicitada la acreditación a los dos cursos.

Es necesario inscribirse por lo que si estás interesado debes enviar un correo electrónico a biblio.hugf@salud.madrid.org indicando tus siguientes datos personales.

En el segundo semestre del año 2013 hay programados más cursos y nuevas ediciones de estos talleres.

Problemas PubMed del Hospital de Getafe

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Estamos tenido problemas con la dirección de PubMed personalizada del Hospital de Getafe (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?myncbishare=bibgetafe). Como sabéis este acceso que hemos creado en la Biblioteca para el Hospital de Getafe nos permite filtrar el resultado de la búsqueda a aquellos artículos de los que podemos obtener el texto completo.
 
Desde hace unos días cuando entramos por dicha URL a PubMed y hacemos una búsqueda nos aparece el mensaje de error «Search failed» y no nos muestra ningún resultado.
Fallo PubMed
Nos hemos puesto en contacto con la NLM para resolver esta incidencia y mientras tanto hemos habilitado otra dirección alternativa personalizada con el mismo filtro de acceso al texto completo.
La nueva dirección es:

¿Cual es el artículo en MEDLINE con mayor número de autores?

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Ya comentaba ayer algunos datos de las estadísticas de MEDLINE que acaban de salir.

Hoy quiero señalar una curiosidad relativa a las estadísticas de autoría:

¿Cual es el artículo de los 21.508.439 existentes que tiene mayor número de autores?

Corresponde a un artículo del año 2010 de la revista Physical Review Letters con PMID 21230962. Aquí os dejo la imagen y, para que no perdáis el tiempo y la vista os adelanto que tiene ¡3.172 autores!. Curiosamente su abstract es de cuatro lineas y de las 19 páginas que ocupa el artículo, el listado de autores comienza en la 5.

PubMed_autoria_21230962

Estadísticas de MEDLINE del año 2012

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Como cada año la National Library of Medicine publica las estadísticas de la base de  datos MEDLINE.

Este año me ha llamado la atención que la proporción de registros cuyo país de procedencia de las revistas es Estados Unidos: un 43% de las citas en MEDLINE son de revistas procedentes de EEUU. Sin embargo, en el año 2012 el porcentaje es aún mayor, del 45%. Esto se debe a que con el paso de los años la proporción de revistas procedentes de Estados Unidos ha ido incrementándose desde un 31% en el año 1964.

Por otro lado, el porcentaje de referencias escritas en inglés es del 93% para los años 2010-2012, cuando en el intervalo de años de 1960-1964 era de solo el 49%.

Como vemos, el sesgo a las publicaciones Norteamericanas y al idioma inglés va haciéndose cada año mayor en MEDLINE.

Cómo configurar alertas de revistas de nuestro interés utilizando PubMed

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Una de las más interesantes utilidades que encontramos en PubMed es la posibilidad de configurar alertas de correo electrónico de artículos de revistas. De esta forma nos mantenemos al día y actualizados con los artículos de aquellas revistas de nuestra área de interés.

Para ellos es necesario que nos creemos una cuenta personalizada en MyNCBI. Es gratuito y debemos incluir un correo electrónico activo en el que deseemos recibir las alertas.

En el siguiente vídeo de la NLM encontraréis una breve demostración de cómo configurar alertas de correo electrónico para los artículos de un conjunto de revistas utilizando MyNCBI de PubMed.

Nueva estrategia de revisiones sistemáticas en PubMed

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En PubMed disponemos de la búsqueda por el campo «subset» o subconjunto que nos permite limitar nuestra estrategia a temas específicos. Así disponemos de subset de AIDS, Bioethics, Cancer, Complementary medicine, Dietary Medicine, History of Medicine, Systematic Reviews, Toxicology y Veterinary Science.
En el mes de febrero de 2013 se han revisado en PubMed algunos subset como el subconjunto de revisiones sistemáticas («Systematic Reviews»). Esta estrategia tiene como objetivo la recuperación de citas identificadas como revisiones sistemáticas, meta-análisis, revisiones de ensayos clínicos, la medicina basada en la evidencia, conferencias de consenso de desarrollo, guías y artículos de revistas especializadas en estudios de revisión de valor para los clínicos.

Podemos aplicar esta estrategia de diferentes maneras:

  • añadiendo el subset o subconjunto «systematic» seguido de la etiqueta [sb]. Por ejemplo: exercise hypertension AND systematic [sb].
  • Aplicando este subset que se encuentra disponible en la barra lateral izquierda de «Filters».
  • Desde la pantalla de Clinical Queries.

Cuando aplicamos este sunconjunto o subset la estrategia que se ejecuta es la siguiente:

subset systematic PubMed

Búsqueda de la literatura científica (vídeo webinar CCI-OPS)

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Aquí os dejo la grabación de un webinario impartido por Ivan Solà de título «Búsquedas de la literatura científica» que se celebró el pasado 11 de octubre de 2012.

Este webinar forma parte del acuerdo entre la Asociación Colaboración Cochrane Iberoamericana-Centro Cochrane Iberoamericano y la organización Panamericana de Salud/ Organización Mundial de la Salud para incentivar la producción de revisiones sistemáticas.

Podéis encontrar las grabaciones de todos los webinarios en: http://cochrane.es/ACUERDO_OPS_CCIB

PubMed permitirá ver el resumen en lengua no inglesa que incluya el artículo original

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La NLM anuncia que en breve los editores tendrán la oportunidad de incluir en PubMed los resúmenes en lengua no inglesa de los artículos. Para ver el resumen en el idioma original dispondremos de un enlace cuando visualicemos el registro del artículo en formato «Abstract».

PubMed_resumen lengua no inglesa

 

Al cliquear en el enlace del idioma pasaremos a ver el resumen en el idioma diferente del inglés que aparece por defecto. Si un registro sólo dispone de resumen en lengua no inglesa, PubMed no mostrará un resumen por defecto pero podremos seleccionar la opción del idioma no inglés.

Los resumen en lengua no inglesa no estarán disponibles en los formatos de visualización «Summary» (el que aparece por defecto), MEDLINE o XML y no estará disponible para su descarga a través de E-mail utilities. Por otra parte parece que no estarán disponibles estos datos en otros proveedores de MEDLINE.

Más información en: http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf13/jf13_pm_abstract.html