¡Feliz 20 aniversario PubMed! Cambios durante dos décadas

Ya han pasado 20 años desde que en enero de 1996 comenzara PubMed como una base de datos experimental en el marco del sistema de recuperación Entrez del NCBI (National Center for Biotechnology Information) con pleno acceso a MEDLINE ®. El 26 de junio de 1997, en una conferencia de Capitol Hill Press, se anunció oficialmente el acceso libre de MEDLINE a través de PubMed.

NLM Technical Bulletin Free PubMed.png

Desde entonces PubMed ha ido cambiando y mejorando continuamente, cosa que sabemos bien aquellos que utilizamos este motor de búsqueda a diario y que nos dedicamos a enseñar su funcionamiento a los usuarios de nuestras bibliotecas. Paso a resumir las mejoras más relevantes de estos últimos 20 años.

El 26 de enero de 1998 PubMed fue rediseñado con muchas mejoras útiles, incluyendo el MeSH® Browser, el Single Citation Matcher, la búsqueda ampliada automática de términos MeSH («exploding»), el mapeo de sinónimos de Name of Substances y el botón Detalles («Details»). Al año siguiente se incorporó la posibilidad de combinación de búsqueda por término MeSH y subencabezamiento.

PubMed fue rediseñado significativamente en 2000 integrando nuevas características tales como LinkOut, Limits, History y Clipboard. PubMed enlazó con los artículos a texto completo de PubMed Central® y se implantó la utilidad «Cubby». En 2001 comenzó el programa LinkOut for Libraries.

Linkout for libraries.png

En 2002 el filtro de revisiones sistemáticas se añadió a la página de Clinical Queries, se crearon dos nuevas bases de datos NCBI, Journals y MeSH (MeSH Database reemplazó el MeSH Browser), para proporcionar capacidades adicionales de búsqueda de PubMed y se añadió la opción de correo electrónico para el envío de los resultados de búsqueda.

En 2005 MyNCBI sustituyó a «Cubby», permitiendo el envío automático de resultados de búsquedas salvadas, posibilidad de crearnos filtros personalizados para la recuperación por áreas de interés, la opción de destacar los términos de búsqueda y se añadió la opción de RSS para proporcionar actualizaciones diarias. En 2006 se rediseñaron los límites  con una interfaz mejorada y opciones adicionales para limitar las búsquedas.

PubMed continuó evolucionando y, en 2007, el motor de recuperación NCBI fue completamente rediseñado. En 2008, se incluyeron una serie de herramientas tales como «also try»Collections se añadió a las herramientas de usuario My NCBI, se mejoró el mapeo automático de términos y aparece la función de búsqueda avanzada de búsqueda.

En 2009 se incluyen una herramienta de la actividad reciente que hace un seguimiento de hasta 6 meses de búsquedas de un usuario de base de datos NCBI y de registros vistos y una interfaz totalmente renovada.

Nueva interfaz Pubmed.png

De 2010 a 2011, el PubMed rediseñó la página de búsqueda avanzada, una nueva página de límites, los términos de búsqueda fueron modificados para mostrase automáticamente en negrita , se añadió la opción de CSV dentro de enviar a archivo y los resúmenes estructurados y las imágenes se incorporaron a la pantalla de resumen.

Busqueda avanzada PubMed.png

PubMed Mobile se puso en marcha y base de datos MeSH y la página de Clinical Queries se rediseñaron para proporcionar la misma interfaz optimizada publicada anteriormente en PubMed.

Clinical Queries.png

En 2012 se incluye la gráfica de los resultados por año y la visualización de las imágenes de PubMed Central. La página de «Limits» se sustituye por una barra lateral izquierda de filtros.  El menú «Send to» incluyó una nueva opción de exportación a un gestor de referencias.

Filtros.png

En 2013 a 2014, se han añadido al «Abstract» las palabras clave de autor y los iconos de redes sociales y PubMed comenzó a aceptar y mostrar resúmenes en lengua no inglesa. Una nueva opción de ordenar por relevancia y descargar el historial de búsqueda se añadió a la página de búsqueda avanzada. PubMed Commons fue lanzado como una manera para que los autores compartan opiniones e información sobre publicaciones en PubMed.

Esto son las principales mejorar incorporadas a PubMed en los últimos 20 años, muchas de ellas anunciadas en biblioGETAFE, pero ya se están anunciando nuevas modificaciones para un futuro próximo. La verdad es que algunos de los cambios no siempre fueron bien recibidos pero, pasado el tiempo, podemos afirmar que las mejoras son innegables haciendo de PubMed el motor de búsqueda más utilizado para buscar en la base de datos MEDLINE.

Más información aquí.

 

 

Qué es mapeo automático de términos o «Automatic Term mapping» de PubMed

Cuando escribimos nuestra estrategia en la ventana inicial de PubMed el sistema recuperará los registros en los que encuentre correspondencia con los términos buscados en un proceso denominado mapeo automático de términos (“Automatic Term Mapping” o ATM).

PubMed de manera automática comprueba lo que hemos escrito frente a varios índices en el orden siguiente:

  • Temas (MeSH)
  • Revistas
  • Autores

El primer índice se denomina “MeSH Translation Table“ que incluye los encabezamientos MeSH, Subencabezamientos, Tipos de Publicación, Entry Term (conocidos como sinónimos), los Supplementary Concepts y sinónimos de los Supplementary Concepts.

Si encuentra una correspondencia en este índice “MeSH Translation table” el proceso se detiene y el término es mapeado al término MeSH correspondiente. La busqueda incluirá el MeSH, a lo que se añade la búsqueda de la frase cortada en palabras individuales que es buscada en todos los campos (All Fields). La búsqueda del MeSH incluye los términos jerárquicamente por debajo de él, es decir, hace la denominada búsqueda ampliada o “automatic explosion”.

Si, por ejemplo, escribimos Cancer, PubMed rastrea automáticamente el  término “cancer” y selecciona el término MeSH más apropiado, en este caso  “Neoplasms” y efectúa la búsqueda por él.  Además, PubMed busca el término MeSH “neoplasms” en todos los campos “All Fields”. Por último, PubMed busca el término “cancer”  en todos los campos “All Fields”. De tal forma que la estrategia sería:

«neoplasms»[MeSH Terms] OR «neoplasms»[All Fields] OR «cancer»[All Fields]

Solo hay una excepción, cuando el Supplementary Concepts (sustancias) o encabezamiento MeSH incluye un número o único caracter (e.j., protein c) no es dividido en palabras individuales y es buscado solo como frase en todos los campos (All Fields).

Si los términos son mapeados en la tabla MeSH, el proceso se detiene. Si algún término no es localizado en esta tabla, PubMed pasa a mapear por revistas buscando en la “Journals Translation Table” que incluye el nombre completo de la revista, abreviatura y número ISSN.

Si es encontrada una revista, esta es añadida a la búsqueda. El término también es buscado en todos los campos (All Fields) y el proceso se detiene aquí.

Si, por ejemplo, escribimos en la ventana de búsqueda Oncology reports, PubMed realiza el mapeo y la estrategia aplicada sería la siguiente:

«Oncol Rep»[Journal] OR («oncology»[All Fields] AND «reports»[All Fields]) OR «oncology reports»[All Fields]

Si no encuentra correspondencia en “MeSH Translation table” ni en “Journals Translation Table” PubMed comprueba los nombres de autor. Si lo encuentra el proceso se detiene aquí.

Si no encuentra correspondencia, PubMed divide la frase en partes y repite el proceso de mapeo automático del término hasta que encuentra una correspondencia. Los términos que no encuentra correspondencia se buscarán en todos los campos (“All Fields”).

Hay que tener en cuenta que podemos evitar y no aplicará el mapeo automático del término:

  • Escribiendo la frase entrecomillada. P. ej.: “kidney allograft”
  • P. ej.: kidney allograft*
  • Cuando buscamos con etiquetas de campo. P. ej.: Cancer[ti]
  • Cuando buscamos desde el “Single citation matcher”.
  • Cuando usamos la búsqueda avanzada.

Pasos para la búsqueda de información en una revisión sistemática (parte II)

En la primera parte vimos cuales los primeros pasos para la búsqueda de información en una revisión sistemática:

  • Si esta es la primera vez que hacemos una revisión sistemática podemos comenzar leyendo el Manual Cochrane de Revisiones Sistemáticas(Parte 2, Capítulo 6).
  • Comprobar si ya existe una revisión anterior o si está en curso.
  • Incorporar a un bibliotecario en el equipo.
  • Confeccionar un protocolo y registrarlo.

Una vez realizados estos preliminares toca el turno de la búsqueda bibliográfica. Lo primero sería hacer una búsqueda preliminar (conocida como scoping search ). Esta primera búsqueda nos ayudará a preparar el proyecto general, entender las preguntas clave, identificar las revisiones sistemáticas existentes, identificar el primer conjunto de estudios primarios potencialmente relevantes y estimar los recursos que van a ser necesarios para realizar la revisión sistemática.

Por lo general, esta búsqueda preliminar se centra en buscar sistemáticamente en fuentes de información preseleccionadas (p. ej.: en Medline con el filtro correspondiente, Cochrane Library, CRD Database, NICE, AHRQ,…) revisiones sistemáticas del tema. Otra posibilidad para esta búsqueda preliminar es aplicar otras técnicas de búsqueda como “snowballing” y “Similar Articles” en PubMed partiendo de un artículo relevante conocido por el equipo. Hay incluso quien recomienda el uso de twitter en esta fase de pre-búsqueda (https://twitter.com/giustini/status/735978949969223680).

En mi experiencia es importante hacer esta primera búsqueda y enviarla al equipo de la revisión para poder recibir su feedback. Además, sirve al bibliotecario para enfocar la búsqueda definitiva generando una lista de términos tras el análisis de los artículos relevantes localizados para su posterior utilización en la estrategia de búsqueda en MEDLINE y en el resto de recursos. Una herramienta muy útil para esto es el Yale MeSH Analizer.

Antes de desarrollar la estrategia de búsqueda debemos partir de una pregunta claramente formulada siguiendo el esquema PICOS (Patient or population / Intervention / Comparison / Outcome / Study design). Los conceptos más importantes serán incluidos en la estrategia de búsqueda. No debemos incluir demasiados conceptos y, en general, la estrategia debe incluir la población, intervención y tipos de diseño de estudio. El resultado o outcome no suele incluirse en la búsqueda. Para desarrollar la estrategia de búsqueda tenemos que utilizar MeSH combinado con texto libre con el operador OR. En esta fase de la búsqueda es importante separar en diferentes líneas la búsqueda con MeSH de la del texto libre. De esta forma evitaremos errores y no nos perderemos entre tantos términos. Para localizar tipos de estudio se debe emplear los filtros de estudio existentes validados y que ya he comentado en biblioGETAFE.

El paso siguiente será la selección de las fuentes de información. La producción de una revisión sistemática requiere la búsqueda sistemática en varias bases de datos bibliográficas. La búsqueda en MEDLINE es insuficiente aunque no existe evidencia de la cantidad de bases de datos en las que se debe buscar. El manual Cochrane menciona MEDLINE, EMBASE y CENTRAL como las tres bases de datos más importantes para estudios primarios.

Los principales recursos de ciencias de la salud son: MEDLINEEmbase / Cochrane Collaboration / CENTRAL / EconLit / Dare / CINAHL / LILACS / IMEMR / Global Health Library /POPLINE / PsycInfo / ERIC / AMED / HEED / Campbell Collaboration / Proquest Central / Scopus / Web of Science /Health Services  Research, …

Si el tema de interés consiste en medicamentos o dispositivos, debemos ponernos en contacto con el laboratorio o el fabricante para localizar estudios no publicados disponibles en sus bases de datos. Para los medicamentos disponemos también de: Drug Information Portal, ChemID Plus, ChemSpiderTOXNET,  DynaMed Plus, Micromedex, AHFS Drug Information, BMJ Best Practice, NICE (UK), SIGN (UK), National Guideline Clearinghouse (USA) (Oday R, Snowden L; Where to find information about drugs;Aust Prescr 2016;39:88-95).

Dependiendo del objetivo de nuestra revisión, bases de datos regionales como MEDES o de temas específicos pueden ser relevantes. Además de las fuentes de ciencias de la salud, algunas revisiones sistemáticas pueden requerir el uso de recursos no sanitarios. Decidir cuáles elegir va a depender tanto del tema de nuestra revisión como de la disponibilidad, coste, …

Cómo estar actualizados de las novedades de la National Library of Medicine

Las bases de datos como PubMed/MEDLINE y otros recursos de la National Library of Medicine son herramientas de uso diario para los especialistas en información de ciencias de la salud por lo que es fundamental mantenernos al día de las últimas novedades y más teniendo en cuenta que están en continuo cambio.

La NLM incorporó desde un principio todas las herramientas que nos ofrecen estas redes sociales, blogs, listas,… para informar, difundir contenidos y estar en contacto con todos sus usuarios. Es posible conectarse via Facebook, Twitter, Pinteres, suscribirse a canales de YouTube y Slideshare, suscribirse vía RSS a noticias, podscats y webcats, y a listas de distribución a través de correo-e. Aquí tenéis la lista completa para conectaros a la NLM y la página oficial de RSS Feeds.

Personalmente os recomiendo la suscripción al NLM Technical Bulletin pues es la fuente para la información más reciente.

NLM Technical Bulletin

La participación de los bibliotecarios mejora de la calidad de los artículos de revisión

Acaba de publicar la revista JAMA (Rethlefsen ML, Murad MH, Livingston EH. Engaging medical librarians to improve the quality of review articles. JAMA. 2014 Sep 10;312(10):999-1000. doi: 10.1001/jama.2014.9263. PubMed PMID: 25203078.) un interesante artículo en el que recomienda la colaboración de los bibliotecarios médicos en los artículos de revisión.

Esta colaboración queda reflejada en el siguiente cuadro:

Participacion bibliotecario en revisiones

Además, recomienda que cuando se está preparando un manuscrito para su publicación, el bibliotecario debe escribir la metodología y los resultados de la búsqueda. La información básica relativa a la metodología de búsqueda debe incluirse en el manuscrito principal, mientras que la estrategia de búsqueda completa debe estar en un documento complementario. El manuscrito principal debe incluir las bases de datos y plataformas utilizados, la cobertura temporal de la búsqueda, la fecha en que la búsqueda se realizó en primer lugar, los límites o filtros de búsqueda utilizados en la estrategia de búsqueda, los métodos de actualización y las fechas realizadas asó como los calificadores del buscador. También debe indicarse si la estrategia ha tenido peer-review por otro bibliotecario. Así mismo se debe especificar si no se utilizaron límites de búsqueda.

Los bibliotecarios que ayudan en el proceso de revisión deben redactar la parte de la sección de resultados de un manuscrito que se refiere a los resultados de búsqueda. Los resultados deben incluir el número total de documentos que se encuentran antes y después de la eliminación de duplicados y el número de materiales eliminados en cada etapa del proceso de revisión. Deben incluirse diagramas de flujo que representen los materiales encontrados, incluidos o excluidos en el manuscrito.

El artículo concluye afirmando que los bibliotecarios médicos juegan un papel central en la asistencia a los médicos para acceder a la literatura médica necesaria para proporcionar cuidados a los pacientes. También pueden desempeñar un papel importante en el desarrollo de la redacción de alta calidad y revisiones sistemáticas, la construcción de estrategias de búsqueda, gestión de referencias, la revisión de las referencias para la inclusión, la documentación de la metodología de búsqueda y la contribución a la redacción del manuscrito final. Tener un bibliotecario médico estrechamente implicado asegura que la revisión sea exhaustiva y su metodología reproducible. Los bibliotecarios médicos aportarán su experiencia al proceso de revisión basado en su comprensión de la literatura médica, los métodos de búsqueda y las directrices y los criterios de revisión. Su neutralidad y experiencia pueden ayudar a minimizar el sesgo en el proceso de revisión, lo que lleva a artículos de revisión más robustos e imparciales.