Haciendo una búsqueda en Pubmed he visto una nueva funcionalidad cuando visualizaba la pantalla de resultados llamada «E-mail Alert Video Tutorial». Aquí os dejo uno de ellos:
Categoría: Bases de datos
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Tutoriales en PubMed
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En un reciente artículo (Lu Z. PubMed and beyond: a survey of web tools for searching biomedical literature. Database (Oxford). 2011 Jan 18;2011:baq036. Print 2011. PubMed PMID: 21245076; PubMed Central PMCID: PMC3025693.) se compara Pubmed con 28 herramientas Web diseñadas por diversas entidades para ayudar a realizar búsquedas rápidas y eficientes y recuperar las publicaciones pertienes tales como PubGet, askMEDLINE, SLIM, PICO, GoPubMed, HubMed, etc.
Incluyo un gráfico interesante con la evolución en el tiempo de los desarrollos tecnológicos en PubMed y en otras herramientas de búsqueda.
Además, han construido un sitio web dedicado al seguimiento de los sistemas existentes y de los futuros avances en el campo de la búsqueda de la literatura científica. La URL de la base de datos es: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Lu/search/
Texto completo del artículo en: PubMed and beyond: a survey of web tools for searching biomedical literature.
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En breve estará disponible la actualización de la base de datos MeSH con la misma interface optimizada de PubMed y el catálogo de la NLM.
Entre otros cambios la función de «Suggestions» va a cambiarse por el autocompletado. Por otro lado, cuando queremos construir una estrategia desde el MeSH, debemos seleccionar el término y pinchar en el botón de «Add to search builder» situado a la derecha del resultado de la búsqueda. Podemos ir añadiendo más términos mediante este botón y seleccionar AND, OR o NOT del menú deplegable.
Para acceder a los subencabezamientos, restringir a Major MeSH y desactivar la búsqueda ampliada debemos cambiar el formato de visualización del «Summary», que aparece por defecto, al «Full».
Más información en el Boletín de la NLM:
NCBI MeSH Database Updated. NLM Technical Bulletin. 2011 Jan–Feb.
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Hoy no funciona la búsqueda por PMID en PubMed. Aparece el resultado en blanco.
Se soluciona si se cambia el formato de visualización, por ejemplo, a Summary con lo que ya aparece la referencia.
Problemas con PubMed
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Desde julio del año 2009 es posible enlazar al texto completo de los artículos desde PubMed de nuestro Hospital.
En el año 2009 se accedió un total de 1.381 veces al texto completo desde el icono del Hospital de Getafe disponible en la cuenta de PubMed de nuestra institución.
Durante el primer semestre de 2010 he ido por los Servicios dando sesiones en las que daba cuenta de los cambios de PubMed así como de esta funcionalidad. Lo mismo he hecho en los cursos que he impartido en octubre y noviembre de estre año.
Las estadísticas de uso de LinkOut para 2010 son las siguientes:
LinkOut totales: 4.358
Las 10 revistas más enlazadas el texto completo: J Am Geriatr Soc, Lancet, Neurology, Plast Reconstr Surg, JAMA, Med Clin (Barc), Chest, N Engl J Med, Radiology y Ann Intern Med con un total de 584 accesos ( 13,4 % del total)
Octubre ha sido el mes con más accesos con un total de 506 LinkOut.
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Una de las recomendaciones que doy a los alumnos de los cursos de búsqueda de evidencia científica, es que busquen y apliquen documentos de síntesis de la evidencia tales como revisiones sistemáticas, meta-análisis, guías de práctica clínica basadas en la evidencia existentes en la literatura.
Es verdad que existen un exceso de información. La base de datos MEDLINE indiza 560.000 nuevos artículos casa año, Cochrane Central añade cerca de 20.000 ensayos clínicos nuevos cada año. Esto supone más de 1.500 artículos, 75 ensayos clínicos y 11 revisiones sistemáticas nuevas al día.
nSin embargo, no hay revisiones sistemáticas de todo y, por ejemplo, la Cochrane Library solo incluye algo más de 4.000 revisiones sistemáticas. Hay que tener en cuenta que la historia de los ensayos clínicos y de las revisiones sistemáticas es bastante reciente. Los primeros ensayos clínicos se publicaron alrededor de los años 50 y los primeros ensayos clínicos aparecieron en los años 70 del siglo pasado.
Preparándome la clase del próximo miércoles he localizado un artículo del BMJ de esos que aparecen en el número que sacan para el 28 de diciembre. La referencia es:
Smith GC, Pell JP. Parachute use to prevent death and major trauma related to gravitational challenge: systematic review of randomised controlled trials. BMJ. 2003 Dec 20;327(7429):1459-61. Review. PubMed PMID: 14684649; PubMed Central PMCID: PMC300808. Disponible en PubMed Central aquí.
Tras no encontrar ningún ensayo clínico los autores concluyen: «Al igual que con muchas de las intervenciones destinadas a prevenir la enfermedad, la eficacia de los paracaídas no se ha sometido a una evaluación rigurosa mediante ensayos controlados aleatorios. Los defensores de la medicina basada en la evidencia han criticado la adopción de intervenciones evaluadas utilizando sólo los datos observacionales. Pensamos que todo el mundo podrían beneficiarse si los protagonistas más radicales de la medicina basada en la evidencia organizaran y participaran en un placebo, doble ciego, aleatorizado, controlado cruzado, del paracaídas.» O como también dice: «Las personas que insisten en que todas las intervenciones deben ser validados por ensayos controlados aleatorios deberían bajar a la tierra de un porrazo.»
También lleva foto y, como se encuentra en PubMed Central, también puede servir para cuando necesitéis explicar la novedad de PubMed de las imágenes que aparecen ahora con los registros en la base de datos.
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Ya es posible importar los resultados de la búsqueda en PubMed a un programa como Excell mediante una nueva herramienta llamada FLink (Frequency-weighted Links) que se encuentra accessible en el NIH National Center for Biotechnology Information (NCBI): http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/flink/docs/flink_about.html .
FLink permite salvar los resultados de PubMed como archivo CSV el cual puede importarse en un programa como Excel.
Estos son los pasos a seguir:
- Introduzca la consulta que desee en PubMed.
- Abrir FLink ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/flink/flink.cgi ).
- Abrir el menú “Please choose a database to start” y selecciones “PubMed.”
- Seleccione “Input from Entrez History” del cuadro de diálogo que le permite seleccionar el método deseado de entrada.
- a) utilizar el menú desplegable de la pestaña para ver una lista de sus últimas búsquedas en PubMed;
b) seleccionar la consulta en PubMed para el que desea descargar un archivo de resultados de búsqueda con formato CSV;
c) pulse el botón “Submit” - Flink ahora mostrará los resultados de su búsqueda en una pestaña de «PubMed».
- Seleccione la opción “Download CSV” y elija la opción abrir o guardar el archivo, según desee. (La ventana del navegador también mostrará la dirección URL en la que los resultados se puede recuperar.)
- Las columnas del archivo CSV dependerá de la base de datos a la que accede a través de Flink. Para PubMed, las tres columans incluirá:
- UID (PMID)
- Autores
- PubDate (Año)
- PubDate (Mes)
- Formato Summary del artículo (que incluye la siguiente información en una sola celda: autores, título, nombre de la revista, año, mes (si es aplicable), volumen, número, páginas)
Traducido de: Dragonfly » Blog Archive » FLink: A New Way to Save PubMed Search Results.
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El 18 de noviembre de 2010, la Biblioteca Nacional de Medicina ® (NLM ®) conmemoró el 50 aniversario del MeSH.
El tesauro MeSH, o Medical Subject Headings, es un lenguaje artificial que utiliza un vocabulario controlado. Es el tesauro utilizado para la indización y recuperación de información en la base de datos MEDLINE. Contiene encabezamientos de materias, calificadores (subencabezamientos), definiciones, referencias cruzadas, sinónimos y listas de términos estrechamente relacionados.El MeSH fue publicado por primera vez en 1960 aunque las semillas fueron plantadas en diciembre de 1947. La primera edición MeSH contenía 4300 descriptores y fue diseñado para ser utilizado tanto para la indización y catalogación. La edición de 2011 contiene más de 26.000 encabezamientos de materia en una jerarquía de once niveles y ochenta y tres subencabezamientos. Cada año se revisa y actualiza para asegurar que MeSH sigue siendo útil como una forma de clasificar los conocimientos médicos y de disciplinas afines para conseguir la recuperación de la información. De esta forma el MeSH tiene 50 años pero es nuevo cada año.
El MeSH tiene traducción al español conocida como Descriptores en Ciencias de la Salud (DeCS).
Más información de eventos del 50 aniversario del MeSH aquí e información del MeSH aquí.
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En breve estará disponible el nuevo subset en PubMed «dietary supplements«. Este subconjunto está diseñado para limitar los resultados de búsqueda para las citas de un amplio espectro de la literatura de suplementos dietéticos incluyendo vitaminas, minerales, fitoquímicos, ergogénicos, botánicos y suplementos de hierbas en la nutrición humana y en modelos animales.
Este subset se añadirá como nueva opción dentro de «Subset category» que encontramos en la página de límites (Limits). También podrán ser incorporado en nuestra estrategia de búsqueda añadiendo AND dietsuppl [sb].
Ejemplo: diabetes AND dietsuppl [sb]
El subset de «dietary supplements» tiene una considerable solapamiento con el subset «Complementary Medicine», pero con cada uno se obtienen registros únicos. Para limitar la recuperación a los dos subset hay que marcar ambas casillas en la categoría de subset de la página de Limits de PubMed.
Más información en: Dietary Supplements — A New PubMed Subset. NLM Technical Bulletin. 2010 Sep–Oct.
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Los días 10, 17 y 24 de noviembre se ha programado el Curso “Recursos de información y documentación en ciencias de la salud» (solicitada acreditación), de 12 horas de duración en horario de tarde y dirigido a los profesionales sanitarios del Hospital de Getafe.
El contenido es el siguiente:
10 de Noviembre de 2010Módulo 1. Introducción a las búsquedas bibliográficas y Biblioteca Virtual Laín Entralgo. 4 horas (Profesor: José Manuel Estrada, Biblioteca de la ALE)-
¿Qué es una búsqueda bibliográfica?
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Cómo desarrollar una estrategia de búsqueda bibliográfica.
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Búsquedas con términos MeSH.
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Funciones y servicios de la Biblioteca Virtual.
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Servicios bibliotecarios (Catálogo de revistas, solicitud de artículos, acceso a recursos electrónicos).
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Acceso a los recursos disponibles.
17 de Noviembre de 2010Módulo 2. Búsquedas bibliográficas con PubMed/MEDLINE. 4 horas (Profesora: Rosa Trueba, Biblioteca del Hospital Univ Príncipe de Asturias)-
¿Conocemos el contenido de este recurso bibliográfico? ¿Cómo accedemos?
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Tipos de búsquedas: ¿Existe un tipo de búsqueda idónea?.
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Cómo desarrollar una estrategia de búsqueda bibliográfica. Principales herramientas de optimización de la búsqueda bibliográfica.
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Visualización y manejo de resultados.
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Cómo acceder al texto completo cuando hacemos una búsqueda bibliográfica en MEDLINE/PubMed.
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MyNCBI: guardar y recuperar estrategias, crear alertas, guardar referencias, filtros personalizados y bibliografía personal.
24 de Noviembre de 2010Módulo 3. Recursos de información para la búsqueda de la evidencia científica. 4 horas (Profesora: Concepción Campos, Biblioteca del Hospital Univ de Getafe)-
Acceso a la información y tipos de fuentes para la toma de decisiones clínicas.
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Filtros metodológicos para la búsqueda de estudios en bases de datos generales.
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Búsqueda de revisiones sistemáticas: The Cochrane Library, Biblioteca Cochrane y otros accesos a revisiones.
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Cómo localizar Guías de Práctica Clínica (GPC).
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Metabuscadores: TripDatabaseplus y Excelencia Clínica.
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Otras fuentes de información predigeridas: UpToDate.
Más información en la Biblioteca. -
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Leo en el Blog de El Rincón de Sísifo la interesante entrada «(Med Clin) Las revisiones sistemáticas dependen del PRISMA con el que se miren | Sala de lectura» donde se comentan dos artículos de Medicina Clínica:
Moher D, Liberati A. Revisiones sistemáticas y metaanálisis: la responsabilidad de los autores, revisores, editores y patrocinadores. Med Clin (Barc). 2010;135(11): 505-506.
PRISMA es el acrónimo de Preferred Reporting Items of Systematic reviews and Meta-Analyses, evolución del conocido QUORUM (Quality Of Reporting Of Meta-analyses) publicado en 1.999.
En el primero de los artículos se analizan los cambios más relevantes introducidos en la lista de comprobación PRISMA respecto a QUORUM. Dentro de estos cambios, quiero destacar la de búsqueda de la sección de Métodos que dice: «PRISMA desdobla el ítem sobre la «búsqueda» de QUOROM en 2 ítems: a) fuentes de información (ítem 7) y b) búsqueda (ítem 8). Aunque la estrategia de búsqueda se reporta tanto en QUOROM como en PRISMA, éste solicita a los autores que proporcionen la descripción completa de, al menos, una estrategia de búsqueda electrónica (ítem 8), sin ésta no es posible reproducir la búsqueda.»
Recordar que PRISMA es un instrumento para mejorar la calidad de las revisiones sistemáticas y meta-análisis existiendo el instrumento Agree para guías de práctica clínica y CONSORT para ensayos clínicos y el PRISMA.
Declaración PRISMA
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¿Es posible mantenernos al día? Esto es lo que se preguntan los autores de este interesante trabajo y la mayoría de los profesionales sanitarios que se encuentran desbordados por la cantidad de información médica que se publica.
Aquí os dejo el enlace al texto compelto así como algunas de las figuras. De imprescindible lectura (me entero vía #SIETEs7).
PLoS Medicine: Seventy-Five Trials and Eleven Systematic Reviews a Day: How Will We Ever Keep Up?.
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Me entero por el Blog de David Rothman de la existencia de PMinstant inspirado en Google Instant.
PubMed Instant
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Del 13 al 15 de octubre se ha programado el Curso “Acceso a los recursos bibliográficos suscritos por el Hospital de Getafe y la BVALE» (solicitada acreditación), de 6 horas de duración y dirigido a los profesionales sanitarios del Hospital Universitario de Getafe.
El contenido es el siguiente:
Módulo 1. Acceso a los recursos bibliográficos. 1 hora
- ¿Conocemos los recursos bibliográficos accesibles para el Hospital Universitario de Getafe?
- La Intranet como punto de acceso a la información de la Biblioteca.
- Cómo sabemos si disponemos de acceso electrónico a una revista o en los fondos en papel de la Biblioteca: C17 o Catálogo de revistas de la Biblioteca del Hospital de Getafe.
Módulo 2. PubMed. 3 horas
- ¿Conocemos el contenido de este recurso bibliográfico? ¿Cómo accedemos?
- Cómo desarrollar una estrategia de búsqueda bibliográfica.
- Principales herramientas de optimización de la búsqueda bibliográfica.
- Cómo acceder al texto completo cuando hacemos una búsqueda bibliográfica en MEDLINE/PubMed.
Módulo 3. Portal de la Biblioteca Virtual. 1 hora
- Cómo obtener el texto completo de un artículo de revista no suscrito. Portal de la Biblioteca Virtual: Servicio de Obtención del Documentos y Banco de documentos digitalizados.
Módulo 4. Acceso a otros recursos disponibles. 1 hora
- UpToDate, MD-Consult, EMBASE, Web of Knowledge, Biblioteca Cochrane Plus, RefWorks, etc.
Más información en la Biblioteca.
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Tal como ya anunciaba en BiblioGETAFE, se ha modificado la licencia de la FECYT relativa a la Web of Knowledge (WOK).
Hoy leo la siguiente noticia cuando entro a consultar:
NOTICE: Your organization does not receive data updates to the following database(s): Index Chemicus (IC); Current Chemical Reactions (CCR-EXPANDED); Engineering Section; Conference Proceedings Citation Index- Social Science & Humanities (CPCI-SSH); Electrical and Electronic Section; Chemical Section; Conference Proceedings Citation Index- Science (CPCI-S).
biblioGETAFE 