PubMed utiliza el Automatic Term Mapping (ATM) cuando introducimos términos en el cuadro de búsqueda. Es uno de los algoritmos aplicados a las búsquedas que compara los términos por nosotros escritos con una serie de tablas para encontrar términos relacionados y ampliar la búsqueda. Los términos no etiquetados que se introducen en el cuadro de búsqueda se cotejan (en este orden) con una tabla de traducción de Materias (incluido el MeSH o Medical Subject Headings), una tabla de traducción de Revistas, el índice de Autores y un índice de Investigadores (Colaboradores):

Si analizamos detenidamente la tabla de materias, veríamos que está formada por:

- Términos MeSH
- Entry Terms (See-Reference mappings) para los términos MeSH
- MeSH Subheadings
- Tipos de publicación
- Pharmacological Actions
- Supplementary Concepts (sustancias) y sus sinónimos
- Tipo de publicación
- Formas de palabras singulares y plurales
- Ortografía británica y estadounidense
- Marca comercial del medicamento la traduce al nombre genérico
- Términos derivados del Unified Medical Language System (UMLS) que tienen sinónimos equivalentes o variantes léxicas en inglés
La asignación automática de términos significa que los términos de búsqueda que se introducen en la ventana de búsqueda se asignan automáticamente a términos MeSH. Sin embargo, cuando no se encuentra coincidencia dentro de la tabla de materias, el algoritmo continúa con la siguiente tabla de traducción y así sucesivamente. Si no se encuentra ninguna coincidencia, PubMed descompone la frase y repite el proceso de asignación automática de términos anterior hasta encontrar una coincidencia. Si no hay coincidencia, los términos individuales se combinarán con el operador «AND» y se buscarán así en todos los campos.
Cuando una búsqueda incluye términos que fueron etiquetados con un campo de búsqueda durante el proceso de asignación automática de términos y recupera cero resultados, el sistema activa una búsqueda posterior utilizando «Schema: all .» que modifica la búsqueda eliminando las etiquetas de campo de búsqueda añadidas automáticamente y, a continuación, busca cada término en todos los campos.

Podemos saber como ha aplicado el ATM a nuestra búsqueda entrando en el enlace «Advanced» situado debajo de la ventana de búsqueda. En la nueva página bajamos hasta ver «History and Search Details».

Veamos en el siguiente vídeo dos ejemplos:
Sin embargo, existen cuatro formas en los que se desactiva el algoritmo de búsqueda ATM. Son los siguientes:
