MyNCBI de PubMed: qué funciona y qué no funciona (por el momento) en el nuevo PubMed

En la anterior entrada Página de resultados del nuevo PubMed: cómo mostrar y ordenar veíamos las opciones de visualización del resultado de nuestra búsqueda bibliográfica y cómo han cambiado del legacy al nuevo PubMed.

Pero muchos de nosotros disponíamos de cuenta personalizada en MyNCBI en la que podíamos editar nuestras preferencias de visualización. Por el momento esta configuración no está funcionando aunque trabajan en ello (Figura 1).

Figura 1. Preferencias de visualización de resultados en MyNCBI

Lo que si funciona son las búsquedas, colecciones guardadas y filtros personalizados guardados en nuestra cuenta de MyNCBI del antiguo PubMed (Figura 2).

Figura 2. Funcionalidades de MyNCBI activas en el nuevo PubMed

En resumen:

  1. Mis preferencias de visualización guardadas en MyNCBI no funcionan aunque están trabajando en ello.
  2. Mis búsquedas salvadas y colecciones guardadas en MyNCBI seguirán funcionando en el nuevo PubMed. Las colecciones y las búsquedas guardadas se almacenan en nuestra cuenta My NCBI y continuarán estando disponibles en el nuevo sitio.
  3. Seguirán funcionando los enlaces del legacy. Los enlaces al legacy serán redirigidos al nuevo sitio. Las redirecciones serán persistentes, por lo que los enlaces antiguos no se “romperán”: irán al nuevo sitio una vez que se convierta en el predeterminado. 3)
  4. Pero ojo: hay que revisar la estrategia de mis estrategias y filtros personalizados guardados en MyNCBI porque el ATM, truncamientos, etc, es diferente en el nuevo PubMed y tal vez la estrategia de búsqueda habría que modificarla.

Cómo obtener un enlace para compartir una estrategia de búsqueda en el nuevo PubMed

Una de las opciones interesantes cuando hacemos una búsqueda bibliográfica en una base de datos es poder compartir mediante un enlace una estrategia de búsqueda para, por ejemplo, incrustarlo en una página web. De esta forma, cada vez que entremos los resultados de nuestra estrategia se mostrarán actualizados. En el antiguo o legacy PubMed (Figura 1) disponíamos en la ventana de Details la opción de crear la URL de nuestra búsqueda bibliográfica. En el nuevo PubMed esa opción no se encuentra disponible.

Figura 1. Vista de detalles de búsqueda en legacy PubMed y nuevo PubMed

El nuevo PubMed ha incorporado la mejora de obtener la URL permanente de una cita individual mediante la opción “Share” de un registro en formato Summary y Abstract (Figura 2).

Figura 2. Opción Share del nuevo PubMed

También es posible, si conocemos la sintaxis, crear un permalink de un registro o varios uniendo los PMIDs con una coma. Por ejemplo:

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32188668/

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32188668,32295891

Pero para obtener la URL de una estrategia de búsqueda en el nuevo PubMed tenemos que copiar la URL de la barra de direcciones del navegador web o marcar la URL usando la función de marcador del navegador web.

Aquí podemos encontrarnos con dos problemas:

  1. Algunas configuraciones en PubMed se basan en cookies y otros datos de sesión que pueden no estar presentes en la URL. Por ejemplo, las búsquedas que se crearon usando un número de búsqueda en el Historial avanzado (por ejemplo, # 1 OR # 2 AND human [mh]) no se pueden guardar usando la URL porque la búsqueda se perderá cuando expire el Historial.
  2. Cuando la estrategia de búsqueda es muy larga, NO genera una URL para compartir. Se ha reducido el tamaño del largo posible en el método GET del nuevo PubMed (obtención de la búsqueda por URL). También se ha reducido en el RSS, Además, el límite de la URL del navegador es diferentes para cada navegador.

Los desarrolladores de PubMed están estudiando la posibilidad de ampliar la longitud de la URL y también creen que podrían aumentar el límite de caracteres de consulta para los canales RSS en una futura actualización; sin embargo, no me pueden confirmar cuándo se producirían estos cambios.

Mientras tanto, podemos aprender un método de reducción de la estrategia de búsqueda que me ha indicado Ernesto Barrera (@ernestob) para que nos genere un hipervínculo más corto. Para ello podemos:

a) sustituir el nombre desarrollado de las etiquetas por el abreviado. Aquí os dejo un enlace a todas las etiquetas de PubMed abreviadas;

b) sustituir el operador booleano AND por & (otra posibilidad es el AND simplemente sustituirlo por espacio en blanco que, como en otros buscadores es el AND por defecto);

c) sustituir el operador booleano OR por | ;

d) eliminar espacios;

e) simplificar, por ejemplo, el nombre de la revista a su abreviatura.

Por ejemplo, si nuestra búsqueda es:

“The New England journal of Medicine”[Journal] OR “Annals of Internal Medicine”[Journal]

Podemos abreviarla como:

“N Engl J Med”[TA]|”Ann Intern Med”[TA]

De esta forma reducimos de 88 a 39 caracteres, lo que, si es una búsqueda muy larga, supone un ahorro importante que nos permita generar una URL sin problemas.

Página de resultados del nuevo PubMed: cómo mostrar y ordenar

En las anteriores entradas hemos analizado cómo funciona el nuevo PubMed (mapeo automático de término, detalles de la estrategia) y comentadas las razones de por qué los resultados son diferentes en el nuevo vs. el legacy o antiguo PubMed.

Ahora vamos a explorar los cambios realizados para visualizar y ordenar y por los resultados.

En el Legacy PubMed los resultados de la búsqueda se mostraban de 20 en 20 registros por página, ordenados por el algoritmo Best Mach y en formato resumido (Summary) (Figura 1). Pero esta configuración por defecto la podíamos modificar y personalizar desde nuestra cuenta de MyNCBI.

Figura 1. Opciones de visualización del resultado en el legacy PubMed

En el nuevo PubMed la configuración por defecto nos muestra los resultados de 10 en 10, ordenados por el algoritmo Best Mach y en formato Summary. Pero este formato ha incorporado una novedad muy interesante que es el poder ver fragmentos del resumen donde aparecen nuestros términos de búsqueda o términos asignados a partir de sus términos de búsqueda en negrita.

Figura 2. Opciones de visualización por defecto en el nuevo PubMed

Esta opción de visualización de parte del resumen donde se destacan las palabras de la estrategia de búsqueda es de valor cuando las búsquedas son muy básicas. Esta nueva funcionalidad pierde su mejora cuando nuestra estrategia es extensa y más compleja.

En la figura 3 vemos resumidas las principales diferencias en las opciones de mostrar y ordenar los resultados en el nuevo PubMed vs. el legacy PubMed. Como vemos han desaparecido algunas opciones de formato y orden de salida interesantes en un uso avanzado de este motor de búsqueda de MEDLINE. Eso si, si cambiamos los parámetros como el orden de salida o el número de registros por página en nuestra búsqueda, la nueva selección estará activa para búsquedas posteriores hasta que se borren las cookies del navegador.

Figura 3. Diferencias en mostrar y ordenar los resultados del nuevo PubMed vs. Legacy PubMed

En resumen, el nuevo PubMed presenta los resultados de forma amigable en una pantalla limpia cuya principal ventaja es la incorporación de parte del Abstract del artículo con los términos de búsqueda resaltados. Como inconveniente tenemos la desaparición de varias opciones de formato y ordenación así como que, por el momento, no está activa la personalización de estos parámetros a través de nuestra cuenta personal en MyNCBI.

¿Estamos preparados para el nuevo PubMed?

El pasado 5 de mayo BiblioMadSalud lanzaba a la primera experiencia de formación online con el título ¿Estamos preparados para el nuevo PubMed?.

Como ya se ha anunciado, el próximo 18 de mayo se hace efectiva la transición al nuevo PubMed. Por lo tanto, es el momento de poner a punto nuestros conocimientos en la nueva versión y familiarizarnos con las novedades.

En este seminario online se revisaron los principales cambios comparando la nueva versión con la legacy (antigua) y se analizaron sus fortalezas y debilidades. 

En resumen, se quiso aportar algo de luz centrándonos en las novedades de las funciones más usadas y aprender colectivamente mediante el planteamiento de los principales problemas que los bibliotecarios hemos detectado en estos últimos meses.

Aquí os dejo el video del webinar que permanecerá el canal de YouTube de BiblioMadSalud.

Grabación del webinar

#AyudaBiblioteca: Controversias alrededor la cánula nasal de alto flujo en pacientes #COVID-19

A medida que en los pacientes progresa el COVID-19, se necesitan mayores cantidades de oxígeno. Las opciones son oxígeno de alto flujo a través de cánulas nasales (HFNC) o el inicio de ventilación no invasiva (NIV). En pacientes con COVID-19, esta decisión es controvertida y sujeta a debate.

El artículo más reciente es una revisión sistemática publicada en Critical Care Medicine en la que se incluye 10 ensayos clínicos aleatorios (n = 1,017 pacientes) y en la que los autores concluyen que hay evidencia de moderada a baja de que el uso de la cánula nasal de alto flujo probablemente no tiene efecto sobre la desaturación severa, complicaciones graves, tiempo apneico, oxigenación, duración de la estancia en la UCI o supervivencia general cuando se usa en el período de peri-intubación en comparación con la oxigenoterapia convencional.

Bibliografía

Ñamendys-Silva SA. Respiratory support for patients with COVID-19 infection. Lancet Respir Med. 2020 Apr;8(4):e18. doi: 10.1016/S2213-2600(20)30110-7. Epub 2020 Mar 5. PMID: 32145829; PMCID: PMC7129706. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7129706/

Cheung JC, Ho LT, Cheng JV, Cham EYK, Lam KN. Staff safety during emergency airway management for COVID-19 in Hong Kong. Lancet Respir Med. 2020 Apr;8(4):e19. doi: 10.1016/S2213-2600(20)30084-9. Epub 2020 Feb 24. PMID: 32105633; PMCID: PMC7128208. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7128208/

Chaudhuri D, Granton D, Wang DX, Einav S, Helviz Y, Mauri T, Ricard JD, Mancebo J, Frat JP, Jog S, Hernandez G, Maggiore SM, Hodgson C, Jaber S, Brochard L, Burns KEA, Rochwerg B. Moderate Certainty Evidence Suggests the Use of High-Flow Nasal Cannula Does Not Decrease Hypoxia When Compared With Conventional Oxygen Therapy in the Peri-Intubation Period: Results of a Systematic Review and Meta-Analysis. Crit Care Med. 2020 Apr;48(4):571-578. doi: 10.1097/CCM.0000000000004217. PMID: 32205604. Disponible en: https://journals.lww.com/ccmjournal/Abstract/2020/04000/Moderate_Certainty_Evidence_Suggests_the_Use_of.16.aspx

#AyudaBiblioteca: iniciativa de los profesionales de las bibliotecas de ciencias de la salud en España como respuesta al #COVID19

#AyudaBiblioteca es una iniciativa espontánea de colaboración de profesionales bibliotecas de ciencias de la salud en España como respuesta a la pandemia del #COVID19. Utilizando nuestro conocimiento experto en búsqueda de información de calidad, fiable y basada en evidencias científicas hacemos nuestro aporte social apoyando a sanitarios y, en general, a la sociedad.

En esta infografía interactiva te dejamos más información y cómo ponerte en contacto con nosotros.

Información #COVID19 seleccionada y accesible a texto completo #AyudaBiblioteca

Desde la Biblioteca del Hospital queremos proporcionar la información más relevante relacionada con el COVID-19. Para ello hemos elaborado una página web con diferentes recursos a texto completo, páginas de interés y enlaces que se va actualizando diariamente con la última información científica de esta temática. Acceso aquí.

Esta página de recursos sobre el coronavirus SARS-CoV-2 es posible gracias a la colaboración de un grupo de profesionales de bibliotecas de Ciencias de la salud. Puedes encontrarlos en Twitter con los hashtags #JuntosParaAyudarte y #AyudaBiblioteca

Y recordad que, aunque la Biblioteca del Hospital Universitario de Getafe se encuentra cerrada, seguimos dando servicio a nuestros usuarios por los diferentes canales virtuales de que disponemos. Seguimos dando acceso a los recursos de información, proporcionando artículos, realizando búsquedas bibliográficas y mucho más.

COVID-19 y la colaboración espontánea de los profesionales de las bibliotecas de Ciencias de la Salud en España: #AyudaBiblioteca

En el blog Universo Abierto, de Julio Alonso Arévalo (Universidad de Salamanca), se ha publicado el texto de Maribel Domínguez Aroca (Universidad de Alcalá) sobre la iniciativa #AyudaBiblioteca.

(Dibujo realizado por el sobrino de Juanma, uno de los participantes para animarle en su trabajo)

Puede leerse a través de COVID-19 y la colaboración espontánea de los profesionales de Ciencias de la Salud en España el texto del que es autora Maribel Domínguez-Aroca (Biblioteca de la Universidad de Alcalá de Henares y Comité Ejecutivo de BiblioMadSalud). La Biblioteca del Hospital Universitario de Getafe colabora con la creación y mantenimiento del escritorio virtual Coronavirus SARS-COV-2.

La realidad de siempre y especialmente de estos días ha demostrado que los profesionales sanitarios necesitan información de calidad y evidencia científica para tomar las decisiones lo más informadas posibles en el actual caos informativo existente. Es por lo que el papel del bibliotecario como especialista en gestión de la información puede jugar un papel crucial para ayudar al personal sanitario en esta situación, de ahí el objetivo de colaboración entre los profesionales que trabajan en las Bibliotecas de Ciencias de la Salud en España para dar respuesta a las necesidades de información para afrontar la pandemia del COVID-19 actual.

Y para terminar, a modo de homenaje de todo el grupo para todos los trabajadores de las instituciones sanitarias de España y para todas las personas que están trabajando para que el resto estemos lo mejor posible, incluyo el enlace  con el agradecimiento realizado desde BiblioMadSalud, que transmite un mensaje extrapolable para todos: ¡¡Muchas gracias!!

¿Quieres estar informado de lo publicado en PubMed sobre #COVID-19 y tienes poco tiempo?

Or recomiendo la estupenda  web de @ernestob con artículos de Coronavirus en PubMed actualizada diariamente

https://bit.ly/covid19bibliometria

Además, podemos ver:

─ Valor y link a Altmetric para cada artículo

─ Enlaza web con artículos en inglés y español ordenados por valor top de Altmetric

https://bit.ly/covid19top

Por otro lado os recomiendo LitCovid que es la colección más completa de trabajos de investigación sobre #COVID19 -19 (ver http://go.nature.com/3almd5p).

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/coronavirus/docsum

También puedes acceder a las últimas publicaciones de la CDC: https://www.coronavirus.gov  y las últimas investigaciones del NIH: https://www.nih.gov/coronavirus.

Os queremos recordar que, como siempre, nos tenéis a vuestra disposición para búsquedas de información en general y obtención de documentos. cualquiera de los recursos virtuales que tenemos disponibles para hacer vuestras peticiones porque estamos teniendo problemas con el correo electrónico y no os atenderíamos con la agilidad necesaria.

¿Sabes como contactar con la Biblioteca del Hospital de Getafe?

Aunque la Biblioteca del Hospital Universitario de Getafe está cerrada, continuamos dando servicio por los diferentes canales virtuales de que disponemos.

Seguimos dando acceso a los recursos de información, proporcionando artículos, realizando búsquedas bibliográficas y mucho más.

Imagen interactiva. Pulsar en cada apartado para ver la información.

Siempre a vuestra disposición

Reflexiones a partir de la producción científica del Hospital de Getafe

Estos días hemos comenzado en la Biblioteca a recopilar la producción científica del Hospital del año 2019. En esta primera aproximación hemos buscado en la WoS por el campo de organización-consolidada, que es el nombre mejorado de nuestra institución y de gran ayuda para no perder información. Con el límite temporal del año 2019 recuperamos 250 documentos en la colección principal de la WoS. En PubMed solo hemos recabado 168 artículos. Eliminado duplicados hemos obtenido 112 referencias únicas en la WoS. Todavía nos queda la búsqueda en otras bases de datos e índices de citas así como volver a actualizar los resultados dentro de unos meses.

He aprovechado estos resultados preliminares para analizar con la WoS la producción obtenida y vemos que, por el momento, han sido citados en 218 ocasiones obteniendo un índice H de 6.

El artículo más citado es el de referencia: Martínez-Velilla N, Casas-Herrero A, Zambom-Ferraresi F, Sáez de Asteasu ML, Lucia A, Galbete A, García-Baztán A, Alonso-Renedo J, González-Glaría B, Gonzalo-Lázaro M, Apezteguía Iráizoz I, Gutiérrez-Valencia M, Rodríguez-Mañas L, Izquierdo M. Effect of Exercise Intervention on Functional Decline in Very Elderly Patients During Acute Hospitalization: A Randomized Clinical Trial. JAMA Intern Med. 2019 Jan 1;179(1):28-36. doi: 10.1001/jamainternmed.2018.4869.

Ha recibido un total de 44 citas y está publicado en la revista JAMA Internal Medicine que tiene un Factor de Impacto 20,768 (Q1-6 /160 en la categoría de Medicine, General & Internal).

Es un ensayo clínico (ClinicalTrials.gov identifier: NCT02300896) publicado en acceso abierto sobre la fragilidad en ancianos. Los autores del artículo concluyen que la intervención hospitalaria con ejercicios individualizados de resistencia, equilibrio y marcha de intensidad moderada (2 sesiones diarias) es segura y efectiva para revertir el deterioro funcional asociado con la hospitalización aguda en pacientes muy ancianos.

Con respecto al total de documentos recuperados, hemos encontrado los siguientes datos interesantes:

Producción del Hospital Universitario de Getafe 2019 por categorías de la Web of Science.
Producción del Hospital Universitario de Getafe 2019 por autor.
Producción del Hospital Universitario de Getafe 2019 por financiación.

Un dato sobre el que reflexionar está relacionado con el Plan S que obligará a partir de enero de 2021 a que las investigaciones financiadas por subvención pública a ser publicadas en revistas o plataformas de acceso abierto. La Ciencia Abierta (Open Access es un  movimiento que promueve el acceso libre y gratuito a la literatura científica) es un tema cada vez más presente en la comunidad científica pero vemos como la mayoría de los estudios se publican en revistas comerciales con fines de lucro.

En nuestro caso, de la producción del 2019 he localizado 73 documentos que han recibido financiación pública pero de los cuales solo hay 34 en acceso abierto.

Es verdad que la publicación en abierto ha ido incrementándose en los últimos años en nuestro Hospital pero de manera insuficiente teniendo en cuenta el horizonte tan cercano de enero 2021.

Publicaciones en acceso abierto del Hospital Universitario de Getafe 2016-2019

Habrá que estar atentos a esta evolución y al posicionamiento de los diferentes actores en este terreno, desde lo autores, editores, agencias de financiación y sin olvidar el papel de las bibliotecas ayudando a un mejor conocimiento del acceso abierto y cuáles son las infraestructuras y servicios a disposición de la comunidad investigadora.

Trucos de búsqueda en PubMed

La búsqueda de información viene condicionada por una serie de factores tales como nuestros objetivos, tema de la búsqueda así como tiempo y recursos disponibles.

Por ello, una vez definida nuestra pregunta que ha de contestar nuestra búsqueda de información, lo primero que debemos hacer es seleccionar la fuente de información.

Muchas veces vamos directamente a buscar en PubMed cuando no es la fuente de elección para el tipo de búsqueda que necesitamos llevar a cabo. En otras ocasiones sí lo es y en estos casos nuestra forma de consulta es diferente dependiendo de si queremos unos pocos artículos que van a contestar nuestra pregunta o si vamos a necesitar realizar una búsqueda de todo lo relevante publicado sobre un tema o deseamos reducir el NNR (Numbers Needed to Read).

En la primera de las situaciones hemos de realizar una búsqueda sencilla partiendo de la ventana de búsqueda inicial. Para ello lo recomendable no complicar mucho la estrategia y realizarla al modo “Google”.

En la siguiente presentación hay recomendaciones para este tipo de búsqueda y un ejemplo:

Pero PubMed dispone de funcionalidades que nos van a ayudar a realizar una búsqueda experta. Será útil en el caso de que estemos buscando estudios en búsquedas sistemáticas de la literatura o una búsqueda en la que queramos ahorrar tiempo reduciendo el número absoluto de referencias e incrementando el número de referencias relevantes. Un ejemplo sería el utilizar el tesauro MeSH, las etiquetas de campos de registro y los filtros metodológicos disponibles en Clinical Queries.

En la siguiente presentación vemos los trucos y recomendaciones para cuando queramos llevar a cabo una búsqueda experta.

Y recuerda, si necesitas realizar una búsqueda experta contacta con el bibliotecario/documentalista de ciencias de la salud que sabrá orientarte en todos los pasos metodológicos que este tipo de búsqueda requiere.

Bibliografía:

Campos-Asensio C. Como elaborar una estrategia de búsqueda bibliográfica. Enferm Intensiva. 2018 Oct – Dec;29(4):182-186. doi: 10.1016/j.enfi.2018.09.001. PMID: 30291015.

Acceso institucional a Mendeley

Ya está disponible el acceso a la versión Institucional de Mendeley, el gestor bibliográfico de Elsevier, gracias a la suscripción que ha realizado la Biblioteca Virtual de la Consejería de Sanidad para todos los profesionales de la sanidad pública madrileña.